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並列光トラップ技術に基づく光・分子協調コンピューティング

研究課題

研究課題/領域番号 15200023
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関大阪大学

研究代表者

谷田 純  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00183070)

研究分担者 齋藤 誠慈 (齋藤 誠治)  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授 (90225714)
小倉 裕介 (小倉 祐介)  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助手 (20346191)
研究期間 (年度) 2003 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
50,570千円 (直接経費: 38,900千円、間接経費: 11,670千円)
2005年度: 9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円)
2004年度: 14,560千円 (直接経費: 11,200千円、間接経費: 3,360千円)
2003年度: 26,390千円 (直接経費: 20,300千円、間接経費: 6,090千円)
キーワード光・分子協調コンピューティング / 並列光トラップ / VCSELアレイ / 局所DNA反応 / DNA分子群 / 2次計画問題 / フォトニックDNAメモリ / DNAコンピューティング / 最大クリーク問題 / 集合演算 / 光トラップ / ファジィ / ビーズ
研究概要

本研究では,光分布制御による分子群操作に基づく光・分子協調コンピューティング技術の開発をめざし,分子群演算アルゴリズムの開発,並列光トラップによるビーズ接合DNAに対する操作方法の確立,光によるDNA反応技術の開発,並列情報処理への応用展開を行った.
光・分子協調コンピューティングに基づく情報処理システムのパラメータと,情報密度,処理時間,情報転送レートとの関係を数値的に評価し,システムの基本特性を明らかにした.また,離散2次計画問題に対して,数理的手法とDNA計算の組み合わせた効率的アルゴリズムを考案した.
VCSELアレイ光源を用いた並列光トラップ技術に基づく微小球の積み上げ構造形成手法について,形成過程の側方観察により,形成条件やメカニズムを明らかにした.また,ビーズ接合DNA群(DNAクラスタ)を並列かつノンメカニカルに輸送すること,および,最大5個のDNAクラスタの積み上げ構造を形成することに成功し,本手法がDNA位置制御へ適用できることを実証した.一方,光熱変換を利用した局所的温度変化に基づくDNA反応手法を考案した.集光したレーザー光を照射するにより,微小ビーズや基板上においてDNAの結合・解離反応を誘起できることを確認した.最小の制御領域は5μm程度であった.
ヘアピンDNAを含む系を考え,その動作を光により制御するフォトニックDNAメモリを考案した.また,光を用いたDNA操作手法を基に,DNAメモリにおける情報操作技術を開発した.光照射パワーを時間的に変調してこの系の反応を制御することにより,ビーズ上でのDNAの結合と分離の繰り返し操作が可能であることを示した.また,基板とビーズでのDNA転送実験を行い,基板からデータDNAを局所的に読み出すことに成功した.

報告書

(4件)
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (49件)

すべて 2006 2005 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 (43件) 図書 (3件) 文献書誌 (3件)

  • [雑誌論文] Evaluation of fundamental characteristics of information systems based on photonic DNA computing2006

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Rui Shogenji, Seiji Saito, JUn Tanida
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Sciences 3853

      ページ: 192-205

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Parallel translation of microscopic objects in three-dimensional traps by sequential change of emitting vertical-cavity surface-emitting lasers2006

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Kosuke Watanabe, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics 45・4A

      ページ: 2603-2605

    • NAID

      40007227479

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 最大クリーク問題から導出される離散型2次計画問題に対する固有値解析と分子コンピューティングによるアプローチ2006

    • 著者名/発表者名
      藤原祐介, 齋藤誠慈, 谷田純, 石井博昭
    • 雑誌名

      統計数理解析研究所共同研究レポート191「最適化:モデリングとアルゴリズム」 19

      ページ: 66-76

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Parallel translation of microscopic objects in three-dimensional traps by sequential change of emitting vertical-cavity surface-emitting lasers2006

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Kosuke Watanabe, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics Vol.45, No.4A

      ページ: 2603-2605

    • NAID

      40007227479

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evaluation of fundamental characteristics of information systems based on photonic DNA computing2006

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Rui Shogenji, Seiji Saito, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Sciences Vol.3853

      ページ: 192-205

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Parallel translation of microscopic objects in three-dimensional traps by sequential change of emitting vertical-cavity surface-emitting lasers2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura et al.
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics (in print)

    • NAID

      40007227479

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Evaluation of fundamental characteristics of information systems based on photonic DNA computing2006

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura et al.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 3853

      ページ: 192-205

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Observation of a stacking process of microparticles with multiple beams.2005

    • 著者名/発表者名
      Fumika sumiyama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Applied Optics 46・16

      ページ: 3271-3275

    • NAID

      120004837435

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Methods for Manipulating DNA Molecules in a Micrometer Scale Using Optical Techniques2005

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Takashi Kawakami, Fumika Sumiyama, Satoru Irie, Akira Suyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 3384

      ページ: 255-267

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 離散2次計画問題の分子計算アルゴリズム-An Algorithm for Discrete Quadratic Programming via Molecular Computation-2005

    • 著者名/発表者名
      齋藤誠慈, 藤原祐介, 谷田純, 小倉裕介, 石井博昭
    • 雑誌名

      神戸学院経済学論集 37・1,2

      ページ: 27-35

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] DNAコンピュータって何?2005

    • 著者名/発表者名
      小倉裕介
    • 雑誌名

      システム/制御/情報 49・2

      ページ: 72-73

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Toward photonic DNA computing : developing optical techniques for parallel manipulation of DNA2005

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Taro Beppu, Fumika Sumiyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE (Invited) 5897

      ページ: 34-43

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Translation of DNA molecules based on optical control of DNA reactions for photonic DNA computing2005

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Taro Beppu, Fumika Sumiyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE(Invited) 5931

      ページ: 110-120

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Observation of a stacking process of microparticles with multiple beams2005

    • 著者名/発表者名
      Fumika Sumiyama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Applied Optics Vol.44, No.16

      ページ: 3271-3275

    • NAID

      120004837435

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Methods for Manipulating DNA Molecules in a Micrometer Scale Using Optical Techniques2005

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Takashi Kawakami, Fumika Sumiyama, Satoru Irie, Akira Suyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science Vol.3384

      ページ: 258-267

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Toward photonic DNA computing : developing optical techniques for parallel manipulation of DNA2005

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Taro Beppu, Fumika Sumiyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE Vol.5897(Invited)

      ページ: 34-43

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Translation of DNA molecules based on optical control of DNA reactions for photonic DNA computing2005

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Taro Beppu, Fumika Sumiyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE Vol.5931(Invited)

      ページ: 110-120

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Observation of astacking process of microparticles with multiple beams2005

    • 著者名/発表者名
      F.Sumiyama et al.
    • 雑誌名

      Applied Optics 44・16

      ページ: 3271-3275

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Methods for Manipulating DNA Molecules in a Micrometer Scale Using Optical Technique2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura et al.
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 3384

      ページ: 258-267

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Translation of DNA molecules based on optical control of DNA reactions for photonic DNA computing2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of SPIE (Invited) 5931

      ページ: 110-120

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Toward photonic DNA computing : developing optical techniques for parallel manipulation of DNA2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of SPIE (Invited) 5897

      ページ: 34-43

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Control of DNA molecules on a microscopic bead using optical techniques for photonic DNA memory2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura et al.
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of 11th International Meeting on DNA Computing

      ページ: 78-88

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Remark on an Algorithm for the Maximum Clique Problem via Molecular Computing2005

    • 著者名/発表者名
      R.Shogenji et al.
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of 11th International Meeting on DNA Computing

      ページ: 409-409

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Photonic DNA computing : concept and implementation2005

    • 著者名/発表者名
      J.Tanida et al.
    • 雑誌名

      20th Congress of the International Commission for Optics on CD-ROM

      ページ: 407-206

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] An Algorithm for Discrete Quadratic Programming via Analysis of Adjacency Matrices and Molecular Computing2005

    • 著者名/発表者名
      S.Saito et al.
    • 雑誌名

      Proceedings of the 5^<th> International Conference on Nonlinear Analysis and Convex Analysis

      ページ: 15-15

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 離散2次計画問題の分子計算アルゴリズム-Algorithm for Discrete Quadratic Programming via Molecular Computation-2005

    • 著者名/発表者名
      齋藤誠慈 他
    • 雑誌名

      神戸学院経済学論集 37・1・2

      ページ: 27-38

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] 最大クリーク問題に関するDNAコンピューティングと行列解析による最適化2005

    • 著者名/発表者名
      丸山健悟 他
    • 雑誌名

      京都大学数理解析研究所講究録 (印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Parallel Translation of DNA Clusters by VCSEL Array Trapping and Temperature Control with Laser Illumination2004

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Takashi Kawakami, Fumika Sumiyama, Akira Suyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science 2943

      ページ: 10-15

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Fabrication of three-dimensional microscopic structure by VCSEL array trapping2004

    • 著者名/発表者名
      Fumika Sumiyama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE 5514

      ページ: 379-356

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Manipulation of DNA molecules using optical techniques for optically assisted DNA computing2004

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Fumika sumiyama, Takashi Kawakami, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE 5515

      ページ: 100-105

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Parallel Translation of DNA Clusters by VCSEL Array Trapping and Temperature Control with Laser Illumination2004

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Takashi Kawakami, Fumika Sumiyama, Akira Suyama, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science Vol.2943

      ページ: 10-18

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Fabrication of three-dimensional microscopic structure by VCSEL array trapping2004

    • 著者名/発表者名
      Fumika Sumiyama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE Vol.5514

      ページ: 379-386

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Manipulation of DNA molecules using optical techniques for optically assisted DNA computing2004

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Fumika Sumiyama, Takashi Kawakami, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Proc.SPIE Vol.5515

      ページ: 100-108

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Application of Vertical-cavity surface-emitting laser array to optical manipulation technique2004

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Focus on Laser and Electro-Optics Research (William T.Arkin (editor)) (Nova Science Publishers, Inc., New York) chapter 2

      ページ: 35-63

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Optical manipulation of DNA clusters using a VCSEL array for optically assisted DNA computing2004

    • 著者名/発表者名
      F.Sumiyamia, Y.Ogura, J.Tanida
    • 雑誌名

      Proceedings of Optics in Computing 2004

      ページ: 149-150

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Methods for manipulating DNA molecules in a micrometer scale using optical techniques2004

    • 著者名/発表者名
      Y Ogura, T.Kawakami, F.Sumiyama, S.Irie, A.Suyama, J.Tanida
    • 雑誌名

      Preliminary Proceedings of Tenth International Meeting on DNA Computing

      ページ: 365-374

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Optical manipulation of DNA information clusters using a VCSEL array for optically assisted DNA computing2004

    • 著者名/発表者名
      F.Sumiyama, T.Kawakami, Y.Ogura, J.Tanida
    • 雑誌名

      Technical digest of 2004 ICO International Conference

      ページ: 241-242

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Manipulation of DNA molecules using optical techniques for optically assisted DNA computing2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Ogura, F.Sumiyama, T.Kawakami, J.Tanida
    • 雑誌名

      Proceedings of SPIE 5515

      ページ: 100-108

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Fabrication of three-dimensional microscopic structure by VCSEL. array trapping2004

    • 著者名/発表者名
      F.Sumiyama, Y.Ogura, J.Tanida
    • 雑誌名

      Proceedings of SPIE 5514

      ページ: 379-386

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Stacking and translation of microscopic particles by means of 2x2 beams emitted from a vertical-cavity surface-emitting laser array2003

    • 著者名/発表者名
      Fimika Sumiyama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Applied Physics Letters 82・18

      ページ: 2969-2971

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Stacking and translation of microscopic particles by means of 2 x 2 beams emitted from a vertical-cavity surface-emitting laser array2003

    • 著者名/発表者名
      Fumika Sumiyama, Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 雑誌名

      Applied Physics Letters Vol.82, No.18

      ページ: 2969-2971

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 最大クリーク問題に関するDNAコンピューティングと行列解析による最適化

    • 著者名/発表者名
      丸山健悟, 齋藤誠慈, 小倉裕介, 谷田純
    • 雑誌名

      京都大学数理解析研究所講究録 (accepted)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Observation of stacking process of microparticles with multiple beams

    • 著者名/発表者名
      F.Sumiyama, Y.Ogura, J.Tanida
    • 雑誌名

      Applied Optics (In print)

    • NAID

      120004837435

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] Focus on Laser and Electro-optics Research, chapter 22004

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 総ページ数
      29
    • 出版者
      Nova Science Publishers, Inc., New York
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [図書] 臨時別冊数理科学SGCライブラリ31,分子コンピュータの現状と展望-分子プログラミングへの展開2004

    • 著者名/発表者名
      小倉裕介, 川上高志, 住山文香, 谷田純
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      サイエンス社
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [図書] "Application of Vertical-cavity surface-emitting laser array to optical manipulation techniciue"in Focus on Laser and Electro-Optics Research2004

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ogura, Jun Tanida
    • 出版者
      Nova Sciences Publishers, Inc.
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [文献書誌] F.Sumiyama, Y.Ogura, J.Tanida: "Stacking and translation of microscopic particles by means of 2×2 beams emitted from a vertical-cavity surface-emitting laser array"Applied Physics Letters. 82・18. 2969-2971 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] F.Ogura, T.Kawakami, F.Sumiyama, A.Suyama, J.Tanida: "Parallel translation of DNA clusters by VCSEL array trapping and temperature control with laser illumination"Ninth Annual International Meeting on DNA based Computers. 19-27 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] F.Sumiyama, T.Kawakami, Y.Ogura, J.Tanida: "Parallel translation of DNA clusters by VCSEL array trapping"The International Nanophotonics Symposium Handai. 70 (2003)

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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