| 研究課題/領域番号 |
15076213
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
理工系
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| 研究機関 | 名古屋大学 (2005-2007)
分子科学研究所 (2004)
岡崎国立共同研究機構 (2003) |
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研究代表者 |
岡本 祐幸 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70185487)
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| 研究分担者 |
奥村 久士 (奥村 久志) 名古屋大学, 大学院・理学研究科, 特任講師 (80360337)
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| 研究期間 (年度) |
2003 – 2007
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| 研究課題ステータス |
完了 (2007年度)
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| 配分額 *注記 |
30,000千円 (直接経費: 30,000千円)
2007年度: 6,000千円 (直接経費: 6,000千円)
2006年度: 6,000千円 (直接経費: 6,000千円)
2005年度: 6,000千円 (直接経費: 6,000千円)
2004年度: 6,000千円 (直接経費: 6,000千円)
2003年度: 6,000千円 (直接経費: 6,000千円)
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| キーワード | タンパク質の折り畳み / 分子シミュレーション / 分子動力学法 / 拡張アンサンブル法 / マルチカノニカル法 / 計算機シミュレーション / モンテカルロ法 / レプリカ交換法 / マルチバーリック法 / 膜タンパク質 / 蛋白質 / 折り畳み / 立体構造予測 |
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| 研究概要 |
本年度の主な研究成果は以下のとおりである。
1.拡張アンサンブル法の一つであるマルチカノニカル法とマルチオーバーラップ法の利点を合体させた、マルチカノニカル・マルチオーバーラップ法を開発した。
2.今回開発したマルチカノニカル・マルチオーバーラップ法をアルツハイマー病の原因ペプチドである、アミロイドβペプチドの29番目から42番目のアミノ酸残基に対応するペプチドフラグメント2個の系に適用して、アミロイド形成の初期過程を考察した。2つのペプチドフラグメントが空間的に離れているときは、αヘリックスやβヘアピン構造をしているが、それらが近づいてくると、2次構造がこわされて、βストランド状にまっすぐに伸びた構造が結合して、2本のβストランドが水素結合でβシート構造を作ることが示唆された。アミロイド線維はこのβシート構造が更に結合して形成されると推測された。
3.数年前にわれわれが開発した拡張アンサンブル法である、マルチバーリック・マルチサーマル法は、エネルギーと体積の2次元空間でランダムウォークする手法であり、特に、タンパク質の高圧変性を研究するのに適した手法である。我々は、昨年に続き、水中のアラニンジペプチドの系にこの手法を適用して、この系の高圧実験の結果と比較した。今年は、この計算にAMBER99とAMBER96の2つのポテンシャルエネルギーを使った。我々の以前の研究のより、前者はαヘリックスを後者はβシートを作り過ぎる傾向があることが分かっている。ラーマン散乱の実験によって、得られた部分モルエンタルピーや部分モル体積は、ちょうど、これらの2つのエネルギー関数で得られた計算結果の中間にあることが判明した。理想的なエネルギー関数はこれら2つのエネルギー関数の中間的なものに対応することが示唆された
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