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蛋白質・核酸の電子状態並列合成法と構造機能解析システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 14340185
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 物理化学
研究機関九州大学 (2004-2005)
広島大学 (2002-2003)

研究代表者

青木 百合子  九州大学, 大学院・総合理工学研究院, 教授 (10211690)

研究分担者 仲 一成  広島大学, 大学院・理学研究科, 助手 (30314727)
竹田 邦雄  岡山理科大学, 工学部, 教授 (10113193)
今村 詮  広島国際学院大学, 学長 (70076991)
FENG・LONG Gu  九州大学, 大学院・総合理工学研究院, 特任助教授 (80404036)
MARCIN Makowski  九州大学, 大学院・総合理工学研究院, 特任助手 (90404045)
茂木 孝一  九州大学, 大学院・総合理工学研究院, 助手 (30304835)
研究期間 (年度) 2002 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
13,900千円 (直接経費: 13,900千円)
2005年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
2004年度: 3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2003年度: 4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
2002年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
キーワードElongation法 / タンパク質 / 構造最適化 / 時間依存Hartree-Fock法 / オーダーN / 有限軌道基底 / 非線形光学特性 / オーダーN法 / エネルギー勾配法 / 高分子 / 階層的合成法 / 電子状態 / MOPAC / ポリエチレン / ポリシラン / 局在化分子軌道 / 構造転移
研究概要

昨年度は、半経験的および非経験的分子軌道法のレベルでGAMESSプログラムパッケージと結合した。今年度は、局在化の手法に解決策を見出し有限軌道基底で構造最適化が行えるようエネルギー勾配法を組み込み、二電子積分の計算ルーチンに工夫を加え、実質上のオーダーNの計算時間で構造最適化が出来るよう発展させた。これらをさらに発展させて、並列合成法でも計算可能となるようさらにプログラム開発を行うとともに、実際の並列演算が可能となるよう発展させた。基底関数が大きくなった場合の局在化に困難が生じていたので、領域軌道による局在化の手法に解決策を見出し導入した。また、攻撃分子あるいは接合する相手のクラスターと、Frozenしてしまった軌道との直交性をきちんと保つように補正することにより、さらに全系計算との誤差が小さくなり10^<-9>a.u./atomという完壁な一致が得られるようになったのは最大の進展であった。これによりエネルギー勾配法による最適化構造の一致もさらに改良された。
また、QFMM法を導入することにより、二電子積分の計算ルーチンの高速化を図り、さらなる高速化が実現した。ポリグリシンの種々のヘリックス構造やコラーゲン三重螺旋への適用において、種々の基底関数で10^<-6>〜10^<-9>a.u.の計算精度を保ちつつほぼオーダーNによる超効率的計算時間を実現した。
さらに、局所状態密度の計算アルゴリズムを組み込み、RHF法のみならず、ROHF法、UHF法でも演算可能となるよう開発し、領域軌道基底にて電子相関効果を組み込むためにTime-dependent Hartree-Fockを組み込み、分極率αが非常に高い精度で得られることを確認した。

報告書

(5件)
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (31件) 文献書誌 (12件)

  • [雑誌論文] Elongation method for linear scaling SCF calculations of polymers2006

    • 著者名/発表者名
      J.Korchowiec et al.
    • 雑誌名

      Journal Chemical Modeling in Science and Engineering (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Elongation method and supermolecule approach for the calculation of nonlinear susceptibilities.Application to the 3-methyl-4-nitropyridine 1-oxide and 2-Methyl-4-nitroaniline crystals2006

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu et al.
    • 雑誌名

      Journal Chemical Modeling in Science and Engineering (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Nonlinear Optical Properties of Alkalides Li+(calix[4]pyrrole)M-(M=Li,Na and Kl) : Alkali Anion Atomic Number Dependence2006

    • 著者名/発表者名
      W.Chen et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.Communication 128

      ページ: 1072-1073

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular design of a p-conjugated single-chain electronically conductive polymer2006

    • 著者名/発表者名
      A.Imamura et al.
    • 雑誌名

      Int.J.Quantum Chem 106

      ページ: 1924-1933

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Royal-crown-shaped electride Li3-N3-Be containing two superatoms : new knowledge on aromaticity2006

    • 著者名/発表者名
      Z.Li et al.
    • 雑誌名

      J.Comp.Chem (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Elongation Method for Polymers and its Application to Nonlinear Optics, in Atoms, Molecules and Clusters in Electric Fields : Theoretical Approaches to the Calculation of Electric Polarizabilities2006

    • 著者名/発表者名
      Feng Long Gu, Akira Imamura, Yuriko Aoki
    • 雑誌名

      Imperial College Press(edited by G.Maroulis) (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Shape effect on the large first hyperpolarizability of alkalide systems : Li+(NH3)4M-(M=Li, Na and K)2006

    • 著者名/発表者名
      Y.-Q.Jing, Z.-R.Li, D.Wu, Y.Li, B.-Q.Wang, F.L.Gu, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Chem Phys Chem (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Effciency and accuracy of the elongation method as applied to the electronic structures of large systems2006

    • 著者名/発表者名
      M.Makowski, J.Korchowiecc, F.L.Gu, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Comp.Chem. (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Binary Clusters AuPt and Au6Pt : Structure and Reactivity within Density Functional Theory2006

    • 著者名/発表者名
      W.Q.Tian, M.Ge, F-.L.Gu, T.Yamada, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem.A (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Elongation method and supermolecule approach for the calculation of nonlinear susceptibilities. Application to the 3-methyl-4-nitropyridine 1-oxide and 2-Methyl-4-nitroaniline crystals2006

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu, M.Guillaume, E.Botek, B.Champagne, F.Castet, L.Ducasse, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Journal Chemical Modeling in Science and Engineering (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Elongation method for linear scaling SCF calculations of polymers2006

    • 著者名/発表者名
      J.Korchowiec, F.L.Gu, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Journal Chemical Modeling in Science and Engineering (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Analytical Method for Predicting Ferromagnetic Properties of Benzyl-Radical Polymers Based on NBMO Theory2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Orimoto, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Chem.Theor.Comp. 2(3)

      ページ: 786-796

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Ab Initio MO Analysis of Interaction Paths between Radicals in Ferromagnetic Organic Systems2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Orimoto, T.Imai, K.Naka, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem.A 110(17)

      ページ: 5803-5808

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Royal-crown-shaped electride Li3-N3-Be containing two superatoms : new knowledge on aromaticity2006

    • 著者名/発表者名
      Z.-R.Li, F.-F.Wang, D.Wu, Y.Li, W.Chen, X.-Y.Sun, F.L.Gu, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Comp.Chem. 27

      ページ: 986-993

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Nonlinear Optical Properties of Alkalides Li+(calix[4]pyrrole)M-(M=Li, Na and Kl) : Alkali Anion Atomic Number Dependence2006

    • 著者名/発表者名
      W.Chen, Z.Li, C.Sun, F.L.Gu, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.Communication 128

      ページ: 1072-1073

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular design of pi-conjugated single-chain electronically conductive polymer2006

    • 著者名/発表者名
      A.Imamura, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Int.J.Quantum Chem. 106

      ページ: 1924-1933

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Quantum-Chemical Approach to the Solvatochromic Transition in Polysilane Derivatives2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Orimoto, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Polym.Sci.Part B : Polymer Physics 44(1)

      ページ: 119-133

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Elongation method and supermolecule approach for the calculation of nonlinear susceptibilities. Application to the 3-methyl-4-nitropyridine 1-oxide and 2-Methyl-4-nitroaniline crystals2006

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu et al.
    • 雑誌名

      Journal Chemical Modeling in Science and Engineering (in press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Nonlinear Optical Properties of Alkalides Li+(calix[4]pyrrole)M-(M=Li, Na and Kl) : Alkali Anion Atomic Number Dependence2006

    • 著者名/発表者名
      W.Chen et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.Communication 128

      ページ: 1072-1073

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular design of a p-conjugated single-chain electronically conductive polymer2006

    • 著者名/発表者名
      A.Imamura et al.
    • 雑誌名

      Int.J Quantum Chem (in press)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Elongation Method with Cut-off Technique for Linear SCF Scaling2005

    • 著者名/発表者名
      J.Korchowiec et al.
    • 雑誌名

      Int.J.Quantum Chem 102

      ページ: 785-794

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] NBO-Based CI/MP Through-Space/Bond Interaction Analysis and its Application to Stereoelectronic Effects in SN2 Reactions2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Orimoto, K.Naka, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Int.J.Quantum Chem (in press)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Elongation Method with Cut-off Technique for Linear SCF Scaling2005

    • 著者名/発表者名
      J.Korchowiec, F.L.Gu, A.Imamura, B.Kirtman, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Int.J.Quantum Chem. 102

      ページ: 785-794

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Calculation of Static(Hyper)Polarizabilities for p-Conjugated Donor/Acceptor Molecules and Block Co-Polymers by the Elongation Finite-Field Method2004

    • 著者名/発表者名
      S.Ohnishi, F.L.Gu, K.Naka, A.Imamura, B.Kirtman, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem.A 108

      ページ: 8478-8484

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] A new localization scheme for the elongation method2004

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu, Y.Aoki, J.Korchowiec, A.Imamura, B.Kirtman
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 121

      ページ: 10385-10391

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] An analytical molecular orbital approach in Tetrathiafulvalene Tetracyanoquinodimethane(TTF-TCNQ)2004

    • 著者名/発表者名
      T.Tada, Y.Aoki, A.Imamura
    • 雑誌名

      Mol.Phys. 102

      ページ: 1891-1901

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Study on the optical and magnetic properties of C_<48>N_<12> azafullerene isomers2004

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu, Z.Chen, H.Jiao, W.Q.Tian, Y.Aoki, W.Thiel, P.R.Schleyer
    • 雑誌名

      Phys.Chem.Chem.Phys. 6

      ページ: 4566-4570

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Elongation Method at Semi-empirical and ab initio Levels for Large Systems2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki, F.L.Gu, J.Korchowiec
    • 雑誌名

      Lecture Series on Computer and Computational Sciences and Engineering 2004

      ページ: 775-778

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Evaluation of Nonlinear Susceptibilities of 3-Methyl-4-nitropyridine 1-oxide Crystal : An Application of the Elongation Method to Nonlinear Optical Properties2004

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu, B.Champagne, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Lecture Series on Computer and Computational Sciences and Engineering 2004

      ページ: 779-782

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 水素結合型アンモニアワイヤーに沿ったプロトン移動2004

    • 著者名/発表者名
      青木
    • 雑誌名

      高分子 53(7)

      ページ: 512-512

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 高分子にみられる協同現象的構造移転反応に対するミクロな立場からの解析2004

    • 著者名/発表者名
      折本, 青木
    • 雑誌名

      高分子加工 53(10)

      ページ: 435-441

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Kawabata, T.Itaya, K.Ueda, H.Ochiai, Y.Aoki, A.Imamura: "Novel-Type Charge-Transfer Complex Formation between Indoxyl Sulfate and Anthraquinonesulfonate Ions in an Aqueous Polyelectrolyte Solution"Polymer Journal. 35(1). 50-55 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] F.L.Gu, Y.Aoki, A.Imamura, D.M.Bishop, B.Kirtman: "Application of the Elongation Method to Nonlinear Optical Properties : Finite Field Approach for Calculating Static Electric (Hyper)polarizabilities"Molecular Physics. 101(10). 1487-1494 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] B.Champagne, D.Jacquemin, F.L.Gu, Y.Aoki, B.Kirtman, D.M.Bishop: "Pseudo Linear-Dependence Dependence and Long-Range Interaction Effects on the Polarizability and Hyperpolarizabilities of Stereoregular Polymers"Chem.Phys.Lett.. 373(5-6). 539-549 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Kawabata, T.Itaya, K.Ueda, Y.Aoki, A.Imamura: "A Theoretical Treatment of Charge-Transfer Interaction in an Aqueous Solution of Polyelectrolyte"Polymer Journal. 35(7). 573-577 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Orimoto, Y.Aoki: "Ab initio MP2 TS/TB Analysis of an Enhanced Hyperpolarizability βvalue by Considering the Effect of Electron Correlations in Donor-σ-Acceptor Systems"Phys.Rev.A. 68(6). 063808 1-063808 6 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.Tada, Y.Aoki, A.Imamura: "An analytical Molecular Orbital Approach in Tetrathiafulvalene Tetracyano-Quinodimethane (TTF-TCNQ)"Molecular Physics. (掲載予定).

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.Tada, Y.Aoki: "Efficient ab initio molecular-orbital approach to quasi-one-dimensional molecular crystals based on neighboring-interaction-localized molecular orbitals"Phys. Rev. B. 65. 1131131-1131134 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] F.L.Gu, Y.Aoki, D.M.Bishop: "Crystal orbital calculation of coupled-perturbed Hartree-Fock dynamic (hyper) polarizabilities for polydiacetylene and polybutatriene"J. Chem. Phys.. 117. 385-395 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Aoki, T.Tada, Y.Orimoto: "poly(para-phenylene) with the end structure of CH_2-(C_6H_4)_n-provides nearly zero band gaps in long chains with n>6"Phys. Rev. B.. 66. 1931041-1931044 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Orimoto, Y.Aoki: "pure Through-Bond State in Organic Molecules for Analysis of the Relationship Between Intramolecular Interactions and Total Energy"Int. J. Quantum Chem.. 92. 355-366 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Orimoto, Y.Aoki: "Important Role of Si Main Chain for Solvatochromism in Poly[bis(4-propoxybutyl) silylene]"J. Polym. Sci. Part A : Polymer Chemistry. 41. 483-486 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] F.L.Gu, Y.Aoki, A.Imamura, D.M.Bishop, B.Kirtman: "Application of the elongation method to nonlinear optical properties : finite field approach for calculating static electric(hyper) polarizabilities"Mol. Phys.. (印刷中).

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2021-04-07  

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