研究課題
特定領域研究
5年間、DNA.RNAアミノ酸の各配列に潜む種々の規則性をコンピュータ解析によって明らかにする研究に取り組んできた。前半3年間は「ゲノム情報科学」領域に属し、後半は「ゲノム生物」領域に移って、実験系研究者との連携を図ることにも努めてきた。主な成果は以下の通りである。1.枯草菌における転写制御システムの網羅的研究既知転写因子とプロモーターの情報をまとめたデータベースDBTBSを構築、維持・発展させた。そのデータを用いた応用研究として、上流配列のゲノム比較に基づくレギュロン予測、マイクロアレイデータなども利用したシグマ因子依存性予測、ターミネータ予測結果の比較ゲノム解析、ベイズ推定法を用いた転写因子結合部位の予測など、一連の網羅的予測研究に取り組み、論文発表した。これらの結果を総合して、いかに生物学的に興味深い発見を行うかが次の課題と考えている。2.ヒト、マウスなどにおける転写開始点とその周辺領域の研究菅野純夫先生らとの共同研究で構築しているDBTSSデータベースをもとに種々の応用研究を行っている。たとえばCpGアイランドが転写開始点を頂点として、その周辺に高い確率で存在しており、またその存在は遺伝子発現の特異性と強く相関していることを発見した。また、いわゆる選択的プロモーターを網羅的に抽出する研究を精力的に進めている。その他、転写開始点直下にコンセンサス配列をもつ、いわゆるTOP (terminal origo-pyrimidine-rich)遺伝子の網羅的検出を行った(現在実験による検証中)。
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