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海洋微小粒子の細菌による捕獲、分解過程の解明

研究課題

研究課題/領域番号 15310007
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 環境動態解析
研究機関東京大学

研究代表者

木暮 一啓  東京大学, 海洋研究所, 教授 (10161895)

研究分担者 森崎 久雄  立命館大学, 理工学部, 教授 (50125671)
千浦 博  国際基督教大学, 教養学部, 準教授 (00103698)
和田 実  東京大学, 海洋研究所, 助手 (70292860)
研究期間 (年度) 2003 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
15,800千円 (直接経費: 15,800千円)
2005年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
2004年度: 3,800千円 (直接経費: 3,800千円)
2003年度: 9,000千円 (直接経費: 9,000千円)
キーワード海洋細菌 / 微小粒子 / 磁気ビーズ / 付着 / ウイルス / ポリマー層 / 反発エネルギー / 発光細菌 / コロイド粒子 / 原子間力顕微鏡 / エネルギー障壁 / 細菌 / 微細構造 / 鞭毛 / 密度勾配法
研究概要

海洋表層域には、その粒径が約0.5ミクロン以下の微小粒子が10^<7-8>/mL存在する。その大部分は生物過程に由来する有機物と考えられており、本研究はそれらの粒子と細菌との相互作用を明らかにしていくことを目指している。平成17年度は、この課題に対して細菌の付着過程からの視点、ウイルス関連粒子と細菌との相互作用からの視点、から取り組んだ。最終的にこの捕獲プロセスを確認する新しい方法論を開発するとともに、海洋に応用して定量的なデータを得た。以下に要点を述べる。
・微生物細胞の付着メカニズムに関し、基礎的知見を蓄積し、微生物細胞表面にポリマー層が発達していれば、細胞と付着基質間の静電的な反発エネルギーがそれほど高くないことを明らかにした。また、人工的にラテックス粒子を合成し、種々の基質表面に付着させ、付着メカニズムを解析した。現在、付着粒子(あるいは細胞)と付着基質間にエネルギー障壁がある場合から無い場合までを総合して説明できる理論を構築中である。
・海洋細菌Vibrio fischeriを用い、それが生産する微小粒子の数、増殖相との関わり、それらの粒子の性質について生化学的な視点から調べた。その結果、これらの粒子は核酸を含んでウイルスと同様の挙動を示すが、一般に非特異的であり、他の細菌に対して親和性の高い性質を持つことが明らかになった。
・磁気ビーズを天然海水中の細菌群集に混ぜ、一定時間攪拌した後に、回収し、粒子捕獲能を持つ細菌を選択的に集める方法について検討を行なった。その結果、ビーズのサイズに応じて異なる群集がそれを捕獲すること、ビーズの表面の性質はあまり大きな影響を持たないこと、捕獲能を持つ細菌群集は、他と比較してより高い高分子分解活性を持つことを明らかにした。この方法は世界で初めて開発されたもので、今後新しい方法論および概念としてインパクトを持つものと予想される。

報告書

(4件)
  • 2005 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (28件) 図書 (4件) 文献書誌 (5件)

  • [雑誌論文] The surface and endophytic culturable bacterial flora of the maturing seeds of rice plants (Oryza sativa) cultivated in a paddy field.2006

    • 著者名/発表者名
      Mano, H, F.Tanaka, A.Watanabe, H.Kaga, S.Okunishi, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 21(印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Application of Silkworm Larva assay to determination of peptidoglvcan in natural seawater.2006

    • 著者名/発表者名
      Shibata, A, K.Ohwada, K.Tsuchiya, K.Kogure
    • 雑誌名

      Journal of Oceanography 62

      ページ: 91-97

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] An automatic counter of marine bacteria with LED illumination.2006

    • 著者名/発表者名
      Nishimura, M, E.Kamiya, K.Kogure
    • 雑誌名

      Fisheries Science 72(印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Bacterial motility : links to the environment and a driving force for microbial physics.2006

    • 著者名/発表者名
      Mitchell, J.G, K.Kogure
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology 55

      ページ: 3-16

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The surface and endophytic culturable bacterial flora of the maturing seeds of rice plants (Oryza sativa) cultivated in a paddy field.2006

    • 著者名/発表者名
      Mano, H., F.Tanaka, A.Watanabe, H.Kaga, S.Okunishi, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 21(in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Application of Silkworm Larva assay to determination of peptidoglycan in natural seawater.2006

    • 著者名/発表者名
      Shibata, A., K.Ohwada, K.Tsuchiya, K.Kogure
    • 雑誌名

      Journal of Oceanography 62

      ページ: 91-97

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] An automatic counter of marine bacteria with LED illumination.2006

    • 著者名/発表者名
      Nishimura, M., E.Kamiya, K.Kogure
    • 雑誌名

      Fisheries Science 72(in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Bacterial motility : links to the environment and a driving force for microbial physics.2006

    • 著者名/発表者名
      Mitchell, J.G., K.Kogure
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology 55

      ページ: 3-16

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The proceedings of international symposium on extremophiles and their applications.2006

    • 著者名/発表者名
      Sugitate, T., H.X.Chiura
    • 雑誌名

      International Society for Extremophiles, Hamburg, Germany 385

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Interaction among Marine Organisms2006

    • 著者名/発表者名
      K.Kogure (Editor)
    • 雑誌名

      Tokai University Press 346

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The surface and endophytic culturable bacterial flora of the maturing seeds of rice plants (Oryza sativa) cultivated in a paddy field.2006

    • 著者名/発表者名
      Mano, H., F.Tanaka, A.Watanabe, H.Kaga, S.Okunishi, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 21(印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] An automatic counter of marine bacteria with LED illumination.2006

    • 著者名/発表者名
      Nishimura, M., E.Kamiya, K.Kogure
    • 雑誌名

      Fisheries Science 72(印刷中)

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Bacterial Flora of the Biofilm Formed on the Submerged Surface of the Reed Phragmites australis.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, M, H.Murai, A.Takeda, S.Okunishi, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 14-24

    • NAID

      110001272890

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Characteristics of the Mucus Layer at the Surface of Bluegill (Lepomis macrochirus) and the Bacterial Flora in the Mucus.2005

    • 著者名/発表者名
      Hashizume, T, C.Takai, M.Naito, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 69-80

    • NAID

      110001272896

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Effect of the Surface Mucus of Bluegills (Lepomis macrochirus) on Bacterial Activity.2005

    • 著者名/発表者名
      Hashizume, T, M.Obayashi, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 97-103

    • NAID

      110001282481

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Bacterial Flora of Endophytes in the Maturing Seed of Cultivated Rice (Oryza sativa).2005

    • 著者名/発表者名
      Okunishi, S, K.Sako, H.Mano, A.Imamura, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 168-177

    • NAID

      110001840822

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Interaction between clay minerals and hydrocarbon-utilizing indigenous microorganisms in high concentration of heavy oil : Implications for bioremediation.2005

    • 著者名/発表者名
      Chaerun, S.K, Tazaki, K, Asada, R, Kogure,K.
    • 雑誌名

      Clay Minerals 40

      ページ: 105-114

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Separation of active and inactive fractions from starved culture of Vibrio parahaemolyticus by density dependent cell sorting.2005

    • 著者名/発表者名
      Nayak, B.B., E.Kamiya, T., Nishino, M.Wada, M.Nishimura, K.Kogure.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology 51

      ページ: 179-186

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Bacterial Flora of the Biofilm Formed on the Submerged Surface of the Reed Phragmites australis.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, M., H.Murai, A.Takeda, S.Okunishi, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 14-24

    • NAID

      110001272890

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Characteristics of the Mucus Layer at the Surface of Bluegill (Lepomis macrochirus) and the Bacterial Flora in the Mucus.2005

    • 著者名/発表者名
      Hashizume, T., C.Takai, M.Naito, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 69-80

    • NAID

      110001272896

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Effect of the Surface Mucus of Bluegills (Lepomis macrochirus) on Bacterial Activity.2005

    • 著者名/発表者名
      Hashizume, T., M.Obayashi, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 97-103

    • NAID

      110001282481

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Bacterial Flora of Endophytes in the Maturing Seed of Cultivated Rice (Oryza sativa).2005

    • 著者名/発表者名
      Okunishi, S., K.Sako, H.Mano, A.Imamura, H.Morisaki
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 20

      ページ: 168-177

    • NAID

      110001840822

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Interaction between clay minerals and hydrocarbon-utilizing indigenous microorganisms in high concentration of heavy oil : Implications for bioremediation.2005

    • 著者名/発表者名
      Chaerun, S.K., Tazaki, K., Asada, R., Kogure, K.
    • 雑誌名

      Clay Minerals 40

      ページ: 105-114

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Separation of active and inactive fractioins from starved culture of Vibrio parahaemolyticus by density dependent cell sorting.2005

    • 著者名/発表者名
      Nayak, B.B., E.Kamiya, T., Nishino, M.Wada, M.Nishimura, K.Kogure
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology 51

      ページ: 179-186

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Proceedings of 7^<th> Multinational Congress on Microscopy.2005

    • 著者名/発表者名
      B.Velimirov, H.X.Chiura, K.Kogure
    • 雑誌名

      Slovene Society for Microbiology, Ljubljana, Slovenia 418

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Isolation and Characterisation of Broad-Host Range Gene Transporter Particles from Geo-Thermal Vent of Toyoha Mine.2004

    • 著者名/発表者名
      Chiura, Hiroshi Xavier, Masataka Umitsu
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 19

      ページ: 20-30

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 生態系における広宿主域遺伝子伝達粒子の意義2004

    • 著者名/発表者名
      千浦 博
    • 雑誌名

      Viva Origino 23

      ページ: 118-137

    • NAID

      110003723337

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Novel Broad-host Range Gene Transfer Particles in Nature2004

    • 著者名/発表者名
      Chiura H.X.
    • 雑誌名

      Microbes and Environments 19

      ページ: 249-264

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] The proceedings of international symposium on extremophiles and their applications.2006

    • 著者名/発表者名
      Sugitate, T, H.X.Chiura
    • 総ページ数
      385
    • 出版者
      International Society for Extremophiles, Hamburg, Germany
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 研究成果報告書概要
  • [図書] 海洋生物の連鎖2006

    • 著者名/発表者名
      木暮一啓
    • 総ページ数
      346
    • 出版者
      東海大学出版会
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [図書] The proceedings of international symposium on extremophiles and their applications.2006

    • 著者名/発表者名
      Sugitate, T., H.X.Chiura
    • 総ページ数
      385
    • 出版者
      International Society for Extremophiles, Hamburg, Germany
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [図書] Proceedings of 7^<th> Multinational Congress on Microscopy.2005

    • 著者名/発表者名
      B.Velimirov, H.X.Chiura, K.Kogure
    • 総ページ数
      418
    • 出版者
      Slovene Society for Microbiology, Ljubljana, Slovenia,
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書 2005 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 千浦博: "細菌致死要因としてのウイルス -Lysogenic Virus-"海洋. 号外No.33. 137-145 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Okuda S, Igarashi R, Kusui Y, Kasahara Y, Morisaki H.: "Electrophoretic mobility of Bacillus subtilis knockout mutants with and without flagella."Journal of Bacteriology. 185・13. 3711-3717 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 木暮一啓: "AFMの海洋細菌への応用"AFMの海洋細菌への応用. 38. 83-85 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Nishino T, Ikemoto E, Kogure K.: "Application of atomic force microscopy toobservation of marine bacterial"Journal of Oceanography. 60. 219-225 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Nishino, T., B.B.Nayak, K.Kogure: "Density dependent sorting of physiologically different cells of Vibrio parahaemolyticus."Applied and Environmental Microbiology. 69. 3569-3572 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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