ゲノム整列化チップによる染色体異常の検出と小児がん関連遺伝子の探索

• 研究課題/領域番号: 14657184
• 研究種目: 萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 小児科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 井田 孔明 (2003-2004) 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128); 林 泰秀 (2002) 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (30238133)
• 研究分担者: 添田 栄一 東京大学, 理化学研究所・基盤研究部, 副主任研究員 (00039330) ; 滝田 順子 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (00359621) ; 井田 孔明 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128) ; 川口 裕之 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (00313130)
• 研究期間 (年度): 2002 – 2004
• 研究課題ステータス: 完了 (2004年度)
• 配分額: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円); 2004年度: 900千円 (直接経費: 900千円); 2003年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円); 2002年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
• キーワード: neuroblastoma / 1p36欠失 / API2 / 白血病 / 癌抑制遺伝子 / microarray / BACコンティグ / BAF60C / P19INK4D / DFF45 / Gene Chip / KIF1B gene / PEX14 / Charcot-Marie Tooth disease type2

研究概要

我々はこれまでスクリーニングキットやBACとPACの染色体整列化法を開発し、ゲノム整列化チップの実用化をすすめてきた。今回は、小児がんの診断としての染色体異常の検出のためのチップ作製と、小児がん関連遺伝子の探索法を検討した。まず小児がん、遺伝病等の染色体異常、あるいは遺伝子発現の動的変化を細胞遺伝学的レベルで検索し、その構造変化を簡便、迅速に解明できるゲノム整列化チップについて検討した。小児白血病と固形腫瘍の、70株からゲノムDNAとmRNAを抽出し、標識して、検出感度を高めた特異性の高い診断マニュアル作成するために、1p36のバックコンティグより1Mbごとのマーカーを抽出し検討した。ついで、アフィメトリックス社のGene Chipを用いて、まず神経芽腫20株で発現プロファイルを検討して予測し、さらに新鮮腫瘍50例で検討したところ、clusteringにより予後良好群と不良群に分けられた。API2とP19INK4D遺伝子は予後良好群で高発現であり、BAF60C遺伝子は予後良好群で有意に低発現であった。さらに染色体1p35-36の整列化したBACの内D1S244領域の200個を用い、キアゲン カラムで精製したDNAを手動のアレイアーでスポットし、プローブとして正常細胞、D1S244に欠損を持つ神経芽腫細胞株(NB-1)を使用し、アフィメトリックス社のスキャナーで定量したところhomozygous deletionの領域がみいだされ、BAC上の遺伝子を5種同定した。現在白血病についてもGene Chipの検討を進め、これらの作整したチップとGene Chipの12,600遺伝子との相関についても検討を進め、小児がん関連遺伝子の探索とアレイチップの完成をめざしている。

研究成果

• [雑誌論文] In vitro drug resistance to imatinib and mutation of ABL gene in childhood Ph+ acute lymphoblastic leukemia. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kawaguchi H
  • 雑誌名: Leukemia Lymphoma 46・2 ページ: 273-276
• [雑誌論文] FLT3 mutations in the activation loop of tyrosine kinase domain are frequently found in infant acute lymphoblastic leukemia (ALL) with MLL rearrangement and pediatric ALL with hyperdiploidy. (2004)
  • 著者名/発表者名: Taketani T
  • 雑誌名: Blood 103・3 ページ: 1085-1088
• [雑誌論文] Gene expression profiling and identification of novel prognostic marker genes in neuroblastoma. (2004)
  • 著者名/発表者名: Takita J
  • 雑誌名: Genes Chromosomes Cancer 40・2 ページ: 120-132
• [文献書誌] Xinh PT: "The breakpoints at 1p36.3 detected with BAC/PAC probes in three MDS/AML(M4) patients with t(1;3)(p36;q21) translocation : in the first intron and in the 5' region of MEL1"Genes Chromosome Cancerr. 36・3. 313-317 (2003)
• [文献書誌] Terui, K: "Successful treatment of acute myelomonocytic leukaemia with NUP98-HOXD11 fusion transcripts and monitoring of minimal residual disease."Br.J.Haematol. 120・2. 274-276 (2003)
• [文献書誌] Hiwatari M: "Fusion of an AF4-related gene, LAF4, to MLL in childhood acute lymphoblastic leukemia with t(2;11)(q11;q23)."Oncogene. 22・18. 2851-2855 (2003)
• [文献書誌] Taketani T: "AML1/RUNX1 mutations are infrequent, but related to AML-MO, acquired trisomy 21, and leukemic transformation in pediatric hematologic malignancies."Genes Chromosomes Cancer. 38・1. 1-7 (2003)
• [文献書誌] Echlin-Bell DR: "Polymorphisms in the MLL breakpoint cluster region (BCR)."Hum Genet. 113・1. 80-91 (2003)
• [文献書誌] Chen YY: "Genomic structure and mutational analysis of the human KIF1Balpha gene located at 1p36.2 in neuroblastoma."Int J Oncol. 23・3. 737-744 (2003)
• [文献書誌] Xu G: "Frequent mutations in the GATA-1 gene in the transient myeloproliferative disorder of Down syndrome."Blood. 102・8. 2960-2968 (2003)
• [文献書誌] Tsutsumi S: "Two distinct gene expression signatures in pediatric acute lymphoblastic leukemia with MLL rearrangements."Cancer Res. 63・16. 4882-4887 (2003)
• [文献書誌] Hirose Y: "Comprehensive analysis of gene alterations in acute megakaryoblastic leukemia of Down's syndrome."Leukemia. 17・11. 2250-2252 (2003)
• [文献書誌] Obana K: "Aberrations of p16INK4A, p14ARF and p15INK4B genes in pediatric solid tumors."Int J Oncol.. 23・4. 11511-11577 (2003)
• [文献書誌] Taketani T: "FLT3 mutations in the activation loop of tyrosine kinase domain are frequently found in infant acute lymphoblastic leukemia (ALL) with MLL rearrangement and pediatric ALL with hyperdiploidy."Blood. 103・3. 1085-1088 (2004)
• [文献書誌] Taketani T: "The HOXD11 gene is fused to the NUP98 gene in acute myeloid leukemia with the t(2;11)(q31;p15)"Cancer Res. 62. 33-37 (2002)
• [文献書誌] Ono R: "SEPTIN6, a Human Homologue to Mouse Septin6, Is Fused to MLL in Infant Acute Myeloid Leukemia with Complex Chromosomal Abnormalities Involving 11q23 and Xq24"Cancer Res. 62. 333-337 (2002)
• [文献書誌] Uno K: "Aberrations of the hSNF5/INI1 gene are restricted to malignant rhabdoid tumors or atypical teratoid/rhabdoid tumors in pediatric solid tumors"Genes Chromosomes Cancer. 34. 33-41 (2002)
• [文献書誌] Taketani T: "The t(7;11)(p15;p15) in acute myeloid leukemia results in fusion of the NUP98 gene with a HOXA cluster gene, HOXA13, but not HOXA9"Genes Chromosomes Cancer. 34. 437-443 (2002)
• [文献書誌] Ono R: "LCX, leukemia-associated protein with a CXXC domain, is fused to MLL in acute myeloid leukemia with trilineage dysplasia having t(10;11)(q22;q23)"Cancer Res. 62. 4075-4080 (2002)
• [文献書誌] Taketani T: "Novel NUP98-HOXC11 Fusion Gene Resulted from a Chromosomal Break within Exon 1 of HOXC11 in Acute Myeloid Leukemia with t(11;12)(p15;q13)"Cancer Res. 62. 4571-4574 (2002)