| 研究課題/領域番号 |
14J05460
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
ケミカルバイオロジー
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
松本 咲 大阪大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-25 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2016年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2015年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2014年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
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| キーワード | 遺伝子発現制御 / 小分子ーRNA相互作用 / シュードノット / RNA結合性分子 / RNA-seq / リボソームフレームシフト / フレームシフト |
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| 研究実績の概要 |
これまでに合成小分子NCTnがRNA中のCGG/CGG配列に特異的に結合することによりシュードノット構造を誘起し、さらに誘起されたシュードノット構造により－1リボソームフレームシフト（－1PRF）が引き起こされ、下流の遺伝子が発現することをin vitroと細胞内の両方で実証してきた。本年度はNCTn誘起型－１PRFのカイネティクス解析を行った。クエンチフローシステムを用いて翻訳時間0.05秒～200秒で産出するペプチド鎖を調べたところ、NCT8結合配列であるCGG/CGG配列をもつmRNAに対しては、NCT8非存在下と比べてNCT8を添加したときに、０フレーム産物より－１フレーム産物の生成速度が速いことが示された。
また、これまでにRT-PCRによる細胞内RNAの定量解析により、NCT添加から12～24時間の間にNCT8の副次的な影響が出ていることが示唆されていた。そこで本年度は、次世代シーケンサーを用いたRNA-seqにより、NCT8の添加により細胞内のトランスクリプトームがどのように変動するのかを解析した。その結果、化合物添加後１２時間及び２４時間後に発現促進及び発現抑制した遺伝子が見つかった。プロモーター領域をTSSの上流５００塩基と定義し、配列解析を行ったところ、NCT8により遺伝子の発現が上昇した遺伝子のプロモーター領域にはGCリッチな配列が多いことが明らかになった。SPR解析によりNCT8とプロモーター領域により多く発見された４塩基を持つDNAとの相互作用が確認できた。一方、プロモーター領域で発見頻度の低い４塩基をもつDNAではNCTとの相互作用は観測されなかった。このことから、NCTがGCリッチなプロモーター配列と相互作用することにより、遺伝子発現を上昇させる可能性が示唆された。
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| 現在までの達成度 (段落) |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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