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X線結晶構造解析を用いた、トランスファーRNAの成熟・アミノアシル化の機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 14580668
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関東京工業大学 (2003)
東京大学 (2002)

研究代表者

濡木 理  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 教授 (10272460)

研究期間 (年度) 2002 – 2003
研究課題ステータス 完了 (2003年度)
配分額 *注記
3,600千円 (直接経費: 3,600千円)
2003年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
2002年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワードX線結晶構造解析 / tRNA / プロセシング / 転写後修飾 / アミノアシルtRNA合成酵素 / アポトーシス / 遺伝情報変換 / タンパク質合成 / トランスファーRNA / RNAの転写後修飾
研究概要

tRNAのプロセシング、修飾、アミノアシル化に働く各酵素単独およびtRNAとの複合体のX線結晶構造解析を行った。tRNAのプロセシング酵素に関しては、Aquifex aeolicus由来のRNase PHの結晶構造を2.3Å分解能で決定し、tRNAの3'末端トレーラー配列の加リン酸分解機構を明らかにした(J.Biol.Chem.2003)。また、CCA enzymeについて、Archaeglobus fulgidus由来のクラスIの酵素の2.0Å分解能での結晶構造解析に成功し(EMBO J.,2003)、さらにtRNA前駆体との複合体の結晶化に予備的に成功した。また、Aquifex aeolicus由来のクラスIIのCCA enzyme(A-adding enzyme)に関してはtRNA前駆体およびATPアナログとの複合体に関し、2.7Å分解能での構造解析をほぼ完了している(論文準備中)。tRNAの修飾酵素に関しては、古細菌のtRNAのG15に特異的にArchaeosineを導入するArchaeosine guanine transglycosylaseとtRNAの複合体の結晶構造を3.3Å分解能で決定し、tRNAのDアームがほどけて酵素の活性部位に挿入され、L字型のtRNAの構造がλ型に大きく変形することを、世界に先駆けて発見した(Cell,2003)。また、すべての生物でtRNAのG18をメチル化するGm18 methyltransferase(TrmH or SpoU)に関しては、1.85Å分解能での結晶構造解析に成功した(Structure,2004)。アミノアシルtRNA合成酵素(aaRS)に関しては、20種類のaaRSの中で唯一構造が未発表なアラニルtRNA合成酵素(AlaRS)に関して、Thermotoga malitima由来の酵素とtRNAとの複合体の結晶化に予備的に成功した。また、Methancoccus jannaschii由来のTyrRSとtRNAの複合体の結晶構造を2.0Å分解能で決定し他(Nat.Struct.Biol.,2003)。さらに、本来のタンパク質合成に加えて、細胞外に分泌され、血管内皮細胞のアポトーシスを誘導し血管新生の抑制に働く、多機能酵素であるヒト由来トリプトファニルtRNA合成酵素の結晶構造を2.3Å分解能で決定し、変異体の生化学的・細胞生物学的解析により、tRNAのアンチコドンを認識するドメインに挿入された8ペプチドがアポトーシス活性に必須であることを明らかにした(Nat.Struct.&Mol.Biol.,2004)。

報告書

(3件)
  • 2003 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2002 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (27件)

  • [文献書誌] R.Ishitani, O.Nureki, N.Nameki, N.Okada, S.Nishimura, S.Yokoyama: "Alternative tertiary structure of tRNA for recognition by a posttranscriptional modification enzyme."Cell. 113. 383-394 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Kobayashi, O.Nureki, R.Ishitani, A.Yaremchuk, M.Tukalo, S.Cusack, K.Sakamoto, S.Yokoyama: "Structural basis for orthogonal tRNA specificities of tyrosyl-tRNA synthetses for genetic-code expansion."Nat.Struct.Biol.. 10. 425-432 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R.Ishii, O.Nureki, S.Yokoyama: "Crystal structure of the tRNA processing enzyme RNase PH from Aquifex aeolicus."J.Biol.Chem.. 278. 32397-32404 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C.Polyvarpo, O.Nureki, M.Ibba D.Soll et al.: "Activation of the pyrrolysine suppressor tRNA requires formation of ternary complex with class I and class II lysyl-tRNA synthetases."Mol.Cell. 12. 287-294 (2003)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Okabe, K.Tomita, O.Nureki*, S.Yokoyama et al.(*correspoodence): "Divergent evolution of trinucleotide polymerization revealed by an archaeal CCA-adding enzyme structure."EMBOJ.. 22. 5918-5927 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Kise, S.W.Lee, S.G.Park, S.Fukai, S.Kim, O.Nureki: "A short peptide insertion crucial for angiostatic activity of human tryptophanyl-tRNA synthetase."Nat.Struct.& Mol.Biol.. 11. 149-156 (2004)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 濡木 理: "「RNAがわかる」RNA・タンパク質相互作用"羊土社. 13 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R.Ishitani, O.Nureki, N.Nameki, N.Okada, S.Nishimura, S.Yokoyama: "Alternative tertiary structure of tRNA for recognition by a posttranscriptional modification enzyme."Cell. 113. 383-394 (2003)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.Kobayashi, O.Nureki, R.Ishitani, A.Yaremchuk, M.Tukalo, S.Cusack, K.Sakamoto, S.Yokoyama: "Structural basis for orthogonal tRNA specificities of tyrosyl-tRNA synthetses for genetic-code expansion."Nat.Struct.Biol.. 10. 425-432 (2003)

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  • [文献書誌] R.Ishii, O.Nureki, S.Yokoyama: "Crystal structure of the tRNA processing enzyme RNase PH from Aquifex aeolicus."J.Biol. Chem.. 278. 32397-32404 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] C.Polyvarpo, O.Nureki, M.Ibba D.Soll et al.: "Activation of the pyrrolysine suppressor tRNA requires formation of ternary complex with class I and class II lysyl-tRNA synthetases."Mol.Cell. 12. 287-294 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] M.Okabe, K.Tomita, O.Nureki^*, S.Yokoyama et al.(^*correspondence): "Divergent evolution of trinucleotide polymerization revealed by an archaeal CCA-adding enzyme structure."EMBO J.. 22. 5918-5927 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y.Kise, S.W.Lee, S.G.Park, S.Fukai, S.Kim, O.Nureki: "A short peptide insertion crucial for angiostatic activity of human tryptophanyl-tRNA synthetase."Nat.Struct. & Mol.Biol.. 11. 149-156 (2004)

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  • [文献書誌] O.Nureki: "RNA・protein interaction"YODOSHA CO., LTD.. 13 (2003)

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      2003 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R.Ishitani, O.Nureki, N.Nameki, N.Okada, S.Nishimura, S.Yokoyama: "Alternative tertiary structure of tRNA for recognition by a posttranscriptional modification enzyme."Cell. 113. 383-394 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.Kobayashi, O.Nureki, R.Ishitani, A.Yaremchuk, M.Tukalo, S.Cusack, K.Sak: "Structural basis for orthogonal tRNA specificities of tyrosyl-tRNA synthetses for genetic-code expansion."Nat.Struct.Biol.. 10. 425-432 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] R.Ishii, O.Nureki, S.Yokoyama: "Crystal structure of the tRNA processing enzyme RNase PH from Aquifexaeolicus."J.Biol.Chem.. 278. 32397-32404 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] C.Polyvarpo, _O.Nureki, M.Ibba D.Soll et al.: "Activation of the pyrrolysine suppressor tRNA requires formation of ternary complex with class I and class II lysyl-tRNA synthetases."Mol.Cell. 12. 287-294 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Okabe, K.Tomita, O.Nureki*, S.Yokoyama et al.(*correspondence): "Divergent evolution of trinucleotide polymerization revealed by an archaeal CCA-adding enzyme structure."EMBO J.. 22. 5918-5927 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Kise, S.W.Lee, S.G.Park, S.Fukai, S.Kim, O.Nureki: "A short peptide insertion crucial for angiostatic activity of human tryptophanyl-tRNA synthetase."Nat.Struct. & Mol.Biol.. 11. 149-156 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 濡木 理: "「RNAがわかる」RNA・タンパク質相互作用"羊土社. 13 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.L.Hendrickson, T.K.Nomanbhoy, V.Crdcy-Lagard, S.Fukai, O.Nureki et al.: "Mutation Separation of two pathways for editing by a class I tRNA synthetase"Molecular Cell. 9. 353-362 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] R.Ishitani, O.Nureki et al.: "Crystal structure of archaeosine tRNA-guanine transglycosylase"J.Mol.Biol. 318. 665-667 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] O.Nureki et al.: "An enzyme with a deep trefoil knot for the active-site architecture"Acta Crystallographica D. 58. 1129-1137 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] W.Kagawa, H.Kurumizaka, S.Fukai, R.Ishitani, 0.Nureki et al.: "Crystal structure of the human Rad52 protein and its implications for homologous recombination"Molecular Cell. 10. 359-371 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] H.Ogiso, R.Ishitani, O.Nureki et al.: "Crystal structure of human epidermal growth factor in complex with the extracellular domains of the receptor"Cell. 110. 775-787 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書
  • [文献書誌] S.Sekine, O.Nureki et al.: "Two alternative ATP-binding modes mediate tRNA-dependent activation of Glu-tRNA synthetase"EMBO J.. 23. 1-13 (2002)

    • 関連する報告書
      2002 実績報告書

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公開日: 2002-04-01   更新日: 2016-04-21  

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