DNAマイクロアレー法による妊娠初期流産のゲノム微細変化の網羅的検出

• 研究課題/領域番号: 14572143
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 人類遺伝学
• 研究機関: 横浜市立大学 (2003); 長崎大学 (2002)
• 研究代表者: 松本 直通 横浜市立大学, 大学院・医学研究科, 教授 (80325638)
• 研究期間 (年度): 2002 – 2003
• 研究課題ステータス: 完了 (2003年度)
• 配分額: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円); 2003年度: 800千円 (直接経費: 800千円); 2002年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
• キーワード: DNA Microarray / BAC / ゲノム / 構造異常 / 自然流産 / DNAマイクロアレー / 染色体微細構造異常 / FISH

研究概要

原因不明の自然流産における染色体微細構造異常の有無を同定するために全ゲノム解析用マイクロアレーシステムの開発を行った。
1)染色体サブテロメア特異的マイクロアレー:染色体サブテロメア領域は通常のG-バンド分染法では白く抜けるバンドで通常構造異常を同定することは困難である。そこで同領域を詳しく調査するためのサブテロメア特異的プローブが開発され、FISHベースで解析がなされている。我々はこれらのプローブをマイクロアレースライド上にスポットし、同領域の構造異常を1度に網羅的に解析するシステムを開発した。このシステムを用いて、陽性コントロールとして4pサブテロメア領域の欠失が知られている症候群(Wolf-Hirschhorn症候群)5例を解析したところ、全例において4pサブテロメア欠失を確認した。さらに2例においてこれまで同定されていなかった染色体異常を合わせて同定した。このように我々の開発したシステムの有効性を確認後、特発性精神遅滞患者69例を解析したところ4例(5.8%)において、サブテロメア領域の構造異常を同定することが可能であった。
2)全ゲノム解析用マイクロアレー:全ゲノムに均等にマップされる多数のプローブ(2000個/ゲノム)を全てFISH法にて想定される位置にマップされることと、単一のシグナルを呈することを確認した。現在全ゲノム解析用マイクロアレーを作成中で完成後、自然流産の解析に用いる予定である。

研究成果

• [文献書誌] Kurotaki N, et al.: "Fifty microdeletions among 112 cases of Sotos syndrome : Low copy repeats possibly mediate the common deletion"Hum Mut. 22. 378-387 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Harada N, et al.: "Subtelomere-specific microarray-based comparative genomic hybridization : A rapid detection system for cryptic re-arrangement in idiopathic mental retardation"J Med Genet. 41. 130-136 (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Iwakoshi M, et al.: "9q34.3 deletion syndrome in three unrelated children"Am J Med Genet. 126A. 278-283 (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kurosawa K, et al.: "Unmasking 15q microdeletion in a mentally retarded boy with r(Y) by microarray-based comparative genomic hybridization"Am J Med Genet. (in press).
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [文献書誌] Kurotaki N, Harada N, Shimokawa O, Miyake N, Kawame H, Uetake K, Makita Y, Kondoh T, Ogata T, Hasegawa T, Nagai N, Ozaki T, Touyama T, Shenhav R, Ohashi H, Medne L, Shiihara T, Ohtsu S, Kato Z, Okamoto N, Nishimoto J, Lev D, Miyoshi Y, Ishikiriyama S, Sonoda T, Sakazume S, Fukushima Y, Kurosawa K, Cheng J-F, Yoshiura K-i, Ohta T, Kishino T, Niikawa N, Matsumoto N: "Fifty microdeletions among 112 cases of Sotos syndrome : Low copy repeats possibly mediate the common deletion."Hum Mut. 22(5). 348-387 (2003)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Harada N, Hatchwell E, Okamoto N, Tsukahara M, Kurosawa K, Kawame H, Kondoh T, Ohashi H, Tsukino R, Kondoh Y, Shimokawa O, Ida T, Nagai T, Fukushima Y, Niikawa N, Matsumoto N.: "Subtelomere-specific Microarray-based Comparative Genomic Hybridization : A Rapid Detection System for Cryptic Rearrangements in Idiopathic Mental Retardation."J Med Gent. 41. 130-136 (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Iwakoshi M, Okamoto N, Harada N, Nakamura T, Yamamori S, Fujita H, Niikawa N, Matsumoto N.: "9q34.3 deletion syndrome in three unrelated children. Am J Med Genet 126A(3):278-283,2004"Am J Med Genet. 126A(3). 278-283 (2004)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kurosawa K, Harada N, Saitoh S, Sosonkina N, Niikawa N, Matsumoto N.: "Unmasking 15q microdeletion in a mentally retarded boy with r(y) by Microarray-based Comparative Genomic Hybridization."Am J Med Genet. (in press).
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [文献書誌] Kurotaki N et al.: "Fifty microdeletions among 112 cases of Sotos syndrome : Low copy repeats possibly mediate the common deletion"Hum Mut. 22・5. 378-387 (2003)
• [文献書誌] Harada N et al.: "Subtelomere-specific Microarray-based Comparative Genomic Hybridization : A Rapid Detection System for Cryptic Rearrangements in Idiopathic Mental Retardation"J Med Genet. 41・2. 130-136 (2004)
• [文献書誌] Iwakoshi M et al.: "9q34.3 deletion syndrome in three unrelated children"Am J Med Genet. (In press). (2004)
• [文献書誌] Kurosawa K et al.: "Unmasking of 15q Microdeletion in a Mentally Retarded boy With r(Y) by Microarray-based Comparative Genomic Hybridization"Am J Med Genet. (In press).
• [文献書誌] Harada N: "A 4q21-q22 deletion in a girl with severe growth retardation"Clin Genet. 61・3. 226-228 (2002)
• [文献書誌] Kurotaki N: "Haploinsufficiency of the NSD1 gene causes Sotos syndrome"Nat Genet. 30・4. 365-366 (2002)
• [文献書誌] Harada N: "Duplication of 8p23.2 : a benign cytogenetic variant ?"Am J Med Genet. 111・3. 285-288 (2002)
• [文献書誌] Sugawara H: "Breakpoint analysis of a familial balanced translocation t(2;8)(q31;p21) associated with mesomelic dysplasia"J Med Genet. 39・7. E34 (2002)
• [文献書誌] Harada N: "A 4-Mb critical region for IUGR at 15q26"Clin Genet. 62・4. 340-342 (2002)
• [文献書誌] Hoglund P: "Familial Solos syndrome is caused by a novel one base pair deletion of the NSD1 gene"J Med Genet. 40・1. 51-54 (2003)