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遺伝子発現量のゆらぎとストレス環境下における細胞の生存の関係

研究課題

研究課題/領域番号 14J01376
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物物理学
研究機関東京大学

研究代表者

野添 嵩  東京大学, 総合文化研究科, 特別研究員(DC2)

研究期間 (年度) 2014-04-25 – 2016-03-31
研究課題ステータス 完了 (2015年度)
配分額 *注記
2,200千円 (直接経費: 2,200千円)
2015年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2014年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワード1細胞計測 / 細胞系譜 / 適応度 / 大腸菌 / 1細胞計測
研究実績の概要

前年度に引き続き、合成生物学的に構築した大腸菌を用いて、生存関連因子の発現状態のゆらぎがストレス環境下での長期的な生存とどのように関わっているか、に関する研究を行った。
(1)抗生物質耐性遺伝子発現株の生存に与える分解タグの影響の評価
生存関連因子のゆらぐ速さを変える目的で作製したタンパク質の分解を促進するペプチドタグをC末端に付加して発現するような蛍光標識ストレプトマイシン耐性遺伝子 (smR) 発現株について、分解タグの有無が集団の生存に与える影響を評価する実験を行った。SmRの分解速度及び合成速度は異なるが、その細胞内濃度の分布が同程度になるような大腸菌株のペアに対して、同じ濃度の抗生物質ストレプトマイシンを投与すると、分解タグが無いものについては生菌数が増えるようなストレプトマイシン濃度であっても、分解タグがある場合は生菌数が減少する、ということが確認され、抗生物質に対する細胞の応答が単に抗生物質耐性を与える酵素の濃度だけで決まっているのではないことが示唆された。
(2)細胞系譜解析による遺伝子発現の意義の評価
1細胞計測によって得られる細胞系譜から、遺伝子発現レベルといった「表現型」と細胞の増えやすさ、生き残りやすさを表す「適応度」の関係を定量する手法を前年度に開発した。この手法の実験における重要性を評価するため、smR発現株のタイムラプス計測結果に適用した。今年度は対照実験としてsmRを発現しない細胞株について、ストレプトマイシンの有無で表現型と適応度の関係はどのように変化するのかも調べた。蛍光蛋白質の時間平均生成率の適応度地形の比較から、smRを持たせない場合は 同じ時間平均生成率であっても適応度の値が落ちたことから、 smRを持たせることの役割が蛍光蛋白質の生成率の適応度地形を維持するという形で現れた可能性が示唆された。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2016 2015 2014

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Noise-driven growth rate gain in clonal cellular populations2016

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, M., Nozoe, T., Nakaoka, H., Okura, R., Akiyoshi, S., Kaneko, K., Kussell, E., Wakamoto, Y.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 113 号: 12 ページ: 3251-3256

    • DOI

      10.1073/pnas.1519412113

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 細胞集団の適応ダイナミクスと細胞状態のゆらぎ2014

    • 著者名/発表者名
      野添嵩、若本祐一
    • 雑誌名

      生体の科学

      巻: 65 ページ: 464-465

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Evaluating significance of phenotypic heterogeneity as the effect on selection for individual histories2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nozoe
    • 学会等名
      Forth Annual Winter Q-bio Meeting
    • 発表場所
      ホノルル(アメリカ)
    • 年月日
      2016-02-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Single-cell statistics to evaluate the significance of cellular state in growing population2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nozoe
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-14
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Single-cell level significance of gene expression level in growing population2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nozoe
    • 学会等名
      理研QBiCシンポジウム2015
    • 発表場所
      理化学研究所生命システム研究センター (大阪府吹田市)
    • 年月日
      2015-08-25
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] MEASURING FITNESS AND SELECTION STRENGTH IN GROWING BACTERIAL POPULATIONS2015

    • 著者名/発表者名
      Nozoe, T., Wakamoto, Y.
    • 学会等名
      Biophysical Society 59th Annual Meeting
    • 発表場所
      Baltimore, USA
    • 年月日
      2015-02-10
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Detecting the selection acting on heterogeneous cell phenotypes without environmental perturbation2014

    • 著者名/発表者名
      Nozoe, T., Wakamoto, Y.
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター( 北海道札幌市)
    • 年月日
      2014-09-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Quantitative evaluation of fitness differences and the strength of selection for coarse-grained historical phenotypes by using lineage trees2014

    • 著者名/発表者名
      Nozoe, T., Wakamoto, Y.
    • 学会等名
      JSMB/SMB 2014
    • 発表場所
      大阪国際会議場( 大阪府大阪市)
    • 年月日
      2014-07-29
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2015-01-22   更新日: 2024-03-26  

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