| 研究課題/領域番号 |
14F04100
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 外国 |
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| 研究分野 |
ゲノム医科学
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
安永 照雄 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (20260630)
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| 研究分担者 |
COSENTINO SALVATORE 大阪大学, 微生物病研究所, 外国人特別研究員
COSENTINO Salvatore 大阪大学, 微生物病研究所, 外国人特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-25 – 2016-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2015年度)
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| 配分額 *注記 |
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2015年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2014年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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| キーワード | 感染症 / メタゲノム解析 / メタゲノム |
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| 研究実績の概要 |
我々は次世代シークエンシングによるメタゲノム解析を応用し、病原体の種類に依存しない網羅的な感染症診断「メタゲノミック診断法」の研究開発を行っている。これまでにこの方法を用いて、咽頭スワブ検体からインフルエンザウイルス、便検体からノロウイルス、血液検体からC型肝炎ウイルス等の直接検出に成功してきた。また従来法では原因不明であった下痢症例において病原細菌カンピロバクターの検出にも成功している。これまでの経験により、明らかになった課題は細菌感染症の病原性の判別である。本研究では病原性細菌の病原性の有無の検出と、その薬剤耐性が判別できる解析パイプラインの構築を目指した。15種類の病原性細菌の病原性データベースを作成し、そのデータを用いて病原体判断が可能なパイプラインの構築を行った。この構築したパイプラインを用いて、実際に風邪や下痢症の臨床検体から取得したデータを用いてシステムを評価した。風邪を引き起こしている様々な種類のウイルスの検出に成功した他、従来法で同定済みである病原性大腸菌が引き起こした下痢症例で、その病原性判断が可能であることを示した。このパイプラインは病原体以外の遺伝情報を除くことによって、高速に解析することが可能であり、7000万リード規模のメタゲノムデータをIntel Core i7プロセッサー、8GBメモリーを用いた計算で6時間以内に解析することができる。本研究で構築した病原性データベースと解析パイプラインは、パッケージ化し、オンラインで広く公開する予定である。
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| 現在までの達成度 (段落) |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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