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2種類の安定な共生系の実験的創出と解析

研究課題

研究課題/領域番号 15207020
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 進化生物学
研究機関大阪大学

研究代表者

四方 哲也  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授 (00222399)

研究期間 (年度) 2003 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
50,310千円 (直接経費: 38,700千円、間接経費: 11,610千円)
2005年度: 14,690千円 (直接経費: 11,300千円、間接経費: 3,390千円)
2004年度: 14,690千円 (直接経費: 11,300千円、間接経費: 3,390千円)
2003年度: 20,930千円 (直接経費: 16,100千円、間接経費: 4,830千円)
キーワード実験室内共生系 / 細胞性粘菌 / 大腸菌 / テトラヒメナ / シノアバクテリア / 細胞内状態変化 / 共生状態移行過程 / 細胞性粘膜 / セルソーター / 緑色蛍光タンパク質 / セルソータ / ジーンチップ / 光合成細菌
研究概要

本研究では、実験進化の特徴である再現性を生かして、安定な共生系を複数系列で作り出す。そして、共生系安定化の複数プロセスを解析することによって、偶然の変化を排除し、共生系発達の基本的条件を明らかにすることを目的とした。
具体的には、我々の実験室で見つかった2つの人工共生系を解析する。1つは細胞性粘菌と大腸菌が共存する粘性コロニーである。もうひとつの共生系は、光合成細菌が鞭毛虫であるテトラヒメナへ細胞内共生する系である。
細胞性粘菌と大腸菌との共生系に関して、以下のような知見が得られた。貧栄養固体培地上で両菌を共培養すると、コロニーの形態が順次変化し、粘性コロニーへと移行してゆく。その過程における細胞性粘菌と大腸菌の形態や個体数を、セルソータなどを用いて観察した。その結果、両者を単独で培養した場合とは異なる、特徴的な個体群動態が見られた。また、細胞性粘菌との共生系の発達の初期段階の大腸菌の変化を明らかにした。これらの結果、共生状態への移行途中において大腸菌は細胞性粘菌との相互作用により多様な生理状態をとるようになり、その結果、細胞性粘菌との共生状態に移行できたのではないかと考えている。
テトラヒメナとシノアバクテリアの共生系に関しては、両者が共に安定した成育を示す培養条件を確立しなければならない。そのために、アミノ酸、ビタミン、ヌクレオチド、グルコースなどの培地成分の種類と濃度を種々変化させ、共者がゆっくりではあるが増殖しうる条件を絞り込んだ。また、テトラヒメナと大腸菌を用いた新たな細胞内共生系を構築するために、両者の共培養の条件検討も行った。

報告書

(4件)
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2005 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 (23件) 産業財産権 (2件) 文献書誌 (3件)

  • [雑誌論文] Phenotypic fluctuation rendered by a single genotype and evolutionary rate.2005

    • 著者名/発表者名
      Yomo, T., Ito, Y., Sato, K., Kaneko, K.
    • 雑誌名

      Physica A 350(1)

      ページ: 1-5

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Correlation between evolutionary structural development and protein folding.2005

    • 著者名/発表者名
      Nagao, C., Terada, T.P., Yomo, T., Sasai, M.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102(52)

      ページ: 18950-18955

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Ubiquity of long-normal distributions in intra-cellular reaction dynamics.2005

    • 著者名/発表者名
      Furusawa, C., Suzuki, T., Kashiwagi, A., Yomo, T., Kaneko, K.
    • 雑誌名

      BIOPHYSICS 1

      ページ: 25-31

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Correlation between evolutionary structural development and protein folding.2005

    • 著者名/発表者名
      Nagao, C., Terada, T.P., Yomo, T., Sasai, M.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102(52)

      ページ: 18950-18955

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Ubiquity of log-normal distributions in intra-cellular reaction dynamics.2005

    • 著者名/発表者名
      Furusawa, C., Suzuki, T., Kashiwagi, A., Yomo, T., Kaneko, K.
    • 雑誌名

      BIOPHYSICS 1

      ページ: 25-31

    • NAID

      130000091831

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] History dependent effects on phenotypic expression of a newly emerged gene.2004

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, T., Kashiwagi, A., Mori, K., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Biosystems 77(1-3)

      ページ: 137-141

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Expression of a cascading genetic network within liposome.2004

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, K., Sato, K., Shima, Y., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      FEBS Lett 576(3)

      ページ: 387-390

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Universality and flexibility in gene expression from bacteria to human.2004

    • 著者名/発表者名
      Ueda, H., Hayashi, S., Matsuyama, S., Yomo, T., Hashimoto, S., Kay, S.A., Hogenesch, J.B., Iino, M.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(11)

      ページ: 3765-3769

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Global change in Escherichia coli gene expression in initial stage of symbiosis with Dictyostelium cells.2004

    • 著者名/発表者名
      Matsuyama, S., Furusawa, C., Todoroki, M., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Biosystems 73(3)

      ページ: 163-171

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution of an arbitrary sequence in solubility.2004

    • 著者名/発表者名
      Ito, Y., Kawama, T., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      J. Mol. Evol. 58(2)

      ページ: 196-202

    • NAID

      110001157950

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Protein folding by the effects of macromolecular crowding.2004

    • 著者名/発表者名
      Tokuriki, N., Kinjo, M., Negi, S., Hoshino, M., Goto, Y., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Protein Science 13(1)

      ページ: 125-133

    • NAID

      110001157866

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Expression of a cascading genetic network within liposome.2004

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, K., Sato, K., Shima, Y., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 576(3)

      ページ: 387-390

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Universality and flexibility in gene expression from bacteria to human.2004

    • 著者名/発表者名
      Ueda, H., Hayashi, S., Matsuyama, S., Yomo, T., Hashimoto, S., Kay, S.A., Hogenesch, J.B., Iino, M.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(11)

      ページ: 3765-3769

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Global change in Escherichia coli gene expression in initial stage of symbiosis with Dictyostelium cells.2004

    • 著者名/発表者名
      Matsuyama, S., Furusawa, C., Todoriki, M., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      Biosystems 73(3)

      ページ: 163-171

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution of an arbitrary sequence in solubility.2004

    • 著者名/発表者名
      Ito, Y., Kawama, T., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      J.Mol.Evol. 58(2)

      ページ: 196-202

    • NAID

      110001157950

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Protein folding by the effects of macromolecular crowding.2004

    • 著者名/発表者名
      Tokuriki, N., Kinjo, M., Negi, S., Hoshino, M., Goto, Y., Urabe, I., Yomo T.
    • 雑誌名

      Protein Science 13(1)

      ページ: 125-133

    • NAID

      110001157866

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] History dependent effects on phenotypic expression of a newly emerged gene2004

    • 著者名/発表者名
      Takao Suzuki et al.
    • 雑誌名

      Biosystems 77(1-3)

      ページ: 137-141

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Expression of a cascading genetic network within liposome2004

    • 著者名/発表者名
      Keitaro Ishikawa et al.
    • 雑誌名

      FEBS Lett. 576(3)

      ページ: 387-390

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] On the relation between fluctuation and response in biological systems.2003

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Ito, Y., Yomo, T., Kaneko, K.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100(24)

      ページ: 14086-14090

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Direct visualization of DNA duplex formation on the surface of a giant liposome.2003

    • 著者名/発表者名
      Shohda, K., Toyota, T., Yomo, T., Sugawara, T.
    • 雑誌名

      ChemBioChem 4

      ページ: 778-781

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Can an arbitrary sequence evolve towards acquiring a biological function?2003

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, Y., Sakata, H., Makino, Y., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      J. Mol. Evol. 56(2)

      ページ: 162-168

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] On the relation between fluctuation and response in biological systems.2003

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Ito, Y., Yomo, T., Kaneko, K.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 100(24)

      ページ: 14086-14090

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Can an arbitrary sequence evolve towards acquiring a biological function?2003

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, Y, Sakata, H., Makino, Y., Urabe, I., Yomo, T.
    • 雑誌名

      J.Mol.Evol. 56(2)

      ページ: 162-168

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [産業財産権] 複数の要素の少なくとも1つを制御するシステム、方法およびプログラム2004

    • 発明者名
      四方哲也, 柏木明子, 金子邦彦, ト部格
    • 出願年月日
      2004-03-30
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [産業財産権] レプリカーゼを発現する形質転換体、およびそれを用いたレプリカーゼの製造方法2004

    • 発明者名
      ト部格, 四方哲也, 島康文, 松浦友亮, 趙貞和, 北寛士
    • 出願年月日
      2004-03-31
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shin-Ichi Matsuyama et al.: "Global change in Escherichia coli gene expression in initial stage of symbiosis with Dictyostelium cells"Biosystems. 73(3). 163-171 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Hiroki Ueda et al.: "Universality and Flexibility in Gene Expression from Bacteria to Human"Proc Natl Acad Sci USA. 101(11). 3765-3769 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Sato K., Ito Y., Yomo T., Kaneko K.: "On the Relation between Fluctuation and Response in Biological Systems"Proc Natl Acad Sci USA. 100(24). 14086-14090 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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