| 研究課題/領域番号 |
15013227
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
金久 實 京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)
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| 研究分担者 |
川島 秀一 東京大学, 医科学研究所, 助手 (50314274)
片山 俊明 東京大学, 医科学研究所, 助手 (60396869)
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| 研究期間 (年度) |
2003 – 2004
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| 研究課題ステータス |
完了 (2004年度)
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| 配分額 *注記 |
24,000千円 (直接経費: 24,000千円)
2004年度: 12,000千円 (直接経費: 12,000千円)
2003年度: 12,000千円 (直接経費: 12,000千円)
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| キーワード | ゲノムデータベース / バイオインフォマティクス / システム生物学 / マイクロアレイ解析 / 比較ゲノム解析 / パスウェイ解析 / マイクロアレイ / オーソログ解析 / 機能予測 |
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| 研究概要 |
ゲノムから生命システムの理解を目指した新しい研究の流れの中で、データベースの役割も大きく変化しつつある。第1にデータベースの内容として、配列や立体構造といった個々の分子レベルの情報だけでは不十分であり、相互作用ネットワークや細胞プロセスといった高次レベルの情報を提供できなければならない。第2にデータベースの構築法として、著者が配列データや立体構造データをサブミットするやり方では不十分であり、研究コミュニティの知識が継続的にデータベースに反映される形態をとる必要がある。本研究では以下の通り枯草菌とシアノバクテリアを主な対象として、遺伝子・分子レベルのデータや知識から細胞・個体レベルでの機能情報を見いだすための統合データベースを開発し、同時に研究コミュニティの知識を集約・共有するコミュニティデータベースの枠組みを構築した。1.枯草菌データベースBSORF(bacillus.genome.jp)にマイクロアレイ実験データや必須遺伝子の情報など本特定領域研究の成果を取り込み、ゲノム、プロテオーム、トランスクリプトームを統合的に解析できるシステムとして提供した。2.シアノバクテリアデータベースCYORF(cyano.genomejp)では比較ゲノム解析とアノテーション機能の充実を行い、コミュニティアノテーションシステムとして日常的に利用されるようになった。3.上記の2つのデータベースに組み込み、またKEGGのパスウェイ情報と統合して利用できるマイクロアレイデータ解析ツールKegArrayを開発した。4.ゲノム比較によりオーソログ遺伝子を自動的にクラスター分類する方法、及び複数ゲノム上で保存された遺伝子クラスター(オーソログ遺伝子の並び)を見いだす方法を開発し、KEGGシステムに取り入れ公開した。
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