| 研究課題/領域番号 |
14370071
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
人体病理学
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| 研究機関 | 山口大学 |
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研究代表者 |
佐々木 功典 山口大学, 医学部, 教授 (80116722)
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| 研究分担者 |
小賀 厚徳 山口大学, 医学部, 助手 (90243633)
河内 茂人 山口大学, 医学部, 講師 (80284511)
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| 研究期間 (年度) |
2002 – 2003
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| 研究課題ステータス |
完了 (2003年度)
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| 配分額 *注記 |
13,200千円 (直接経費: 13,200千円)
2003年度: 6,000千円 (直接経費: 6,000千円)
2002年度: 7,200千円 (直接経費: 7,200千円)
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| キーワード | DNA / SNP / flow cytometry(FCM) / hybridzation / fluorescence / high-throughput analysis / drug response / genotype / フローサイトメトリー / ゲノム / フローアレイ / 蛍光 / SNPs |
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| 研究概要 |
DNA塩基配列のvariationすなわち塩基多型は特定の疾患発症や治療薬反応性との密接な関連が指摘されている。特に、一塩基多型single nucleotide polymorphism(SNP)は最も良く知られた多型であり、現在精力的に解析が行われている。このような状況の下で問題となるのは、実際の医療現場で、特定の疾患関連SNPを効率良く測定する方法である。本助成研究では、この問題に対処するための方策として、フローアレイによるSNP検出系の開発を試みた。
実際のヒト検体に短い合成DNA(17mer)を用いた検討では、SNPのタイピングに成功した。すなわち、直径5〜15μmのプラスティックビーズにDNAプローブを固定させる。これに蛍光色素Alexa 488標識した合成DNAを至適条件(この条件設定が重要なポイントの一つ)下で、ハイブリダイズさせる。この合成DNAがビーズに固定されたDNAと完全に相補的であれば、両者は結合し、結果としてビーズが蛍光を発する。相補的でなければ、ビーズには蛍光が存在しない。すなわち、ビーズの蛍光の有無をFCMで測定することによりSNPの存在を簡単、迅速に知ることが可能であった。塩基配列を変えたビーズを用意することにより、ヘテロ接合とホモ接合との区別も可能であった。また、ビーズの大きさを変えることにより、検索すべきSNPの種類を増やすことができた。
ヒト末梢血リンパ球(申請者自身と研究協力者から)から得たDNAを用いて、予めSNPの存在が知られている箇所を含む領域DNA(KLK-2、COMT、UGT)をPCRにて増幅させ、サンプルDNAとする。このDNAを,Alexa 488で標識し、予め定めた条件下でハイブリダイズさせる。フローサイトメーターにて解析を行い、期待したとおりの解析結果と得ることができ、一度に複数の解析が可能であるかとが示された。
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