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酵素の持つNi-Feヘテロ2核金属錯体における水素活性化機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 14380317
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関兵庫県立大学 (2004)
姫路工業大学 (2002-2003)

研究代表者

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (90183574)

研究分担者 柴田 直樹  兵庫県立大学, 助教授 (30295753)
研究期間 (年度) 2002 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
12,000千円 (直接経費: 12,000千円)
2004年度: 2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
2003年度: 2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
2002年度: 6,200千円 (直接経費: 6,200千円)
キーワード[NiFe]ヒドロゲナーゼ / 超高分解能X線構造解析 / 硫酸還元菌 / CO結合型ヒドロゲナーゼ / 準動的X線結晶解析法 / クリーンエネルギー / 燃料電池 / 金属タンパク質
研究概要

生物が持つ水素の代謝能力の本質はヒドロゲナーゼという金属タンパク質である。ヒドロゲナーゼは水素の酸化・還元を触媒する機能を持つ。従って本酵素の工業的利用の可能性を探る研究は新規燃料電池の開発や石油に変わるクリーンエネルギー生成の道を拓くと期待できる。活性部位にNiおよびFeを持つ[NiFe]ヒドロゲナーゼはこれまでに多くの菌株について構造化学的研究がなされ、金属活性部位周辺で起こる触媒反応についていろいろな奇妙な現象が報告されている。本課題では[NiFe]ヒドロゲナーゼのNi-Fe活性部位における水素活性化の分子機構(水素の吸着・分解・プロトンの遊離)を準動的・超高分解能X線結晶解析法により構造化学的に解明することを最終目標としている.
平成14年度は酵素結晶の活性部位に阻害剤・CO分子を導入し,水素活性化の触媒反応を停止させた後,光照射によりCO配位結合構造に変化を与えた。その結果、徐々に触媒反応を開始させることにより活性部位に起こる構造の変化を捉えることに成功した。
平成15年度は、ヒドロゲナーゼの活性部位へのCOの結合・遊離により電子密度がどのように変化しているかを調べた。詳細な検討の結果、本活性部位では原子が移動することなくNiとCys546のS原子の電子密度分布のみが大きく変化したことがわかった。これらの原子のみが酵素の触媒サイクルで重要な役割を持つことが示唆された。
平成16年度は、ヒドロゲナーゼの酸化型が活性化されていく過程において活性部位の構造がどのように変化していくのかを調べた。通常、菌体から抽出して得られた酵素分子(酸化型酵素)はNi-A型という不活性-安定型分子とNi-B型という活性準備-不安定型の混合物である。本研究では試薬Na_2Sを用いることにより、純粋なNi-A型のみからなる酵素溶液を調製することに成功した。Na_2S添加後、酵素中の電子伝達ユニットである3個のFe-Sクラスターのうち、Fe_3S_4のクラスターのみが酸化-還元を繰り返していることがわかった。今後は、Ni-A型とNi-B型のそれぞれについて結晶化および結晶構造解析を行い、本活性部位の活性化機構を完全に解明していく予定である。

報告書

(4件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2005 2004 2003 2002 その他

すべて 雑誌論文 (22件) 図書 (3件) 文献書誌 (8件)

  • [雑誌論文] Correlation between the g Tensors and the Nonplanarity of Porphyrin Rings in Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F Cytochrome c_3, Studied by single Crystal EPR2005

    • 著者名/発表者名
      T.Saitoh, Y.Tachibana, Y.Higuchi, H.Hori, H.Akutsu
    • 雑誌名

      Bull.Chem.Soc.Jpn 77

      ページ: 357-363

    • NAID

      10012095128

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] X-ray induced reduction of the crystal of high-molecular weight cytochrome c revealed by microspectrophotometory2004

    • 著者名/発表者名
      M.Sato, N.Shibata, Y.Morimoto, Y.Takayama, K.Ozawa, H.Akutsu, Y.Higuchi, N.Yasuoka
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 113-116

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Hydration structures in proteins and neutron diffraction experiment on dissimilatory sulfite reductase D (DsrD)2004

    • 著者名/発表者名
      T.Chatake, A.Ostermann, K.Kurihara, F.G.Parak, N.Mizuno, G.Voordouw, Y.Higuchi, I.Tanaka, N.Niimura
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 72-75

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and MAD data collection of high-molecular weight cytochrome c from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2004

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, K.Suto, E.Ichimura, K.Yoshimura, K.Muneo, S.Tomigami, Y.Morimoto, M.Ogata, T.Yagi, Y.Higuchi, N.Yasuoka
    • 雑誌名

      Prot.Pep.Let 11-1

      ページ: 93-96

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cloning and expression of the enolase gene from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F)2004

    • 著者名/発表者名
      M.Kitamura, Y.Takayama, S.Kojima, K.Kohono, H.Ogata, Y.Higuchi, H.Inoue
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta 1676

      ページ: 172-181

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary X-ray Study of the two Inhibitor Complexes of the Catalytic Domain of Death-Associated Protein Kinase2004

    • 著者名/発表者名
      A.Yamakawa, H.Ogata, K.Morita, N.Shibata, N.Andou, H.Sanuki, K.Yamada, T.Hioki, T.Ishi, Y.Higuchi
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. D60

      ページ: 764-766

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] X-ray Induced Reduction of the Crystal of High-Molecular Weight Cytochrome c Revealed by Microspectrophotometory2004

    • 著者名/発表者名
      M.Sato, N.Shibata, Y.Morimoto, Y.Takayama, K.Ozawa, H.Akutsu, Y.Higuchi, N.Yasuoka
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 113-116

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Hydration Structures in Proteins and Neutron Diffraction Experiment on Dissimilatory Sulfite Reductase D(DsrD)2004

    • 著者名/発表者名
      T.Chatake, A.Ostermann, K.Kurihara, F.G.Parak, N.Mizuno, G.Voordouw, Y.Higuchi, I.Tanaka, N.Niimura
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 72-75

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and MAD Data Collection of High-Molecular Weight Cytochrome c from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2004

    • 著者名/発表者名
      N.Shibata, K.Suto, E.Ichimura, K.Yoshimura, K.Muneo, S.Tomigami, Y.Morimoto, M.Ogata, T.Yagi, Y.Higuchi, N.Yasuoka
    • 雑誌名

      Prot.Pep.Let. 11,No.1

      ページ: 93-96

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Cloning and Expression of the Enolase gene from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F)2004

    • 著者名/発表者名
      M.Kitamura, Y.Takayama, S.Kojima, K.Kohono, H.Ogata, Y.Higuchi, H.Inoue
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta 1676

      ページ: 172-181

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary X-ray study of the two inhibitor complexes of the catalytic domain of death-associated protein kinase2004

    • 著者名/発表者名
      A.Yamakawa, H.Ogata, K.Morita, N.Shibata, N.Andou, H.Sanuki, K.Yamada, T.Hioki, T.Ishi, Y.Higuchi
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.D 60

      ページ: 764-766

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Correlation between the g Tensors and the Nonplanarity of Porphyrin Rings in Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F Cytochrome c_3, Studied by Single Crystal EPR2004

    • 著者名/発表者名
      T.Saitoh, Y.Tachibana, Y.Higuchi, H.Hori, H.Akutsu
    • 雑誌名

      Bull.Chem.Soc.Jpn Vol.77

      ページ: 357-363

    • NAID

      10012095128

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Single Crystal EPR Studies of the Reduced Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2003

    • 著者名/発表者名
      S.Foerster, M.Stein, M.Brecht, H.Ogata, Y.Higuchi, W.Lubitz
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 125

      ページ: 83-93

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] X-ray crystallographic characterization and phasing of a fucose specific lectin from Aleuria aurantia2003

    • 著者名/発表者名
      M.Fujihashi, D.H.Peapus, E.Nakajima, T.Yamada, J.Saito, Y.Higuchi, A Ando, N.Kamiya, Y.Nagata
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. D59

      ページ: 373-380

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Three-dimensional crystal structure of dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) protein - possible interaction with B- and Z-DNA by its winged-helix motif2003

    • 著者名/発表者名
      N.Mizuno, G.Voordouw, K.Miki, A.Sarai, Y.Higuchi
    • 雑誌名

      Structure 11

      ページ: 1133-1140

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Role of the Aromatic Ring of Tyr43 in Tetraheme Cytochrome c_3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2003

    • 著者名/発表者名
      K.Ozawa, Y.Takayama, F.Yasukawa, T.Ohmura, M.A.Cusanovich, Y.Tomimoto, H.Ogata, Y.Higuchi, H.
    • 雑誌名

      Biophys.J. 85

      ページ: 3367-3374

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary neutron analysis of the dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) protein from the sulfate-reducing bacterium Desulfovibrio vulgaris2003

    • 著者名/発表者名
      T.Chatake, N.Mizuno, G.Voordouw, Y.Higuchi, S.Arai, I.Tanaka, N.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. D59

      ページ: 2306-2309

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] X-ray Crystallographic Characterization and Phasing of a Fucose Specific Lectin from Aleuria aurantia2003

    • 著者名/発表者名
      M.Fujihashi, D.H.Peapus, E.Nakajima, T.Yamada, J.Saito, A.Kita, Y.Higuchi, A.Ando, N.Kamiya, Y.Nagata, K.Miki
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.D 59

      ページ: 378-380

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Three-dimensional Crystal Structure of Dissimilatory Sulfite Reductase D(DsrD) Protein-Possible Interaction with B- and Z-DNA by Its Winged-helix Motif2003

    • 著者名/発表者名
      N.Mizuno, G.Voordouw, K.Miki, A.Sarai, Y.Higuchi
    • 雑誌名

      Structure 11

      ページ: 1133-1140

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Role of the Aromatic Ring of Tyr43 in Tetraheme Cytochrome c_3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2003

    • 著者名/発表者名
      K.Ozawa, Y.Takayama, F.Yasukawa, T.Ohmura, M.A.Cusanovich, Y.Tomimoto, H.Ogata, Y.Higuchi, H.Akutsu
    • 雑誌名

      Biophys.J. 85

      ページ: 3367-3374

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary Neutron Analysis of the Dissimilatory Sulfite reductase D(DsrD) Protein from the Sulfate-reducing Bacterium Desulfovibrio vulgaris2003

    • 著者名/発表者名
      T.Chatake, N.Mizuno, G.Voordouw, Y.Higuchi, S.Arai, I.Tanaka, N.Niimura
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.D 59

      ページ: 2306-2309

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Structural Studies of the Carbon Monoxide Complex of [NiFe]hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F : Suggestion for the Initial Activation Site for Dihydrogen2002

    • 著者名/発表者名
      H.Ogata, Y.Mizoguchi, N.Mizuno, K.Miki, S.Adachi, N.Yasuoka, T.Yagi, O.Yamauchi, S.Hirota, Y.Higuchi
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 124

      ページ: 11628-11635

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 日本生物物理学会誌 44-5号2004

    • 著者名/発表者名
      北村昌也, 樋口芳樹
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 日本生物物理学会誌 44-5号2004

    • 著者名/発表者名
      北村昌也, 樋口芳樹
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] 構造生物 Vol.9 No.2(5)2003

    • 著者名/発表者名
      緒方英明, 樋口芳樹
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] S.Foerster, M.Stein, M.Brecht, H.Ogata, Y.Higuchi, W.Lubitz: "Single Crystal EPR Studies of the Reduced Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"J.Am.Chem.Soc. 125. 83-93 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Fujihashi, D.H.Peapus, E.Nakajima, T.Yamada, J.Saito, Y.Higuchi, A.Ando, N.Kamiya, Y.Nagata, K.Miki: "X-ray crystallographic characterization and phasing of a fucose specific lectin from Aleuria aurantia"Acta Crystallogr.. D59. 373-380 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] N.Mizuno, G.Voordouw, K.Miki, A.Sarai, Y.Higuchi: "Three-dimensional crystal structure of dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) protein - possible interaction with B- and Z-DNA by its winged-helix motif"Structure. 11. 1133-1140 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] K.Ozawa, Y.Takayama, F.Yasukawa, T.Ohmura, M.A.Cusanovich, Y.Tomimoto, H.Ogata, Y.Higuchi, H.Akutsu: "Role of the Aromatic Ring of Tyr43 in Tetraheme Cytochrome c_3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"Biophys.J.. 85. 3367-3374 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.Chatake, N.Mizuno, G.Voordouw, Y.Higuchi, S.Arai, I.Tanaka, N.Niimura: "Crystallization and preliminary neutron analysis of the dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) protein from the sulfate-reducing bacterium Desulfovibrio vulgaris"Acta Crystallogr.. D59. 2306-2309 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] H.Ogata, Y.Mizoguchi, N.Mizuno, K.Miki, S.Adachi, N.Yasuoka, T.Yagi, O.Yamauchi, S.Hirota, Y.Higuchi: "Structural Studies of the Carbon Monoxide Complex of [NiFe] hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F : Suggestion for the Initial Activation Site for Dihydrogen"J.Am.Chem.Soc.. 124. 11628-11635 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] M.Fujihashi, D.H.Peapus, E.Nakajima, T.Yamada, J.Saito, A.Kita, Y.Higuchi, A.Ando, N.Kamiya, Y.Nagata, K.Miki: "X-ray crystallographic characterization and phasing of a fucose specific lectin from Aleuria aurantia"Acta Crystallogr.. D59. 373-380 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] S.Foerster, M.Stein, M.Brecht, H.Ogata, Y.Higuchi, W.Lubitz: "Single Crystal EPR Studies of the Reduced Active Site of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F"J.Am.Chem.Soc. 125. 83-93 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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