| 研究課題/領域番号 |
14750641
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
生物・生体工学
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| 研究機関 | 広島県立大学 |
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研究代表者 |
宇野 健 広島県立大学, 経営学部, 助教授 (20305783)
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| 研究期間 (年度) |
2002 – 2003
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| 研究課題ステータス |
完了 (2003年度)
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| 配分額 *注記 |
3,300千円 (直接経費: 3,300千円)
2003年度: 2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2002年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
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| キーワード | クライアント・サーバモデル / 分子グラフィックス / モデリング / VRML / PDB / CGI / 分子シミュレーション / 生体高分子 |
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| 研究概要 |
本システムはインターネットを用い、オンラインで分子設計の支援をおこなうことを目的とする。これを構築するにあたり、昨年度はその中核をなすオンライン分子グラフィックスシステムの開発をおこなった。操作のインターフェースをHTML形式で作成し、それをサーバコンピュータ上に置くことにより、クライアント側からWebブラウザでの操作可能とした。また、クライアント側からのデータファイルの読み込み、データの変換出力、クライアント側へのVRML形式でのグラフィック表示などを可能とした。これにより、インターネットに接続されていれば、どこからでも分子グラフィックスの表示が可能となった。
本年度は、前述したオンライン分子グラフィックスシステムをベースとし、分子設計に必要な機能を開発した。今回開発したのは、分子動力学パッケージであるAMBERをオンラインでの操作、プロジェクト管理等をおこなうシステムである。これは、一つの分子のシミュレーションに対して複数の入出力ファイルを必要とするAMBERのシミュレーションをプロジェクト単位にまとめ、Web上から管理するシステムである。また、AMBERを構成するPREP、NUCGEN、SANDER等、各モジュールの入力ファイルの作成や実行指示をWebブラウザ上からおこなうことを可能とした。また、分子グラフィックスシステムを利用することにより、出力結果等を3次元分子グラフィックスによって確認すること等が可能となっている。これらはすべて、Webブラウザ上で実行することが可能であり、これまではTelnet等により、コマンドベースでリモートから利用していたAMBERを、Webブラウザ上からグラフィカルな環境で、機種・OSを選ぶことなく利用することが可能になった。そのため、研究利用のほかにも、分子シミュレーションの教育用システムとしての利用も期待される。
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