| 研究課題/領域番号 |
14J06938
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
生物有機化学
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| 研究機関 | 東京農工大学 |
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研究代表者 |
藤田 裕子 東京農工大学, 連合農学研究科, 特別研究員(DC1)
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| 研究期間 (年度) |
2014-04-01 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2016年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2015年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2014年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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| キーワード | ペプチド / 次世代シークエンサー / トランスクリプトーム解析 / 細胞数計測 / 細胞形態解析 / Mahafacyclin B / ＣＨＯ細胞 / 全遺伝子発現変動解析 / 発現変動遺伝子 / 細胞毒性 / 疎水性タグ / ペプチド環化 / コンフォメーション変化 / アルカリ金属塩 |
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| 研究実績の概要 |
今年度は前年度、ペプチドを溶解させた培地で培養した培養哺乳類細胞CHO-K1と、ペプチドを含まない培地で培養した同細胞のトランスクリプトームを比較することで、ペプチドによって誘導される細胞応答を明らかにすることを目的として行った次世代シークエンサーを用いたトランスクリプト―ム解析により展望可能性が認められた研究結果を更に深めるため、化学合成ペプチドの細胞への生理学的影響を多面的かつ精度よく評価するための手法を確立することにした。前年度の研究の課題として、設定した薬剤添加濃度が適したトランスクリプトーム応答をもたらしているかを調べる必要があった。そこで今年度は、前年度のシャノンの情報エントロピーという指標に加えて、コルモゴロフ複雑性を用いて細胞のトランスクリプトーム不均一度を評価した。また、対象の生理学的影響は、細胞増殖や細胞形態変化といった直接観察可能な要素も併せて評価するのが好ましい。そこでモデルペプチドの細胞増殖・生存に関して、トリパンブルーで死細胞を染色した細胞集団の自動細胞計測装置を用いた細胞数の直接計測によって評価した。また同装置で取得できる細胞写真の画像解析から細胞形態の評価を行った。その結果、細胞のトランスクリプトーム不均一度の評価を通して設定した実験の妥当性を確認することで、発現変動遺伝子解析結果に対する信頼性を高めることができた。また、ペプチドの細胞に与える細胞増殖、細胞死や細胞形態といった複数の影響を一つの実験系から得られる情報を用いて評価することができた。
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| 現在までの達成度 (段落) |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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