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近縁種で独立に生じた全ゲノム重複が解明する全ゲノム重複のメカニズムとインパクト

研究課題

研究課題/領域番号 14F04382
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分外国
研究分野 ゲノム生物学
研究機関東京大学

研究代表者

岩崎 渉  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50545019)

研究分担者 SRISWASDI SIRA  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 外国人特別研究員
SRISWASDI Sira  東京大学, 理学系研究科, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2014-04-25 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2016年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2015年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2014年度: 200千円 (直接経費: 200千円)
キーワードバイオインフォマティクス / ゲノム進化 / ゲノム / 進化
研究実績の概要

In this project, we aim to understand how neofunctionalization and subfunctionalization occur and whether they are driven by particular genetic elements or functions of nearby genes after genome polyploidization. Following the identification and characterization of genome polyploidization in newly sequenced fungal genomes, we investigated evolution rates among orthologs and paralogs, transcriptional orientation of newly formed adjacent genes, and conservations of stoichiometry for protein complexes and biological pathway components. In this year, we reported the discovery of two recent and independent genome hybridizations within a single clade of a fungal genus, Trichosporon. Comparative genomic analyses revealed that redundant genes are experiencing decelerations, not accelerations, of evolutionary rates. We identified a relationship between gene conversion and decelerated evolution suggesting that gene conversion may improve the genome stability of young hybrids by restricting gene functional divergences. Furthermore, we detected large-scale gene losses from transcriptional and translational machineries that indicate a global compensatory mechanism against increased gene dosages. Overall, our findings illustrate counteracting mechanisms during an early phase of post-genome hybridization and fill a critical gap in existing theories on genome evolution.

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (1件)

すべて 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件)

  • [雑誌論文] Global deceleration of gene evolution following recent genome hybridizations in fungi.2016

    • 著者名/発表者名
      Sira Sriswasdi, Masako Takashima, Ri-ichiroh Manabe, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, and Wataru Iwasaki.
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 26 号: 8 ページ: 1081-1090

    • DOI

      10.1101/gr.205948.116

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり

URL: 

公開日: 2015-01-22   更新日: 2024-03-26  

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