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プロトンポンプの方向性を決定する内部結合水の構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 15076202
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関名古屋工業大学

研究代表者

神取 秀樹  名古屋工業大学, 工学研究科, 教授 (70202033)

研究分担者 古谷 祐詞  名古屋工業大学, 工学研究科, 助教 (80432285)
研究期間 (年度) 2003 – 2007
研究課題ステータス 完了 (2007年度)
配分額 *注記
83,500千円 (直接経費: 83,500千円)
2007年度: 10,000千円 (直接経費: 10,000千円)
2006年度: 10,000千円 (直接経費: 10,000千円)
2005年度: 11,600千円 (直接経費: 11,600千円)
2004年度: 17,000千円 (直接経費: 17,000千円)
2003年度: 34,900千円 (直接経費: 34,900千円)
キーワード生物物理 / ナノバイオ / 生体分子 / 蛋白質 / 光スイッチ / 内部結合水 / 赤外分光 / 水素結合 / プロトンポンプ / 赤外分光法 / スイッチ / バクテリオロドプシン / 塩素イオンポンプ / レチナール / 光受容蛋白質 / 機能 / 構造変化 / 水素結合ネットワーク / 同位体効果
研究概要

蛋白質は一般に疎水部を水から避ける形で折り畳まれるが、疎水的な内部に水分子が存在する場合もある。これら内部結合水の中には単に空間を充填するだけでなく、機能に重要な役割を演ずる水分子の存在が考えられている。本研究では、濃度勾配に逆らってイオンを輸送する分子ポンプ蛋白質の機能発現過程における内部結合水の役割を明らかにするため、光駆動プロトンポンプであるバクテリオロドプシンなどを対象として、低温赤外分光を用いた研究を行っている。本年度は以下の成果を得た。
バクテリオロドプシンの活性中心を構成する2つのアスパラギン酸(Asp85,212)を非解離性のアミノ酸に置換するとプロトンポンプ活性がなくなる。一方、クロライドを結合するとAsp85の変異体はクロライドポンプに機能転換する一方、Asp212の変異体はプロトンポンプ機能が復活することが知られているが、そのメカニズムは不明であった。我々は昨年、クロライドポンプに転換したD85変異体の構造解析を報告したが、それに続いてD212変異体の赤外分光解析を行った。その結果、シッフ塩基の水素結合アクセプターである水分子の位置にクロライドが結合するD85変異体とは異なり、D212変異体ではシッフ塩基-水-Asp85という水素結合ネットワークを再構成するようにクロライドが活性中心近傍に結合することが明らかになった。強い水素結合を形成した水分子は、ハライドが結合したD212変異体にのみ観測され、ロドプシンのプロトンポンプ機能とも完全に対応している。これ以外にも、バクテリオロドプシンのAsp115の変異体や海洋性バクテリアのプロトンポンプ蛋白質であるプロテオロドプシン(PR)に対して赤外分光解析を行い、特異的な水素結合構造が機能発現に重要な役割を担っていることを明らかにした。
以上の成果として、2007年に11編の原著論文を世に出すことができた。また、平成19年度には15件の招待講演を含む46件の学会発表を行った。

報告書

(5件)
  • 2007 実績報告書
  • 2006 実績報告書
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (120件)

すべて 2007 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (56件) (うち査読あり 12件) 学会発表 (46件) 図書 (2件) 備考 (1件) 文献書誌 (15件)

  • [雑誌論文] Clay Mimics Color Tuning in Visual Pigments2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Furutani, et. al.
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed. 46

      ページ: 8010-8012

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heterogeneous Environment of the S-H Group of Cys966 near the Flavin Chromophore in the LOV2 Domain of Adiantum Neochromel2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Sudo, et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 10258-10265

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photochromism of Anabaena Sensory Rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      A. Kawanabe, et. al.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 129

      ページ: 8644-8649

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Magnetic and Infrared Properties of the Azide Complex of 2,7,12,17-[Tetrapropylporphycenato]iron (III): A Novel Admixing Mechanism of the S=5/2 and S=3/2 States2007

    • 著者名/発表者名
      S. Neya, et. al.
    • 雑誌名

      Eur. J. Inorg. Chem.

      ページ: 3188-3194

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Halide Binding by the D212N Mutant of Bacteriorhodopsin Affects Hydrogen Bonding of Water in the Active Site2007

    • 著者名/発表者名
      M. Shibata, et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 7325-7335

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydration and temperature similarly affect light-induced protein structural changes in the chromophoric domain of phototoropin2007

    • 著者名/発表者名
      T. Iwata, et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 7016-7021

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bayesian Maximum Entropy (Two-Diamensional) Lifetime Distribution Reconstruction from Time-Resolved Spectroscopic Data2007

    • 著者名/発表者名
      V. A. Lorenz-Fonfria, et. al.
    • 雑誌名

      Appl. Spectrosc. 61

      ページ: 428-443

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] FTIR Study of the Retinal Schiff Base and Internal Water Molecules of Proteorhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      D. Ikeda, et. al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 5365-5373

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Early photocycle structural changes in a Bacteriorhodopsin Mutant Engincered to Transmit Photpsensory Signals2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Sudo, et. al.
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 282

      ページ: 15550-15558

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inter-helical Hydrogen Bonds Are Essential Elements for Intra-protein Signal transduction: The Role of Asp115 in Bacteriorhodopsin Transport Function2007

    • 著者名/発表者名
      A. Peralvarez-Marin, et. al.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 368

      ページ: 666-676

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Practical Aspectsof the maximum Entropy Inversion of the Laplace Transform for Quantitative Analysis of Multi-Exponential Data2007

    • 著者名/発表者名
      V. A. Lorenz-Fonfria, et. al.
    • 雑誌名

      Appl. Spectrosc. 61

      ページ: 74-84

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Primary Processes during the light-Signal Transduction of Phototropin2007

    • 著者名/発表者名
      D. Matsuoka, et. al.
    • 雑誌名

      Photochem. Photobiol. 83

      ページ: 1-9

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 光を情報へと変換する視物質ロドプシンの光応答機構2007

    • 著者名/発表者名
      神取 秀樹
    • 雑誌名

      化学と教育 55

      ページ: 126-129

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] 赤外・ラマン分光法2007

    • 著者名/発表者名
      古谷 祐詞 神取 秀樹
    • 雑誌名

      生物物理学ハンドブック(朝倉書店)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] 光駆動ポンプ:バクテリオロドプシンの構造・機能2007

    • 著者名/発表者名
      神取 秀樹
    • 雑誌名

      生物物理学ハンドブック(朝倉書店)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Photoisomerization Processes in the 13-cis and All-trans Forms of Anabaena Sensory Rhodopsin at 77 K2006

    • 著者名/発表者名
      A.Kawanabe et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45・14

      ページ: 4362-4370

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Temperature-Dependent Interactions between Photoactivated pharaonis Phoborhodopsin and Its Transducer2006

    • 著者名/発表者名
      K.Kamada et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45・15

      ページ: 4859-4866

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Assignment of the Hydrogen-Out-Of-Plane and In-Plane Vibrations of the Retinal Chromophore in the K Intermediate of pharaonis Phoborhodopsin2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45・39

      ページ: 11836-11843

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional importance of the interhelical hydrogen bond between THR204 and TYR174 of sensory rhodopsin II and its alteration during the signaling process2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Sudo et al.
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 281・45

      ページ: 34239-34245

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Conformational Coupling between the Cytoplasmic Carboxylic Acid and the Retinal in a Fungal Light-Driven Proton Pump2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45・51

      ページ: 15349-15358

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Demura and Hideki Kandori, Deprotonation of Glu234 during the Photocycle of Natronomonas pharaonis Halorhodopsin2006

    • 著者名/発表者名
      M.Shibata et al.
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 432

      ページ: 545-547

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Photochemistry in Phototropin, a Blue Light Sensor Protein in Plants2006

    • 著者名/発表者名
      T.Iwata, H.Kandori
    • 雑誌名

      Journal of the Chinese Chemical Society 53巻

      ページ: 67-73

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Photoreaction Cycle of the Light, Oxygen, and Voltage Domain in FKFI Determined by Low-Temperature Absorption Spectroscopy2006

    • 著者名/発表者名
      K.Zikihara et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45・36

      ページ: 10828-10837

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification of the C=O Stretching Vibrations of FMN and Peptide Backbone by ^<13>C-Labeling of the LOV2 domain of Adiantum Phytochrome32006

    • 著者名/発表者名
      T.Iwata et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45・51

      ページ: 15384-15391

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Internal Water Molecules of the Proton-pumping Halorhodopsin in the Presence of Azide.2006

    • 著者名/発表者名
      N.Muneda et al.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 128

      ページ: 6294-6295

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Hydrogen-bonding Interaction of the Protonated Schiff Base with Halides in a Chloride-pumping Bacteriorhodopsin Mutant.2006

    • 著者名/発表者名
      M.Shibata et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 10633-10640

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural Changes in Bacteriorhodopsin Following Retinal Photoisomerization from the 13-cis Form.2006

    • 著者名/発表者名
      N.Mizuide et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 45

      ページ: 10674-10681

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Strongly Hydrogen-bonded Water Molecule is Observed only in the Alkaline Form of Proteorhodopsin.2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Furutani et al.
    • 雑誌名

      Chem. Phys. 324

      ページ: 705-708

    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [雑誌論文] Water Structural Changes in the Activation Process of the LOV2 Domain of Adiantum Phytochrome3.2005

    • 著者名/発表者名
      Nozaki et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Struct. 735/736

      ページ: 259-265

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Reactive Cysteine is Protonated in the Triplet Excited State of the LOV2 Domain in Adiantum Phytochrome3.2005

    • 著者名/発表者名
      Sato et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 127

      ページ: 1088-1089

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural Changes of the Complex between pharaonis Phoborhodopsin and Its Cognate Transducer upon Formation of the M Photointermediate.2005

    • 著者名/発表者名
      Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 2909-2915

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] FTIR Studies of Internal Water Molecules in the Schiff Base Region of Bacteriorhodopsin.2005

    • 著者名/発表者名
      Shibata et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 7406-7413

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Comparative Investigation of the LOV1 and LOV2 Domains in Adiantum Phytochrome3.2005

    • 著者名/発表者名
      Iwata et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 7427-7434

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] FTIR Studies of the Photoactivation Processes in Squid Retinochrome.2005

    • 著者名/発表者名
      Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 7988-7997

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Unique Temperature Dependence in the Adduct Formation between FMN and Cysteine S-H Group in the LOV2 Domain of Adiantum Phytochrome3.2005

    • 著者名/発表者名
      Nozaki et al.
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 410

      ページ: 59-63

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Hydrogen-Bonding Alterations of the Protonated Schiff Base and Water Molecule in the Chloride Pump of Natronobacterium pharaonis.2005

    • 著者名/発表者名
      Shibata et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 12279-12286

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] FTIR Spectroscopy of the All-Trans Form of Anabaena Sensory Rhodopsin at 77 K : Hydrogen Bond of a Water between the Schiff Base and Asp75.2005

    • 著者名/発表者名
      Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 12287-12296

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Strongly Hydrogen-Bonded Water Molecule Present near the Retinal Chromophore of Leptosphaeria Rhodopsin, the Bacteriorhodopsin-like Proton Pump from a Eukaryote.2005

    • 著者名/発表者名
      Sumii et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44

      ページ: 15159-15166

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Redox-induced Protein Structural Changes in Cytochrome bo Revealed by Fourier-transform Infrared Spectroscopy and ^<13>C-Tyr-labeling.2005

    • 著者名/発表者名
      Kandori et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 280

      ページ: 32821-32826

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Steric Constraint in the Primary Photoproduct of an Archaeal Rhodopsin from Regiospecific Perturbation of C-D Stretching Vibration of the Retinyl Chromophore.2005

    • 著者名/発表者名
      Sudo et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 127

      ページ: 16036-16037

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Strongly Hydrogen-Bonded Water Molecules in the Schiff Base Region of Rhodopsins.2005

    • 著者名/発表者名
      Furutani et al.
    • 雑誌名

      Photochem.Photobiol.Sci. 4

      ページ: 661-666

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Mechanism of Photoactivation in the LOV2 Domain of Adiantum Phytochrome3.2005

    • 著者名/発表者名
      Iwata et al.
    • 雑誌名

      Recent Res.Devel.Biochem. 6

      ページ: 1-26

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] イオンポンプの機能にかかわる蛋白質内部の水分子2005

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 雑誌名

      現代化学 414

      ページ: 51-57

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Water structural changes in the activation process of the LOV2 domain of Adiantum phytochrome32005

    • 著者名/発表者名
      D.Nozaki et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Struct. 735

      ページ: 259-265

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Reactive cysteine is protonated in the triplet excited state of the LOV2 domain in Adiantum phytochrome32005

    • 著者名/発表者名
      Y.Sato et al.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 127

      ページ: 1088-1089

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Structural changes of the complex between pharaonis phoborhodopsin and its cognate transducer upon formation of the M photointermediate2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 44(In press)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Strongly hydrogen-bonded water molecules in the Schiff base region of rhodopsins2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Furutani et al.
    • 雑誌名

      Photochem.Photobiol.Sci. (In press)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] FTIR spectroscopy of the O photointermedate in pharaonis phoborhodopsin2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 5204-5212

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Role of Gln1029 in the photoactivation processes of the LOV2 domain in Adiantum phytochrome32004

    • 著者名/発表者名
      D.Nozaki et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 8373-8379

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Internal water molecules of light-driven chloride pump proteins2004

    • 著者名/発表者名
      M.Shibata et al.
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 392

      ページ: 330-333

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Altered hydrogen bonding of Arg82 during the proton pump cycle of bacteriorhodopsin : A low-temperature polarized FTIR spectroscopic study2004

    • 著者名/発表者名
      T.Tanimoto et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 9439-9447

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] FTIR spectroscopy of the K photointermedate of neurospora rhodopsin : Structural changes of the retinal, protein, and water molecules after photoisomerization2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Furutani et al.
    • 雑誌名

      Biochemistry 43

      ページ: 9636-9646

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Role of hydrogen-bond network in energy storage of bacteriorhodopsin's light-driven proton pump revealed by ab initio normal-mode analysis2004

    • 著者名/発表者名
      S.Hayashi et al.
    • 雑誌名

      I.Am.Chem.Soc. 126

      ページ: 10516-10517

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Hydration switch model for the proton transfer in the Schiff base region of bacteriorhodopsin2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kandori
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta 1658

      ページ: 72-79

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Molecular mechanism of protein-protein interaction of pharaonis phoborhodopsin/transducer and photo-signal transfer reaction by complex2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Sudo et al.
    • 雑誌名

      Recent Res.Devel.Biophys. 3

      ページ: 1-16

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] バクテリオロドプシンにおける内部結合水の振動解析2004

    • 著者名/発表者名
      柴田幹大, 神取秀樹
    • 雑誌名

      生物物理 44

      ページ: 113-117

    • NAID

      110001151703

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [学会発表] レチナールの色と反応を制御するロドプシンという蛋白質場の役割2007

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 学会等名
      理化学研究所研究会「分子系の構造と電子状態-『生物物質科学』を目指して
    • 発表場所
      和光
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ロドブシンの赤外分光法:より生理的な測定を目指して2007

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 学会等名
      分子科学研究所研究会「生細胞の分子科学」
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] FTIR study of rhodopsins in action2007

    • 著者名/発表者名
      Hideki Kandori
    • 学会等名
      LALS 2007, International Conference on Laser Applications in Life Sciences
    • 発表場所
      Moscow, Russia
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 膜蛋白質におけるプロトン伝導2007

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 学会等名
      生理学研究所研究会「膜機能分子ダイナミクスの分子機構解明に向けて
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] FTIR Study of Proton Pumping and Light-Signal Transduction Mechanisms in Archaeal-Type Rhodopsins2007

    • 著者名/発表者名
      Yuji Furutani and Hideki Kandori
    • 学会等名
      9th International Symposium on Biotechnology Metal Complexes and Catalysis (BMC-IX)
    • 発表場所
      Xilinhot, Inner Mongolia, China
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] FTIR study of photoreceptive proteins in action2007

    • 著者名/発表者名
      Hideki Kandori
    • 学会等名
      International Workshop of the Collaborative Research Center on "Protein-Cofactor Interactions in Biological Processes
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Determinants of Light-Energy and Light-Signal Conversions in Rhodopsins2007

    • 著者名/発表者名
      Hideki Kandori
    • 学会等名
      International Symposium on "Retinal Proteins: Experiments and Theory"
    • 発表場所
      Bremen, Germany
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] FTIR Studies of Internal Water Molecules of Bacteriorhodopsin: Structural Analysis of Halide-bound D85S and D212N Muntants inthe Schiff Base Region2007

    • 著者名/発表者名
      Mikihiro Shibata and Hideki Kan dori
    • 学会等名
      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • 発表場所
      Corf, Greece
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] The Determinant of Light-Energy and Light-Signal Conversion in Rhodopsins2007

    • 著者名/発表者名
      Hideki Kandori
    • 学会等名
      International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering
    • 発表場所
      Corf, Greece
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Structural changes of water molecules upon the reduction of quinones in the reaction center from Rhodobacter sphaeroides2007

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Iwata, Mark L. Paddock, Melvin Y. Okamura and Hideki Kandori
    • 学会等名
      17th International Symposium on Fine Chemistry and Functional Polymers & IUPAC 3rd International Symposium on Novel Materialsand Synthesis
    • 発表場所
      Shanghai, China
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] The determinants of light-energy and light-signal conversion in rhod opsins2007

    • 著者名/発表者名
      Hideki Kandori
    • 学会等名
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 水分子の水素結合強度が決めるロドプシンの機能2007

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 学会等名
      赤外ラマン分光部会シンポジウム
    • 発表場所
      豊中
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 赤外分光によるプロトンポンプ蛋白質のメカニズム研究2007

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 学会等名
      水素量子アトミクス研究会
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 赤外分光法によるタンパク質間相互作用の解析-ロドプシンをモデルとして-2007

    • 著者名/発表者名
      古谷祐詞、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 分子ポンプを考える2007

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 紅色細菌の光化学反応中心のキノン還元に伴う内部結合水の構造変化2007

    • 著者名/発表者名
      岩田達也、Mark L. Paddock、Melvin Y. Okamura、神取秀樹
    • 学会等名
      第34回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 赤外分光法によるセンサリーロドプシンIの光情報伝達過程での構造変化および相互作用変化の解析2007

    • 著者名/発表者名
      古谷祐詞、高橋はづき、佐々木純、須藤雄気、John L. Spudich、神取秀樹
    • 学会等名
      第34回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] FTIR分光法によるGloeobacter rhodopsinの初期中間体における構造変化の研究2007

    • 著者名/発表者名
      橋本匡平、古谷祐詞、Kwang-Hwan Jung、神取秀樹
    • 学会等名
      第14回日本光生物学協会年会
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 硝酸イオン結合型ファラオニスハロロドプシンの低温赤外分光2007

    • 著者名/発表者名
      中島啓介、柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • 学会等名
      第14回日本光生物学協会年会
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 赤外分光法によるセンサリーロドプシンIの光情報伝達過程におけるタンパク質間相互作用の解析2007

    • 著者名/発表者名
      高橋はづき、古谷祐司、佐々木 純、須藤雄気、Jhon L. Spudich、神取秀樹
    • 学会等名
      第14回日本光生物学協会年会
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ホウライシダneochrome1-LOV2ドメインの光誘起構造変化におけるPhe-1010の役割2007

    • 著者名/発表者名
      山本渥史、岩田達也、徳富 哲、神取秀樹
    • 学会等名
      第14回日本光生物学協会年会
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Anabaena sensory rhodopsinの光反応過程の研究2007

    • 著者名/発表者名
      川鍋陽、古谷祐詞、Kwang-Hwan Jung、神取秀樹
    • 学会等名
      第14回日本光生物学協会年会
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 赤外分光法によるハロロドプシンの細胞外側領域の構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • 学会等名
      第14回日本光生物学協会年会
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 光センサーに変換したバクテリオロドプシンの構造と構造変化2007

    • 著者名/発表者名
      須藤雄気、古谷祐詞、神取秀樹、John L. Spudich
    • 学会等名
      第14回日本光生物学協会年会
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 自己組織化により形成されたM6L4型かご状錯体内部に存在する水クラスターの光化学反応に対する赤外分光法による解析2007

    • 著者名/発表者名
      古谷祐詞、吉沢道人、藤田誠、神取秀樹
    • 学会等名
      第1回分子科学討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 2,7,12,17-テトラプロピルポルフィセン鋲(III)錯体に結合したアジドの温度依存的な赤外吸収変化の解析によるスピン状態の考察2007

    • 著者名/発表者名
      古谷祐詞、神取秀樹、池崎章、大胡惠樹、中村幹夫、根矢三郎
    • 学会等名
      第57回錯体化学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Altered Hydrogen Bonding of the Arg123 and Water Molecules in the Lland L2-intermediate of pharaonis Halorhodonsin2007

    • 著者名/発表者名
      Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • 学会等名
      Projects of the SFb-498 "Protein-Cofactor Interactions in Biological Processes"
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Altered Hydrogen Bonding of the Arg123 and Water Molecules in the L1 and L2-intermediate of pharaonis Halorhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      Mikihiro Shibata, Makoto Demur a and Hideki kandori
    • 学会等名
      International Symposium on Retinal Proteins: Experim ents and Theory
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] FTIR Study of Nitrate-bound pharaonis Halorhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Nakashima, Mikihiro Shibata, Makoto Demura and Hideki Kandori
    • 学会等名
      Molecular Science and Chemical Biology of Biom olecular Function
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Long-Ranged Protein Structural Changes upon Retinal Photoisomerization in a Cyanobacterial Rhodopsin Studied by FTIR Spectroscopy2007

    • 著者名/発表者名
      Kyohei Hashimoto, Yuji Furutani, Ah Reum Choi, Kwang-Hwan Jung and Hideki Kandori
    • 学会等名
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Interaction Changes of Sensory Rhodopsin with its Transducer Protein upon Formation of the S373 Intermediate Studied by FTIR Spectroscopy2007

    • 著者名/発表者名
      Hazuki Takahashi, Yuji Furutani, Jun Sasaki, Yuki Sudo, John L. Spudich and Hideki Kandori
    • 学会等名
      Molecular Science and Chemical Biology Of Biom olecular Function
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Protein-Protein Interactions In pharaonis Phoborhodopsin-pHtrII Complexunder Aqueous Environment Studied by ATR-FTIR Spectroscopy2007

    • 著者名/発表者名
      Yuya Kitade, Yuji Furutani, Yuki Sudo, Naoki Kamo, and Hideki kandori
    • 学会等名
      Molecular Science and Chemical Biology of Biom olecular Function
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Steric Constraint at the C14 Position of the Retinal Chromophore Initiates Light-Signal Transduction of pharaonis Sensory Rhodopsin II2007

    • 著者名/発表者名
      Motohiro Ito, Yuki Sudo, Yuji Furutani, Takashi Okitsu, Akimori Wada, Michio Homma, Jhon L. Spudich. and Hideki Kandori
    • 学会等名
      Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Halide Binding by D85S and D212N Bacteriorhodopsin Mutants Affects Hydrogen-Bonding Network in the Active Site2007

    • 著者名/発表者名
      Mikihiro shibata, Maiko Yoshitsugu, Kunio Ihara and Hideki Kandori
    • 学会等名
      Molecular Science and Chemical Biology Of Biomolecular Function
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Gloeobacter rhodopsinにおけるレチナールの光異性化にともなうプロトンドナーの構造変化2007

    • 著者名/発表者名
      橋本 匡平、古谷 祐詞、Ah Reum Choi、Kwang-Hwan Jung、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 硝酸イオン結合型ファラオニスハロロドプシンの赤外分光2007

    • 著者名/発表者名
      中島啓介、柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 赤外分光法によるセンサリーロドプシンIの赤色光照射時の構造変化および相互作用の変化2007

    • 著者名/発表者名
      高橋はづき、古谷祐詞、佐々木純、須藤雄気、John L.Spudich、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 種々のフォトトロピンにおけるLOV2ドメインとJα-helixの光誘起構造変化2007

    • 著者名/発表者名
      小山貴之、山本渥史、岩田達也、佐藤義彰、松岡大介、徳富哲、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ファラオニスフォボロドプシンの「水中」における膜タンパク質問相互作用の全反射赤外分光法による解析2007

    • 著者名/発表者名
      北出祐也、古谷祐詞、加茂直樹、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 乾電池型プロテオロドプシン変異体の研究2007

    • 著者名/発表者名
      吉次麻衣子、池田大亮、柴田幹大、古谷祐詞、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] シロイヌナズナphot1におけるLOV2ドメインからJαヘリックスへの光誘起構造変化の伝達メカニズム2007

    • 著者名/発表者名
      山本渥史、岩田達也、佐藤義彰、松岡大介、徳富 哲、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ファラオニスセンサリーロドプシンIIの光情報伝達を開始させる特異なタンパク質-発色団相互作用について2007

    • 著者名/発表者名
      伊藤元博、須藤雄気、古谷祐詞、沖津貴志、和田昭盛、John. L. Spudich、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Anabaena sensory rhodopsinのL中間体におげる細胞質側での構造変化2007

    • 著者名/発表者名
      川鍋陽、古谷祐詞、Kwang-Hwan Jung、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ファラオニスハロロドプシンのクロライドポンプにおけるプロリン残基の役割2007

    • 著者名/発表者名
      柴田幹大、出村誠、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 紅色光合成細菌の反応中心のQB周囲の内部結合水2007

    • 著者名/発表者名
      岩田達也、Mark L. Paddock、Melvin Y. Okamura、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] ウシロドプシンのレチナール結合部位の構造安定性の解析-Thr118のH/D交換実験2007

    • 著者名/発表者名
      古谷祐詞、Victor Lorenz-Fonfria、太田徹、神取秀樹
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] cis-trans Isomerization in Biochemistry2006

    • 著者名/発表者名
      H.Kandori
    • 出版者
      Retinal binding proteins
    • 関連する報告書
      2006 実績報告書
  • [図書] 細胞生物学事典(イオンポンプ)2005

    • 著者名/発表者名
      神取秀樹
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.ach.nitech.ac.jp/~physchem/kandori/index_j.html

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [文献書誌] T.Tanimoto et al.: "Structural Changes of Water in the Schiff Base Region of Bacteriorhodopsin : Proposal of a Hydration Switch Model"Biochemistry. 42. 2300-2306 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Iwamoto et al.: "Proton Transfer Reactions in the F86D and F86E Mutants of Pharaonis Phoborhodopsin (Sensory Rhodopsin II)"Biochemistry. 42. 2790-2796 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Furutani et al.: "FTIR Spectroscopy of the complex between pharaonis Phoborhodopsin and its Transducer Protein"Biochemistry. 42. 4837-4842 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] K.Shimono et al.: "Vibrational Modes of the Protonated Schiff Base in pharaonis Phoborhodopsin"Biochemistry. 42. 7801-7806 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] T.Iwata et al.: "Light-induced structural changes in the LOV2 domain of Adiantum phytochrome3 studied by low-temperature FTIR and UV-visible spectroscopy"Biochemistry. 42. 8183-8191 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Furutani et al.: "Structural Changes in Lumirhodopsin and Metarhodopsin I Studied by their Photoreactions at 77 K"Biochemistry. 42. 8494-8500 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Furutani et al.: "Structural Changes of Water Molecules during the Photoactivation Processes in Bovine Rhodopsin"Biochemistry. 42. 9619-9625 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Shibata et al.: "Water molecules in the Schiff Base Region of Bacteriorhodopsin"J.Am.Chem.Soc.. 125. 13312-13313 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Sudo et al.: "Hydrogen bonding alteration of Thr204 in the complex between pharaonis phoborhodopsin and its transducer protein"Biochemistry. 42. 14166-14172 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Furutani et al.: "FTIR Spectroscopy of the O Photointermediate in pharaonis Phoborhodopsin"Biochemistry. (発表予定). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Iwamoto et al.: "Photochemical properties of pharaonis phoborhodopsin (sensory rhodopsin II)"Recent Res.Develp.Chem.. 1. 15-30 (2003)

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      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 神取秀樹: "視覚の初期過程における光化学反応"レーザー研究. 31. 184-189 (2003)

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  • [文献書誌] 神取秀樹: "ロドプシンを究める"日本化学会、生体機能関連化学部会 News Letter. 17. 10-13 (2004)

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  • [文献書誌] H.Kandori: "Hydration Switch Model for the proton transfer in the Schiff base region of bacteriorhodopsin"Biochim.Biophys.Acta. (In press). (2004)

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  • [文献書誌] 柴田幹大, 神取秀樹: "バクテリオロドプシンにおける内部結合水の振動解析"生物物理. (印刷中). (2004)

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2018-03-28  

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