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F_1モーターによるエネルギー変換の入出力特性の解明

研究課題

研究課題/領域番号 14380313
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関東京工業大学

研究代表者

宗行 英朗  東京工業大学, 資源化学研究所, 助手 (80219865)

研究期間 (年度) 2002 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
8,500千円 (直接経費: 8,500千円)
2004年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2003年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2002年度: 5,900千円 (直接経費: 5,900千円)
キーワードATP合成酵素 / 自由エネルギー / エネルギー変換 / 回転モーター / 仕事 / 熱 / ラチェットモデル / 揺らぎ / F_1-ATPase / モーター蛋白質
研究概要

平成14年度には一分子観察用の顕微鏡を導入し,一応,実験装置の組み立てをすることが出来た.
平成15年度には高速ビデオも導入して,ATPの加水分解の自由エネルギーを変化させて回転のステップを見る実験を行えた.
平成16年度は実験結果,すなわちF1-ATPaseが溶液の粘性抵抗に対してビーズをステップ回転させるとき,入力であるATPの加水分解の自由エネルギーを下げていってもステップ回転の各動作において溶液に散逸されるエネルギーにはその影響が出ないこと,を理論的な立場から考察した,理論的な考察の結果,溶液の粘性抵抗に対して行われる運動は熱力学的には仕事ではなく,散逸する熱と見なされるべきものであることが結論された.さらに運動論的な仕事,すなわち「力×距離」はブラウン運動レベルのミクロな階層にたつと,熱力学的な仕事とは異なり,一分子観察の階層での熱力学的仕事は,平均速度で計算されなければならないことが明らかになった.この場合,入力の自由エネルギーと出力の自由エネルギーが釣り合うとすれば,それは個々のATPの加水分解時に得られるエネルギーとステップ運動のエネルギーの釣り合いではなく,それらのイベントが起こる頻度の釣り合いによって決まってくることが結論された.これは自由エネルギーの統計的性質を如実に表すものであり,実験の階層と熱力学の理論の階層との違いをはっきり意識させる初めての結果である.
さらにこれらの結果をふまえて,いわゆるラチェットモデルを改良して入出力の自由エネルギーを明確に定義して逆反応をシームレスに記述できるものを考案した.
その他に,変異体(βE190D)や蛍光性のATPアナログを用いた研究によりATPの結合から加水分解に至る化学反応の過程がどのように回転運動と結びついているかについての重要な知見を得ることが出来た.

報告書

(4件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2005 2004 2003 2002 その他

すべて 雑誌論文 (16件) 図書 (3件) 文献書誌 (8件)

  • [雑誌論文] One Rotary Mechanism for F_1-ATPase over ATP Concentrations from Millimolar down to Nanomolar2005

    • 著者名/発表者名
      Sakaki N, Shimo-Kon R, Adachi K, Itoh H, Furuike S, Muneyuki E, Yoshida M, Kinosita Jr K.
    • 雑誌名

      Biophys J. 88・3

      ページ: 2047-2056

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Characteristics of the (αV^<371>C)_3(β^<337>C)_<3γ> Double Mutant Subcomplex of the TF_1-ATPase Indicate that the Catalytic Site at the α_<TP>-β_<TP> Interface with Bound MgADP in Crystal Structures of MF_1 Represents a Catalytic Site Containing Inhibitory MgADP2005

    • 著者名/発表者名
      Bandyopadhyay, S., Muneyuki, E., Allison, W.S.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44・7

      ページ: 2441-2448

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] One Rotary Mechanism for F_1-ATPase over ATP Concentrations from Millimolar down to Nanomolar2005

    • 著者名/発表者名
      Sakaki N, Shimo-Kon R, Adachi K, Itoh H, Furuike S, Muneyuki E, Yoshida M, Kinosita Jr K.
    • 雑誌名

      Biophys J. 88(3)

      ページ: 2047-2056

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Characteristics of the (αV^<371>C)_3(βR^<337>C)_3γ Double Mutant Subcomplex of the TF_1-ATPase Indicate that the Catalytic Site at the α_<TP>-β_<TP> Interface with Bound MgADP in Crystal Structures of MF_1 Represents a Catalytic Site Containing Inhibitory MgADP2005

    • 著者名/発表者名
      Bandyopadhyay, S., Mimeyuki, E., Allison, W.S
    • 雑誌名

      Biochemistry 44(7)

      ページ: 2441-2448

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] One Rotary Mechanism for F1-ATPase over ATP Concentrations from Millimolar down to Nanomolar2005

    • 著者名/発表者名
      Sakaki N., Shimo-Kon R., Adachi K., Itoh H., Furuike S., Muneyuki E., Yoshida M., Kinosita Jr K.
    • 雑誌名

      Biophys J. 88・3

      ページ: 2047-2056

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] The Characteristics of the (αV^<371>C)_3(βR^<337>C)_3γ Double Mutant Subcomplex of the TF_1-ATPaae Indicate that the Catalytic Site at the α_<TP>-β_<TP> Interface with Bound MgADP in Crystal Structures of MF_1 Represents a Catalytic Site Containing Inhibitory MgADP2005

    • 著者名/発表者名
      Bandyopadhyay, S., Muneyuki, E., Allison, W.S.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44・7

      ページ: 2441-2448

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Chemo-mechanical coupling in F_1-ATPase revealed by simultaneous observation of nucleotide kinetics and rotation.2004

    • 著者名/発表者名
      Nishizaka, T., Oiwa, K., Noji, H., Kimura, S., Muneyuki, E., Yoshida, M., Kinosita, K.Jr.
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology 11

      ページ: 142-148

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Chemo-mechanical coupling in F_1-ATPase revealed by simultaneous observation of nucleotide kinetics and rotation2004

    • 著者名/発表者名
      Nishizaka, T., Oiwa, K., Noji, H., Kimura, S., Muneyuki, E., Yashida, M., Kinosita, K.Jr.
    • 雑誌名

      Nature Structural & Molecular Biology 11

      ページ: 142-148

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Catalysis and rotation of F_1 motor, cleavage of ATP at the catalytic site occurs in 1ms before 40°substep rotation2003

    • 著者名/発表者名
      Shimabukuro, K., Yasuda, R., Muneyuki, E., Hara, K.Y., Kinosita, K.Jr.Yoshida, M.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100

      ページ: 14731-14736

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Origin of apparent negative cooperativity of F_1-ATPase2003

    • 著者名/発表者名
      Sakurako Ono, Kiyotaka Y.Hara, Jun Hirao, Tadashi Matsui, Hiroyuki Noji, Masasuke Yoshida, Eiro Muneyuki
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta 1607

      ページ: 35-44

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evidence for Rotation of V_1-ATPase2003

    • 著者名/発表者名
      Hiromi Imamura, Masahiro Nakano, Hiroyuki Noji, Eiro Muneyuki, Shouji Ohkuma, Masasuke Yoshida, Ken Yokoyama
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100

      ページ: 2312-2315

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Catalysis and rotation of F_1 motor ; cleavage of ATP at the catalytic site occurs in 1 ms before 40° substep rotation2003

    • 著者名/発表者名
      Shimabukuro, K., Yasuda, R., Muneyuki.E., Hara, K.Y., Kinosita, K.Jr., Yoshida, M.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100

      ページ: 14731-14736

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cl^- concentration Dependence of the Photovoltage Generation by Halorhodopsin from Halobacterium salinarum2002

    • 著者名/発表者名
      Eiro Muneyuki, Chie Shibazaki, Yoichiro Wada, Manabu Yakushizin, Hiroyuki Ohtani
    • 雑誌名

      Biophys.J. 83

      ページ: 1749-1759

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] F_1-ATPase changes its conformations upon phosphate release.2002

    • 著者名/発表者名
      Masaike T., Muneyuki E., Noji H., Kinosita K.Jr., Yoshida M.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 277

      ページ: 21643-21649

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The presence of phosphate at a catalytic site suppresses the formation of the MgADP inhibited form of F_1-ATPase2002

    • 著者名/発表者名
      Noriyo Mitome, Sakurako Ono, Toshiharu Suzuki, Katsuya Shimabukuro, Eiro Muneyuki, Masasuke Yoshida
    • 雑誌名

      Eur.J.Biochem. 269

      ページ: 53-60

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cl^-concentration Dependence of the Photovoltage Generation by Halorhodopsin from Halobacterium salinarum2002

    • 著者名/発表者名
      Eiro Muneyuki, Chie Shibazaki, Yoichiro Wada, Manabu Yakushizin, Hiroyuki Ohtani
    • 雑誌名

      Biophys.J. 83

      ページ: 1749-1759

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] Handbook of ATPase(Chapter 10 Rotation of F_1-ATPase)2004

    • 著者名/発表者名
      Muneyuki, E., Yoshida, M.(Eds.M.Futai, Y.Wada, J.Kaplan)
    • 総ページ数
      493
    • 出版者
      WILEY-VCH Verlag GmbH & Co.Weinheim
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] Handbook of ATPases (Chapter 10 Rotation of F_1-ATPase)2004

    • 著者名/発表者名
      Muneyuki, E., Yoshida, M.(Eds.M.Futai, Y.Wada, J.Kaplan)
    • 総ページ数
      493
    • 出版者
      WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. Weinheim
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] シリーズ・ニューバイオフィジックスII-10 生物物理学とはなにか2003

    • 著者名/発表者名
      宗行 英朗, 吉田 賢右
    • 総ページ数
      308
    • 出版者
      共立出版
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Ono, S., Hara, K.Y., Hirao, J., Matsui, T., Noji, H., Yoshida, M., Muneyuki, E.: "Origin of apparent negative cooperativity of F_1-ATPase"Biochem.Biophys.Acta. 1607. 35-44 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Shimabukuro, K., Yasuda, R., Muneyuki, E., Hara, K.Y., Kinosita, K.Jr., Yoshida, M.: "Catalysis and rotation of F_1 motor ; cleavage of ATP at the catalytic site occurs in 1 ms before 40° substep rotation."Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 100. 14731-14736 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Nishizaka T, Oiwa K, Noji H, Kimura S, Muneyuki E, Yoshida M, Kinosita K.Jr.: "Chemomechanical coupling in F_1-ATPase revealed by simultaneous observation of nucleotide kinetics and rotation."Nat.Struct.Mol.Biol.. 11. 142-148 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 宗行英朗, 吉田賢右: "シリーズニューバイオフィジックスII-10 生物物理学とはなにか 第一章 7 エネルギー変換:ATP合成酵素"曽我部正博, 郷信広編 共立出版. 288 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Mitome, N., Ono, S., Suzuki, T., Shimabukuro, K., Muneyuki, E., Yoshida, M.: "The presence of phosphate at a catalytic site suppresses the formation of the MgADP inhibited form of F_1-ATPase"Eur.J.Biochem.. 269. 53-60 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Masaike T., Muneyuki E., Noji H., Kinosita K.Jr., Yoshida M.: "F_1-ATPase changes its conformations upon phosphate release"J.Biol.Chem.. 277. 21643-21649 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Muneyuki, E., Shibazaki, C., Wada, Y., Yakushizin, M., Ohtani, H.: "Cl^-concentration Dependence of the Photovoltage Generation by Halorhodopsin from Halobacterium salinarum"Biophys.J.. 83. 1749-1759 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] Imamura, H., Nakano, M., Noji, H., Muneyuki, E., Ohkuma, S., Yoshida, M., Yokoyama, K.: "Evidence for Rotation of V_1-ATPase"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 100. 2312-2315 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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