| 研究課題/領域番号 |
15013251
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 北里大学 |
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研究代表者 |
梅山 秀明 北里大学, 薬学部, 教授 (20050619)
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| 研究分担者 |
岩舘 満雄 北里大学, 薬学部, 講師 (10327447)
西川 健 (西川 建) 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (10093288)
深海 薫 理化学研究所, バイオリソースセンター, 室長 (20225494)
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| 研究期間 (年度) |
2003 – 2004
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| 研究課題ステータス |
完了 (2004年度)
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| 配分額 *注記 |
56,000千円 (直接経費: 56,000千円)
2004年度: 28,000千円 (直接経費: 28,000千円)
2003年度: 28,000千円 (直接経費: 28,000千円)
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| キーワード | タンパク質 / 立体構造 / 予測 / CASP / CAFASP / FAMS / GTOP / FAMSBASE / ゲノム / ホモロジーモデリング / コンピュータ解析 / アライメント / FAMS、FAMSBASE / バイオインフォマティックス / プロテオーム / 遺伝子 / タンパク質データベ-ス / タンパク質立体構造予測 / 機能進化解析 |
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| 研究概要 |
タンパク質の立体構造の予測プログラムEAMSを用いて、国際コンテストである平成12,14,16年度に行われたCASP、およびCAFASPにおいてFAMSの国際競争力を示してきた。
CASPは人手を介したタンパク質の立体構造モデリング手法の競争であり、CAFASPは純粋にプログラムのみでモデル構築を行った場合の比較となる点が大きく異なっている。
また別途ドッキングの国際コンテストでもあるCAPRIにも出場している。
CASP6では手動での手法が折れたみ認識部門(FR部門)で入賞するなど、本研究室のモデリング技術の高さを証明している。CAEASPに関しては、12、14年の大会においてCM部門においてindividualサーバー(他の人の結果をも参照するmetaサーバーに対してこう呼ぶ)の中で側鎖がもっとも正確に構築できる手法として査定された。EAMSのプログラムとしての優秀さを表している結果と考えられる。FAMSプログラムを用いた大規模データベースを構築するために、味の素ライフサイエンス研究所内に北里大学生物分子設計学教室の分室を設けて1000台のPCを用いた大規模クラスターを構築した。
一方遺伝学研究所では、ゲノム配列が決定された生物種に関して、さまざまなバイオインフォマティックスツールを駆使してデータ処理を施した情報をGTOPとして公開している。そのなかの対PDBのRPS-BLASTのアライメントを入力にして、FAMSを実行し巨大なタンパク質立体構造テータベースEAMSBASEを構築した。GTOPでは、PDBの他にSCOP、Pfam、Swiss-Protなどの公共データベースに対するホモロジー検索も行いすべての解析結果を公開しているが、新規にゲノムの解明された生物種にも拡張している。また、GTOPの解析結果を用いたゲノム情報解析研究を展開してきた。
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