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分子計算のタンパク質設計への応用

研究課題

研究課題/領域番号 14580408
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 知能情報学
研究機関東京大学

研究代表者

坂本 健作  東京大学, 大学院・理学系研究科, 助手 (50240685)

研究期間 (年度) 2002 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
4,100千円 (直接経費: 4,100千円)
2003年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
2002年度: 2,100千円 (直接経費: 2,100千円)
キーワード遺伝アルゴリズム / タンパク質工学 / 進化的計算 / 分子計算 / NKモデル / 変異体 / 構造解析 / 1点交叉 / タンパク質 / コンピュータ実験 / 一点交叉法 / 遺伝子操作 / コンピュータ・シミュレーション / 適応地形
研究概要

人工進化法によるタンパク質の機能改変に,遺伝アルゴリズム(GA)を適用するために,DNA分子を用いた実装が可能な最適化アルゴリズム(GOP,=GA Operation for Protein engineering)をデザインした.タンパク質の人工進化では1種類のタンパク質遺伝子が最初の世代を構成するという特殊な条件があるが,GOPはこれを考慮して「やきなまし法(SA)」のメカニズムを取り入れている.最初に,GOPの最適化アルゴリズムとしての性能の評価をコンピュータ実験によって行った.Kauffmanの提唱しているNKモデルをモデル地形とし,その上で最適値を探索した.変異率は低いレベルで固定して,おもに適切な交叉の様式と交叉頻度の検証を行った.子の選択はSAに基づくものを,単純な「山登り」法によるものと性能を比較した.NKモデルでは,ある遺伝子の適応度に対して遺伝子内の部位間の相関がどの程度寄与するかを調節することができる.期待通り,SAによる選択と,あまり高頻度でない1点交叉法の組み合わせは,遺伝子座間の相開が高い場合にも良い性能を示した.1種類の遺伝子によって最初の世代を構成したが,SAのメカニズムを取り入れることで,十分に遺伝子の多様性が生じることがわかった.コンピュータ実験によってGOPのアウトラインが得られたので,実際にタンパク質の人工進化に応用するための遺伝オペレータの実装法を検討した.コンピュータ実験の結果からは,1点交叉法が望ましいことがわかったが,分子生物学の分野では多点交叉法しか開発されていなかったので,1点交叉法の開発を行って遺伝子の全長わたってランダムに交叉させることに成功した.以上のGOPの開発とその実装法の検討を行う一方で,タンパク質の人工進化を実際の遺伝子を用いて進めて,得られたタンパク質の構造解析や,変異体ライブラリーの作製も行った.

報告書

(3件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (24件)

  • [文献書誌] Kubota, M.et al.: "Branching DNA machines based on transitions of hairpin structures"Proceedings of the 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC'03). 2542-2548 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kameda, A.et al.: "Conformational addressing using the hairpin structure of single-stranded DNA"Preliminary Proceedings of DNA Computing, 9^<th> International Workshop on DNA-based Computers. 197-201 (2003)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kobayashi, T.et al.: "Structural basis for orthogonal tRNA specificities of tyrosyl-tRNA synthetase for genetic code expansion"Nature Structural Biology. 10. 425-432 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sakamoto, K.et al.: "Site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins"Nucleic Acids Research. 30. 4692-4699 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kitabatake, M.et al.: "Indolmycin resistance of Streptomyces coelicolor A3(2) by induced expression of one of its two tryptophanyl-tRNA synthetase"J.Biol.Chem.. 277. 23882-23887 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kiga, D.et al.: "An engineered Escherichia coli tyrosyl-tRNA synthetase for site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in eukaryotic translation and its application in a wheat germ cell-free system"Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 99. 9715-9720 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kitamura, A.et al.: "Solution structure of an RNA fragment with the P7/9.0 region and the 3'-terminal guanosine of the tetrahymena group I intron"RNA. 8. 440-451 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 坂本健作 他: "人工遺伝暗号システムを利用した機能性蛋白質の作製"Drug Delivery System. 18. 502-510 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 坂本健作: "DNAコンピュータ"蛋白核酸酵素. 47. 2037-2044 (2002)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kubota, M., Ohtake, K., Komiya, K., Sakamoto, K., Hagiya, M.: "Branching DNA Machines Based on Transitions of Hairpin"Structures, Proceedings of the 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC'03). 2542-2548 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kameda, A., Yamamoto, M., Uejima, H., Hagiya, M., Sakamoto, K., Ohuchi, A.: "Conformational addressing using the hairpin structure of single-stranded DNA"Preliminary Proceedings of DNA Computing, 9th international Workshop on DNA-Based Computers, DNA 2003, Madison, Wisconsin, USA, 1-4 June 2003. 197-201 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kobayashi T, Nureki O, Ishitani R, Yaremchuk A, Tukalo M, Cusack S, Sakamoto K, Yokoyama S.: "Structural basis for orthogonal tRNA specificities of tyrosyl-tRNA synthetases for genetic code expantion"Nature Structural Biology. 10. 425-432 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sakamoto, K., Hayashi, A., Sakamoto, A., Kiga, D., Nakayama, H., Soma, A., Kobayashi, T., Kitabatake, M., Takio, T., Saito, K., Shirouzu, M., Hirao, I., Yokoyama, S.: "Site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in mammalian cells"Nucleic Acids Research. 277. 23882-23887 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kitabatake M., All K., Demain A., Sakarnoto K., Yokoyama S., Soll D.: "Indolmycin resistance of Streptomyces coelicolor A3(2) by induced expression of one of its two tiyptophanyl-tRNA synthetases"J. Biol. Chem. 99. 9715-9720 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kiga, D., Sakamoto, K., Kodama, K., Kigawa, T., Matsuda, T., Yabuki, T., Shirouzu, M., Harada, Y., Nakayama, H., Takio, K., Hasegawa, Y., Endo, Y., Hirao, I., Yokoyarna, S.: "An engineered Escherichia coli tyrosyl-tRNA synthetase for site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in eukaryotic translation and its application in a wheat germ cell-free system"Proc. Natl. Acad. Sci. USA.. 8. 440-451 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kitamura, A., Muto, Y, Watanabe, S., Kim, I., Ito, T., Nishiya, Y, Sakamoto, K., Ohtsuki, T., Kawai, G., Watanabe, K., Hosono, K., Takaku, H., Katoh, E., Yamazaki, T., Inoue, T., Yokoyama, S.: "Solution structure of an RNA fragment with the P7/P9.0 region and the 3'-terminal guanosine of the tetrahymena group I intron"RNA. 8. 440-451 (2002)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kensaku Sakamoto et al.: "Expansion of the Genetic Code for the Biosynthesis of Useful Alloproteins"Drug Delivery System. 18. 502-510 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kensaku Sakamoto: "DNA Computer"PNE. 47. 2037-2044 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Kubota: "Branching DNA Machines Based on Transitions of Hairpin Structures"Proceedings of the 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC'03). 2542-2548 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] A.Kameda: "Conformational addressing using the hairpin structure of single-stranded DNA"Preliminary Proceedings of DNA Computing, 9th international Workshop on DNA-Based Computers. 197-201 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.Kobayashi: "Structural basis for orthogonal tRNA specificities of tyrosyl-tRNA synthetases for genetic code expansion"Nature Structural Biology. 10. 425-432 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] K.Sakamoto: "Site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in mammalian cells"Nucleic Acids Research. 30. 4692-4699 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] D.Kiga: "An engineered Escherichia coli tyrosyl-tRNA synthetase for site-specific incorporation of an unnatural amino acid into proteins in eukaryotic translation and its application in a wheat germ cell-free system"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 99. 9715-9720 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] 坂本 健作: "DNAコンピュータ"蛋白核酸酵素. 47. 2037-2044 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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