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新しい生物素材としてのペルオキシゲナーゼP450

研究課題

研究課題/領域番号 14580616
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物有機科学
研究機関独立行政法人理化学研究所 (2003-2004)
大阪市立大学 (2002)

研究代表者

城 宜嗣 (2003-2004)  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

松永 勇 (2002)  大阪市立大学, 大学院・医学研究科, 講師 (00254425)

研究分担者 杉本 宏  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 研究員 (90344043)
金 美沙  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 基礎科学特別研究員 (40373295)
城 宣嗣  理化学研究所, 生体物理化学研究室, 主任研究員 (70183051)
小倉 壽  大阪市立大学, 大学院・医学研究科, 教授 (10115222)
研究期間 (年度) 2002 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2004年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2003年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2002年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
キーワードチトクロムP450 / 脂肪酸水酸化 / 過酸化水素 / ヘム酵素 / 酸素添加反応 / X線結晶構造解析 / シトクロムP450 / ペルオキシゲナーゼ / ペルオキシダーゼ / モノオキシゲナーゼ / 反応機構 / 脂肪酸
研究概要

過酸化水素を特異的且つ非常に効率よく利用し、脂肪酸のカルボキシル基近くの炭素原子(α位又はβ位)に過酸化水素の酸素原子を導入する、Bacillus subtilis由来のシトクロムP450(P450_<BSβ>について、その反応機構と動的構造の関連を明らかにする事を目的として研究を行った。この酵素(鉄三価)の基質(パルミチン酸)結合型の単結晶を得る事に成功し、さらに結晶構造を明らかにした。この構造を基に、いくつかの変異体を作成し、それらの活性測定や分光測定を行った。これらの結果を基に、酵素反応における活性中心近傍のいくつかのアミノ酸残基の役割(基質認識、触媒基、反応部位認識など)を明らかにした。その上で、本酵素による脂肪酸水酸化の分子機構を提案した。基質認識機構をより詳細に明らかにするために、基質の結合していない酵素の結晶化を目指し、その精製法(ゲル濾過による持ち込みの基質除去、過酸化水素との反応により生成物として除去する)を検討した。しかし、基質非結合型酵素の結晶は得られなかった。また、鉄に結合した配位子と基質との相互作用を調べる目的で、基質結合型Fe^<3+>酵素の結晶を、窒素雰囲気下、母液中でNa_2S_2O_4により還元した後に一酸化炭素(CO)をソーキングして、Fe^<2+>CO型酵素を調製しその構造解析を行った。COが鉄に結合する事により、Phe79が動いたが、それ以外には基質、ヘリックスなどの移動は見られなかった。以上の結果を基に、酵素反応中間体結晶構造解析を目指し、結晶中でFe^<2+>O_2型酵素の生成を試みた。顕微分光解析では部分的ではあるが酸素化型の精製は確認できた。過酸化水素を基質とするヘム酵素の反応機構に関して、比較考察した。

報告書

(4件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2004 2003 2002 その他

すべて 雑誌論文 (21件) 文献書誌 (7件)

  • [雑誌論文] ADP Reduces the Oxygen Binding Affinity of A Sensory Histidine Kinase, FixL : Possibility of the Enhanced Reciprocating Kinase Reaction2004

    • 著者名/発表者名
      H.Nakamura, et al.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101

      ページ: 2742-2746

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Peroxide Utilizing Biocatalysts : Structural and Functional Diversity of Heme-Containing Enzymes2004

    • 著者名/発表者名
      I.Matsunaga, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Current Opinion Chem.Biol. 8

      ページ: 127-132

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Structural Basis of Human Cytoglobin for Ligand Binding2004

    • 著者名/発表者名
      H.Sugimoto, et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 339

      ページ: 873-885

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] NO Reduction by Nitric Oxide Reductase from Denitrifying Bacterium Pseudomonas aeruginosa : Characterization of Reaction Intermediates That Appear in the Single-Turnover Cycle2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kumita, et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 279

      ページ: 55247-55254

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Design and Synthesis of de Novo Cytochrome c2004

    • 著者名/発表者名
      M.Ishida, et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 9823-9833

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] D88A Mutant of Cytochrome P450nor Provides Kinetic Evidence for Direct Complex Formation with Electron Donor NADH2004

    • 著者名/発表者名
      M.Umemura, et al.
    • 雑誌名

      Eur.J.Biochem. 271

      ページ: 2887-2894

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] NO Reduction by Nitric Oxide Reductase from Denitrifying Bacterium Psendomonas aeruginosa : Characterization of Reaction Intermediates That Appear in the Single-Turnover2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kumita, et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 279

      ページ: 55247-55254

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Peroxide Utilizing Biocatalysis : Structural and Functional Diversity of Heme-Containing Enzymes2004

    • 著者名/発表者名
      I.Matsunaga, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Current Opinion Chem.Biol. 8

      ページ: 127-132

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] ADP Reduces the Oxygen Binding Affinity of A Sensory Histidine Kinase, FixL : Possibility of the Enhanced Reciprocating Kinase Reaction2004

    • 著者名/発表者名
      H.Nakamura, H.Kumita, K.Imai, T.Iizuka, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101

      ページ: 2742-2746

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural Basis of Human Cytoglobin for Ligand Binding2004

    • 著者名/発表者名
      H.Sugimoto, M.Makino, H.Sawai, N.Kawada, K.Yoshizato, Y.Shiro
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 339

      ページ: 873-885

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] NO Reduction by Nitric Oxide Reductase from Denitrifying Bacterium Pseudomonas aeruginosa : Characterization of Reaction Intermediates That Appear in the Single-Turnover Cycle2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kumita, K.Matsuura, T.Hino, S.Takahashi, H.Hori, Y.Fukumori, I.Morishima, Y.Shiro
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 279

      ページ: 55247-55254

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Design and Synthesis of de Novo Cytochrome c2004

    • 著者名/発表者名
      M.Ishida, N.Domae, Y.Shiro, T.Oku, T.Iizuka, Y.Isogai
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 9823-9833

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] D88A Mutant of Cytochrome P450nor Provides Kinetic Evidence for Direct Complex Formation with Electron Donor NADH2004

    • 著者名/発表者名
      M.Umemura, F.Su, N.Takaya, Y.Shiro, H.Shoun
    • 雑誌名

      Eur.J.Biochem. 271

      ページ: 2887-2894

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Substrate Recognition and Molecular Mechanism of Fatty Acid Hydroxylation by Cytchrome P450 from Bacillus subtilis : Crystallographic, Spectroscopic and Mutational Studies2003

    • 著者名/発表者名
      D.-S.Lee, et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 278

      ページ: 9761-9767

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Characterization of Heme Environmental Structure of Cytoglobin, A Fourth Globin in Human2003

    • 著者名/発表者名
      H.Sawai, et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 42

      ページ: 5133-5142

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] O_2 Specific Regulation of the Ferrous Heme-based Sensor Kinase FixL from Sinorhizobium meliloti and Its Aberrant Inactivation in the Ferric Form2003

    • 著者名/発表者名
      S.Akimoto, et al.
    • 雑誌名

      Biochem.Biophys.Res.Commun. 304

      ページ: 136-142

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Direct Observation of Photolysis-induced Tertiary Structural Changes in Hemoglobin2003

    • 著者名/発表者名
      S.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100

      ページ: 7039-7044

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Synthesis of Biotinylated Heme and Its Application to Panning Heme-binding Proteins2003

    • 著者名/発表者名
      M.Ishida et al.
    • 雑誌名

      Anal.Biochem. 321

      ページ: 138-141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Synthesis of Biotinylated Heme and Its Application to Panning Heme-binding Proteins2003

    • 著者名/発表者名
      M.Ishida, et al.
    • 雑誌名

      Anal.Biochem. 321

      ページ: 138-141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Enzymatic Reaction of Hydrogen Peroxide-dependent Peroxygenase Cytochrome P450s : Kinetic Deuterium Isotope Effects and Analyses by Resonance Raman Spectroscopy2002

    • 著者名/発表者名
      I.Matsunaga, et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 41

      ページ: 1886-1892

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of Fatty Acid Hydroxylase Cytochrome P450Bsβ from Bacillus subtilis2002

    • 著者名/発表者名
      D.-S.Lee, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystal. D58

      ページ: 687-689

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] D.-S.Lee, A.Yamada, H.Sugimoto, I.Matsunaga, H.Ogura, K.Ichihara, S.Adachi, S.-Y.Park, Y.Shiro: "Substrate Recognition and Molecular Mechanism of Fatty Acid Hydroxylation by Cytchrome P450 from Bacillus subtilis : Crystallographic, Spectroscopic and Mutational Studies"J.Biol.Chem.. 278. 9761-9767 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] H.Sawai, N.Kawada, K.Yoshizato, H.Nakajima, S.Aono, Y.Shiro: "Characterization of Heme Environmental Structure of Cytoglobin, A Fourth Globin in Human"Biochemistry. 42. 5133-5142 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] S.Akimoto, A.Tanaka, K.Nakamura, Y.Shiro, H.Nakamura: "O2 Specific Regulation of the Ferrous Heme-based Sensor Kinase FixL from Sinorhizobium meliloti and Its Aberrant Inactivation in the Ferric Form"Biochem. Biophys.Res.Commun.. 304. 136-142 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] S.Adachi, S.-Y.Park, J.R.H.Tame, Y.Shiro, N.Shibayama: "Direct Observation of Photolysis-induced Tertiary Structural Changes in Hemoglobin"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 100. 7039-7044 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Ishida, N.Dohmae, Y.Shiro, Y.Isogai: "Synthesis of Biotinylated Heme and Its Application to Panning Heme-binding Proteins"Anal.Biochem.. 321. 138-141 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] H.Nakamura, H.Kumita, K.Imai, T.Iizuka, Y.Shiro: "ADP Reduces the Oxygen Binding Affinity of A Sensory Histidine Kinase, FixL : Possibility of the Enhanced Reciprocating Kinase Reaction"Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 101. 2742-2746 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Matsunaga, I., Sumimoto, T., Ayata, M., Ogura, H.: "Functional modulation of a peroxygenase cytochrome P450 : novel insight into the mechanisms of peroxygenase and peroxidase enzymes"FEBS Letters. 26487. 1-5 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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