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結晶構造解析による光化学系II複合体の分子機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 14340257
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 植物生理
研究機関岡山大学 (2003-2004)
特殊法人理化学研究所 (2002)

研究代表者

沈 建仁  岡山大学, 理学部, 教授 (60261161)

研究分担者 神谷 信夫  理化学研究所, 播磨研究所, 副主任研究員 (60152865)
池内 昌彦  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (20159601)
榎並 勲  東京理科大学, 理学研究科, 教授 (40084305)
吾郷 日出夫  理化学研究所, 構造生物物理研究室, 研究員
研究期間 (年度) 2002 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
14,900千円 (直接経費: 14,900千円)
2004年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2003年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2002年度: 10,500千円 (直接経費: 10,500千円)
キーワード光合成 / 光化学系II / 結晶化 / 膜タンパク質 / タンパク質複合体 / 結晶構造解析 / X線 / 放射光 / 膜蛋白質 / 蛋白質複合体 / 複合体
研究概要

本研究の目的は光化学系II複合体(PSII)の立体構造を解析し、それに基づきPSIIにおける電子伝達反応、水分解・酸素発生反応の機構を解明することである。PSIIは14-17種の膜貫通サブユニットと3種の膜表在性サブユニットを含む分子量350kDaの超分子複合体であり、その結晶化は困難であったが、我々は好熱性ラン色細菌Thermosynechococcus vulcanus由来PSIIの結晶化に成功し、その結晶構造を3.7Å分解能で解析・報告した(Kamiya and Shen,2003,PNAS,100,98-103)。我々はPSIIの大サブユニットCP47,CP43,D1,D2の70-80%アミノ酸残基を一部の大きい側鎖を持つ残基の電子密度から特定し、立体構造においてチェーントレースをした。また、膜表在性サブユニットの一つである12kDaタンパク質の構造を始めて特定し、それにより酸素発生反応に関与している3つの膜表在性サブユニットの構造をすべて同定した。PSII反応中心を構成している四量体クロロフィルのうち、PD_1-PD_2の距離がそれぞれのアクセサリークロロフィルとの距離よりも短く、したがってPD_1-PD_2の間の相互作用が相対的により強いことを示した。反応中心付近において、D2の外側に2つのβ-カロチン分子を見つけ、これによりPSIIにおける2次電子伝達経路はチトクロムb_<559>あるいはChlZD_2→β-カロチン1→β-カロチン2→ChlD_2→PD_2→PD_1であることを明らかにした。水分解を直接触媒している4原子Mnを含むMnクラスターについては、Y字型あるいは3+1モデルと言う従来提唱されたモデルと一致する結果を得た。我々はさらに結晶の分解能を3.5Åに上げ、PSII構造モデルの修正・精密化を行い、PSIIの立体構造からその機能をより詳細に考察した。

報告書

(4件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (39件)

すべて 2005 2004 2003 2002 その他

すべて 雑誌論文 (25件) 図書 (4件) 文献書誌 (10件)

  • [雑誌論文] Pressure Equilibrium and Jump Study on Unfolding of 23kDa Protein from Spinach Photosystem II.2005

    • 著者名/発表者名
      Tan C.-Y., Xu C.-H., Wong J., Shen J.-R., Sakuma S., Yamamoto Y., Lange R., Balny C., Ruan K.-C.
    • 雑誌名

      Biophys J. 88

      ページ: 1264-1275

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Key cofactors of photosystem II cores from four organisms identified by 1.7-K absorption, CD and MCD.2005

    • 著者名/発表者名
      Arskold S.P., Smith P.J., Shen J.-R, Pace R.J., Krausz E.
    • 雑誌名

      Photosynthesis Res. (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Key cofactors of photosystem II cores from four organisms identified by 1.7-K absorption, CD and MCD.2005

    • 著者名/発表者名
      Arskold S.P., Smith P.J., Shen J.-R., Pace R.J., Krausz E.
    • 雑誌名

      Photosynthesis Res. (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 3D Crystal Structure of the Core-I.2005

    • 著者名/発表者名
      Shen J.-R., Kamiya N.
    • 雑誌名

      The Water/Plastoquinone Oxido-Reductase In Photosynthesis(Edited by T.Wydrzynski and K.Satoh)(Kluwer Academic Publications, The Netherlands)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Pressure Equilibrium and Jump Study on Unfolding of 23kDa Protein from Spinach Photosystem II2005

    • 著者名/発表者名
      Tan C.-Y., Xu C.-H., Wong J., Shen J.-R., Sakuma S., Yamamoto Y, Lange R., Balny C., Ruan K.-C.
    • 雑誌名

      Biophys J. 88

      ページ: 1264-1275

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Key cofactors of photosystem II cores from four organisms identified by 1.7-K absorption, CD and MCD2005

    • 著者名/発表者名
      Sindra P.Å, Smith P.J., Shen J.-R., Pace R.J., Krausz B.
    • 雑誌名

      Photosynthesis Res. (in press)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] The orientations of core antenna chlorophylls in photosystem II are optimized to maximize the quantum yield of photosynthesis.2004

    • 著者名/発表者名
      Vasil'ev S., Shen J.-R., Kamiya N., Bruce D.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 561

      ページ: 111-116

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] An Icosahedral assembly of the Light-Harvesting Chlorophyll a/b Protein Complex from Pea Chloroplast Thylakoid Membranes.2004

    • 著者名/発表者名
      Hino T., Kanamori E., Shen J.-R., Kouyama T.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.D 60

      ページ: 803-809

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] pH-induced conformational changes in the soluble manganese stabilizing protein of photosystem II.2004

    • 著者名/発表者名
      Weng J., Tan C.-Y., Shen J.-R., Yu Y., Zeng X.-M., Xu C.-H., Ruan K.-C.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 4855-4861

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Isolation of photosystem II-enriched membranes and the oxygen-evolving complex (OEC) subunit proteins from higher plants.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Y., Sakuma S., Shen J.-R.
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology : Photosynthesis Protocols (ed.by R.Carpentier)(Humana Press) 274

      ページ: 29-36

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] An Icosahedral assembly of the Light-Harvesting Chlorophyll a/b Protein Complex from Pea Chloroplast Thylakoid Membranes2004

    • 著者名/発表者名
      Hino T., Kanamori E., Shen J.-R., Kouyama T.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.D 60

      ページ: 803-809

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Comparison of binding and functional properties of two extrinsic components, cytochrome c550 and a 12 kDa protein, in cyanobacterial PSII with those in red algal PSII2004

    • 著者名/発表者名
      Weng J., Tan C.-Y., Shen J.-R., Yu Y., Zeng X.-M., Xu C.-H., Ruan K.-C.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 4855-4861

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II from Thermosynechococcus vulcanus at 3.7 Å resolution.2003

    • 著者名/発表者名
      Kamiya N., Shen J.-R.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100

      ページ: 98-103

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Near-IR irradiation of the S_2 state of the water oxidizing complex of photosystem II at liquid helium temperatures produces the metalloradical intermediate attributed to S_1Y_Z^・.2003

    • 著者名/発表者名
      Koulougliotis D., Shen J.-R., Ioannidis N., Petrouleas V.
    • 雑誌名

      Biochemistry 42

      ページ: 3045-3053

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] ATP-induced hexameric ring structure of the cyanobacterial circadian clock protein KaiC.2003

    • 著者名/発表者名
      Hayashi F., Suzuki H., Iwase R., Uzumaki T., Miyake A., Shen J.-R., Imada K., Furukawa Y., Yonekura K., Namba K., Ishiura M.
    • 雑誌名

      Genes to Cells 8

      ページ: 287-296

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Dynamic interaction between the D1 protein, CP43 and OEC33 at the lumenal side of photosystem II in spinach chloroplasts : Evidence from light-induced cross-linking of the proteins in the donor-side photoinhibition.2003

    • 著者名/発表者名
      Henmi T., Yamasaki H., Sakuma S., Tomokawa Y., Tamura N., Shen J.-R., Yamamoto Y.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 44

      ページ: 451-456

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Comparison of binding and functional properties of two extrinsic components, cytochrome c550 and a 12 kDa protein, in cyanobacterial PSII with those in red algal PSII.2003

    • 著者名/発表者名
      Enami I., Iwai M., Akiyama A., Suzuki T., Okumura A., Katoh T., Tada O., Ohta H., Shen J.-R.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 44

      ページ: 820-827

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Extrinsic proteins of photosystem II : An intermediate member of the PsbQ protein family in red algal PSII.2003

    • 著者名/発表者名
      Ohta H., Suzuki T., Ueno M., Okumura A., Yoshihara S., Shen J.-R., Enami I.
    • 雑誌名

      European Journal of Biochemistry 270

      ページ: 4156-4163

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Thermodynamic and Kinetic Analysis of Unfolding of P23k Protein Isolated from Spinach Photosystem II) (in Chinese with English Abstract).2003

    • 著者名/発表者名
      Tan C.-Y., Xu C.-H., Shen J.-R., Sakuma S., Yamamoto Y., Balny C., Ruan K.-C.
    • 雑誌名

      Acta Biochimica et Biophysica Sinica 35

      ページ: 677-681

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Near-IR irradiation of the S_2 state of the water oxidizing complex of photosystem II at liquid helium temperatures produces the metalloradical intermediate attributed to S_1Y_Z.2003

    • 著者名/発表者名
      Koulougliotis D., Shen J.-R., Ioannidis N., Petrouleas V.
    • 雑誌名

      Biochemistry 42

      ページ: 3045-3053

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] ATP-induced hexameric ring structure of the cyanobacterial circadian clock protein KaiC2003

    • 著者名/発表者名
      Hayashi F., Suzuki H., Iwase R., Uzumaki T., Miyake A., Shen J.-R., Imada K., Furukawa Y., Yonekura K., Namba K., Ishiura M.
    • 雑誌名

      Genes to Cells 8

      ページ: 287-296

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Thermodynamic and Kinetic Analysis of Unfolding of P23k Protein Isolated from Spinach Photosystem II (in Chinese with English Abstract).2003

    • 著者名/発表者名
      Tan C.-Y., Xu C.-H., Shen J.-R., Sakuma S., Yamamoto Y., Balny C., Ruan K.-C.
    • 雑誌名

      Acta Biochimica et Biophysica Sinica 35

      ページ: 677-681

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Comparison of the structure of the extrinsic 33 kDa protein from different organisms.2002

    • 著者名/発表者名
      Tohri A., Suzuki T., Okuyama S., Kamino K., Motoki A., Hirano M., Ohta O., Shen J.-R., Yamamoto Y., Enami I.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol. 43

      ページ: 429-439

    • NAID

      10008455518

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] EPR studies of manganese spin centers in the even-number oxidation states of water oxidizing complex in photosystem II.2002

    • 著者名/発表者名
      Arao S., Yamada S., Kawamori A., Shen J.-R., Ionnidis N., Petrouleas V.
    • 雑誌名

      EPR in the 21th Century : Basics and Applications to Material, Life and Earth Sciences(Edited by Kawamori A., Yamauchi J.and Ohta H.)(Elsevier Science B.V.)

      ページ: 466-470

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II from Thermosynechococcus vulcanus at 3.7Å resolution.2002

    • 著者名/発表者名
      Kamiya N., Shen J.-R.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100

      ページ: 98-103

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] The Water/Plastoquinone Oxido-Reductase In Photosynthesis (Edited by T.Wydrzynski and K.Satoh)2005

    • 著者名/発表者名
      Shen J.-R., Kamiya N.
    • 出版者
      Kluwer Academic Publications (In press)
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] Chapter 20 in Photosystem II : The Water/Plastoquinone Oxido-Reductase In Photosynthesis2005

    • 著者名/発表者名
      Shen J.-R., Kamiya N.
    • 出版者
      Springer Science(in press)
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] Methods in Molecular Biology : Photosynthesis Protocols (Edited by R.Carpentier)2004

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Y., Sakuma S., Shen J.-R.
    • 出版者
      Humana Press
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] EPR in the 21th Century : Basics and Applications to Material, Life and Earth Sciences, (Edited by Kawamori A., Yamauchi J. and Ohta H.)2002

    • 著者名/発表者名
      Arao S., Yamada S., Kawamori A., Shen J.-R., Ionnidis N., Petrouleas V.
    • 出版者
      Elsevier Science B.V.
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi F., Suzuki H., Iwase R., Uzumaki T., Miyake A., Shen J.-R., Imada K., Furukawa Y., Yonekura K., Namba K., Ishiura M.: "ATP-induced hexameric ring structure of the cyanobacterial circadian clock protein KaiC"Genes to Cells. 8. 287-296 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Enami I., Iwai M., Akiyama A., Suzuki T., Okumura A., Katoh T., Tada O., Ohta H., Shen J.-R.: "Comparison of binding and functional properties of two extrinsic components, cytochrome c550 and a 12 kDa protein, in cyanobacterial PSII with those in red algal PSII"Plant and Cell Physiology. 44. 820-827 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Ohta H., Suzuki T., Ueno M., Okumura A., Yoshihara S., Shen J.-R., Enami I.: "Extrinsic proteins of photosystem II : An intermediate member of the PsbQ protein family in red algal PSII"European Journal of Biochemistry. 270. 4156-4163 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Tan C.-Y., Xu C.-He., Shen J.-R., Sakuma S., Yamamoto Y., Balny C., Ruan K.-C.: "Thermodynamic and kinetic analysis of unfolding of P23k protein isolated from spinach photosystem II(In Chinese with English Abstract)"Acta Biochimica et Biophysica Sinica. 35. 677-681 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Vasil'ev S., Shen J.-R., Kamiya N., Bruce D.: "The orientations of core antenna chlorophylls in photosystem II are optimized to maximize the quantum yield of photosynthesis"FEBS Letters. 561. 111-116 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Yamamoto Y., Sakuma S., Shera J.-R.: "Methods in Molecular Biology : Photosynthesis Protocols(ed. by R.Carpentier)"Humana Press(in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Tohri A.Suzuki T.Okuyama S.Kamino K.Motoki A.Himno M.Ohta H.Shen J.-R.Yamamoto Y.Enami I.: "Comparison of the structure of the extrinsic 33kDa protein from different organisms"Plant Cell Physiol.. 43・4. 429-439 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Kamiya N.Shen J.-R.: "Crystal structure of oxygen-evolving photosystem II from Thermosynechococcus vulcanus at 3.7-A resolution"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 100・1. 98-103 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Henmi T.Yamasaki H.Sakuma S.Tomokawa Y.Tamura N.Shen J.-R.Yamamoto Y.: "Dynamic interaction between the D1 Protein, CP43 and OEC33 at the lumenil side of photosystem II in spinach chloroplasts : Evidence from light-induced cross-linking of the proteins in the donor-side photoinhibition"Plant Cell Physiol.. (In press). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Koulougliotis D.Shen J.-R.Ioannidis N.Petrouleas V.: "Near-IR irradiation of the S_2 state of the water oxidizing complex of photosystem II at liquid helium temperatures produces the metalloradical intermediate attributed to S_1Y_z"Biochemistry. (In press). (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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