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プロテオーム解析に基づくリジン発酵の解析と最適化

研究課題

研究課題/領域番号 14550764
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物・生体工学
研究機関北見工業大学

研究代表者

堀内 淳一  北見工業大学, 工学部・化学システム工学科, 教授 (30301980)

研究分担者 多田 清志  北見工業大学, 工学部・化学システム工学科, 助手 (90333666)
研究期間 (年度) 2002 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,700千円 (直接経費: 3,700千円)
2004年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2003年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2002年度: 2,700千円 (直接経費: 2,700千円)
キーワードプロテオーム解析 / 二次元電気泳動 / リジン発酵 / 微生物培養フェーズ / タンパク質動態解析 / 2次元電気泳動 / 最適化 / タンパク動態解析 / 前処理
研究概要

リジン発酵プロセスを対象に、二次元電気泳動によるリジン生産菌(Brevibacterium flavum,ホモセリン要求株)の細胞内の遺伝子産物の定量・定性を行い、その経時的変化を解析することにより、新たなバイオプロセスの最適化・制御の開発を目的とした。
二次元電気泳動に用いるサンプル調製において、細胞溶解法にガラスビーズによるホモジナイゼーションを検討した結果、タンパク質溶出の最も効率的な条件を決定した。また、この菌体破砕時にPMSF(プロテアーゼ阻害剤)及びアセトン沈殿法によりタンパク質を濃縮した結果、タンパク質スポットの検出が大幅に改善することがわかった。次に、このサンプル調製法で、培養フェーズを解析した結果、菌体増殖期(約480)、リジン生産期前期(約450)、後期(約320)と培養フェーズが移行するにつれてタンパク質スポット数が減少し、また発現量を示すスポットの大きさも減少することがわかった。さらに培養フェーズと発現タンパク質の関連性を調べるために、二次元電気泳動マップの画像解析を行い、ペプチドマスフィンガープリンティングによって解析されたデータベースに基づきタンパク質の同定を行った結果、菌体増殖期では解糖系に関係する酵素(Eno,Gpm,Pfk,Fda,Tpi,Gap)とTCAサイクルに関係する酵素(FumC,Mqo,AceB)を同定することができた。リジン生産期前期では解糖系やTCAサイクルの酵素が同様に発現を確認することができ、さらに増殖期では見られなかったリジン生産系の酵素(DapA,Ddh)を同定することができた。これらから、リジン生産における菌体の培養状態の変化を二次元電気泳動で解析しうることが明らかになった。
今後、従来リジン発酵の生産性を制限していた因子を明らかにすると共に、その制限因子を克服するための最適な制御策を検討する。

報告書

(4件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (5件) 文献書誌 (2件)

  • [雑誌論文] 細胞内情報に基づくリジン発酵プロセスの培養フェーズ解析2005

    • 著者名/発表者名
      粕谷 聡, 多田清志, 堀内淳一
    • 雑誌名

      ソフトウェアバイオロジー 4

      ページ: 51-55

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Analysis of fermentation phase for lysine production based on intracellular information2005

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Kasuya, Kiyoshi Tada, Jun-ichi Horiuchi
    • 雑誌名

      SOFTWARE BIOLOGY Vol.4

      ページ: 51-55

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 細胞内情報に基づくリジン発酵プロセスの培養フェーズ解析2005

    • 著者名/発表者名
      粕谷 聡, 多田清志, 堀内淳一
    • 雑誌名

      ソフトウェアバイオロジー 4巻・1号

      ページ: 51-55

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] プロテオーム解析に基づくリジン発酵プロセスの解析2004

    • 著者名/発表者名
      多田清志, 粕谷 聡, 堀内淳一
    • 雑誌名

      ソフトウェアバイオロジー 3

      ページ: 65-68

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Analysis of lysine fermentation process based on proteome analysis2004

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Tada, Satoshi Kasuya, Jun-ichi Horiuchi
    • 雑誌名

      SOFTWARE BIOLOGY Vol.3

      ページ: 65-68

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 多田清志, 粕谷聡, 堀内淳一: "プロテオーム解析に基づくリジン発酵プロセスの解析"ソフトウェアバイオロジー. 3巻・1号. 65-68 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 多田清志, 堀内淳一, 岸本通雅: "遺伝的アルゴリズムによるバイオプロセスの最適化"ソフトウェアバイオロジー. 2巻・1号. 62-65 (2003)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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