RNAポリメラーゼの機能制御による転写包括制御の全体像

• 研究課題/領域番号: 15370079
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 分子生物学
• 研究機関: (財)日本生物科学研究所
• 研究代表者: 石浜 明 財団法人日本生物科学研究所, 研究部, 主任研究員 (80019869)
• 研究分担者: 本田 文江 財団法人日本生物科学研究所, 研究部, 研究員 (80343747) ; 岩田 晃 財団法人日本生物科学研究所, 研究部, 主任研究員 (70193745)
• 研究期間 (年度): 2003 – 2004
• 研究課題ステータス: 完了 (2004年度)
• 配分額: 14,400千円 (直接経費: 14,400千円); 2004年度: 6,200千円 (直接経費: 6,200千円); 2003年度: 8,200千円 (直接経費: 8,200千円)
• キーワード: RNAポリメラーゼ / 転写因子 / 転写制御 / プロモーター / マイクロアレイ / SELEX / 蛋白リン酸化 / 転写シグナル / シグマ因子 / 転写調節 / 大腸菌 / タンパク-DNA相互作用 / FeBABE / 二成分制御系 / タンパクリン酸化

研究概要

大腸菌転写装置(RNAポリメラーゼ)は、7種類のシグア因子、約300種類の転写因子との相互作用で、転写対象遺伝子選択特性を変化させ、その結果、ゲノム約4000遺伝子の転写パターンが変化する。転写装置の機能抑制によるゲノム転写パターンの包括制御の全体像を解明に目標にした研究を実施し、期待の成果を得、幾つかの発見をした。
1)プロモーター活性測定のための二色蛍光ベクターを開発し、大腸菌プロモーター約1,000種のクローニングと強制測定を実施した。長時間培養過程での、プローモーターの活性分析結果から、増殖各段階で作動するプロモーター群の同定分類に成功した。
2)DNAチップを利用したマイクロアレイ実験によって、大腸菌全7種類シグマ因子及び転写因子約20種に関して、支配下遺伝子群の同定した。特に金属応答転写因子に関しては、全体像の解明に成功した。
3)新たに開発したSELEX法を利用し、CRP、Cra、TyrRなど転写包括制御因子及び機能未知転写因子約50種類ののDNAシグナルを分析し、それらの支配下遺伝子群の全体像を明らかにした。
4)SELEXで同定したプロモーターと純化RNAポリメラーゼ、純化転写因子を用いて、試験管内転写反応で、転写因子の作用機構(DNA結合部位、RNAポリメラーゼー転写因子相互作用、転写活性化または抑制機構)を解析した。
5)約100種類の転写因子に体する抗体を作製し、大腸菌の各種培養条件、増殖各段階での、転写因子の細胞内濃度を実測した。
6)細胞内ゲノム上の転写因子結合部位を同定する目的で、NIP法を開発し、ヌクレオイド蛋白の分布を解析した。
7)転写因子の活性制御解明の一環として、大腸菌二成分制御系全成分(30種センサー及び34種応答転写因子)を純化し、リン酸化反応機構を網羅的に解析し、少数の異種の組み合わせで、リン酸化のクロストークを発見した。

研究成果

• [雑誌論文] Studies of Schizosaccharomyces pombe TFIIE indicate conformational and functional changes in RNA polymerase II at transcription initiation. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hatashi, K., Watanabe, T., Tanaka, A., Furumoto, T., Sato-Tsuchiya, C., hanaoka, F., Ohkuma, Y.
  • 雑誌名: Genes Cells 10 ページ: 207-224
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The fission yeast protein, Ker1p, is an ortholog of RNA polymease I subunit A14 in Saccharomyces cerevisiae, and is required for stable association of Rrm3 and RPA21 in Poll. (2005)
  • 著者名/発表者名: Imazawa, Y., Hisatake, K., Mitsuzawa, H., Matsumoto, M., Tsukui, T., Nakagawa, K., Nakadai, T., Shimada, M., Ishihama, A., Nogi, Y.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 280 ページ: 11467-11474
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase associates with RNA polymerase II and interacts with its Rpb7 subunit. (2005)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Kimura, M., Kanda, E., Ishihama, A.
  • 雑誌名: FEBS Letters 579 ページ: 48-52
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] uvtA and pric genes involved in DNA repair and replication are negatively regulated by ArcA in Esherichia coli K12 (2005)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Teramoto, J., Hirao, K., Yamamoto, K., Ishihama, A., utsumi, R.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. (In press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Systematic search for the Cra-binding promoters using genomic SELEX. (2005)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Fujita, N., Meada M., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Genes Cells (In press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Transcriptional response of Escherichia coli to external copper. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Mol. Microbiol. 55 ページ: 215-227
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Transcriptional response of Escherichia coli to external zinc. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. (In press)
  • NAID: 120000993462
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Cross-talks in signal transduction network among all two-component systems in Escherichia coli. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Hirano, K., Ohshima, T., Aiba, H., Utsumi, R., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 280 ページ: 1448-1456
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Signal transduction cascade EvgA/EvgS and PhoP/PhoQ two-component systems of Escherichia coli. (2005)
  • 著者名/発表者名: Eguchi, Y., Okada, T., Minagawa, S., Oshima, T., Mori, H., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 186 ページ: 3006-3014
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] High level activity of (2',3'9-oligoadenylate synthetase in dog serum.. (2005)
  • 著者名/発表者名: Iwata, A., Yamamoto, A., Fujino, M., Sato, I., Hosokawa-Kanai, T., Tsuchiya, K., Ishihamra, A., Sokawa, Y.
  • 雑誌名: J. Vet. Med. Sci. 66 ページ: 721-724
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Studies of Schizosaccharomyces pombe TFIIE indicate conformational and functional changes in RNA polymerase II at transcription initiation. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hayashi, K., Watanabe, T., Tanaka, A., Furumoto, T., Sato-Tsuchiya, C., Kimura, M., Yokoi, M., Ishihama, A., Hanaoka, F., Ohkuma, Y.
  • 雑誌名: Genes Cells 10 ページ: 207-224
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The fission yeast protein, Kerlp, is an ortholog of RNA polymerase I subunit A14 in Saccharomyces cerevisiae, and is required for stable association of Rrm3 and RPA21 in Pol I. (2005)
  • 著者名/発表者名: Imazawa, Y., Hisatake, K., Mitsuzawa, H., Matsumoto, M., Tsukui, T., Nakagawa, K., Nakadai, T., Shimada, M., Ishihama, A., Nogi, Y.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 280(12) ページ: 11467-11474
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Transcriptional response of Escherichia coli to external copper. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 55(1) ページ: 215-227
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Cross-talks in signal transduction network among all two-component systems in Escherichia coli. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Hirano, K., Ohshima, T., Aiba, H., Utsumi, R., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 280(2) ページ: 1448-1456
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The fission yeast protein, Ker1p, is an ortholog of RNA polymerase I subunit A14 in Saccharomyces cerevisiae, and is required for stable association of Rrms and RPA21 in Pol I. (2005)
  • 著者名/発表者名: Imazawa, Y., Hisatake, K., Mitsuzawa, H., Matsumoto, M., Tsukui, T., Nakagawa, K., Nakadai, T., Shimada, M., Ishihama, A., Nogi, Y
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 280(12) ページ: 11467-11474
• [雑誌論文] Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase associates with RNA polymerase II and interacts with its Rpb7 subunit. (2005)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Kimura, M., Kanda, E., Ishihama, A
  • 雑誌名: FEBS Letters 579 ページ: 48-52
• [雑誌論文] uvrA and pric genes involved in DNA repair and replication are negatively regulated by ArcA in Escherichia coli K12. (2005)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Teramoto, J., Hirao, K., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J.Bactereiol. (in press)
• [雑誌論文] Systematic search for the Cra-binding promoters using genomic SELEX. (2005)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Fujita, N., Maeda, M., Ishihama.A.
  • 雑誌名: Genes Cells (in press) ページ: 215-227
• [雑誌論文] Transcriptional response of Escherichia coil to external copper. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama A.
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 55(1) ページ: 215-227
• [雑誌論文] Cross-talks in signal transduction network among all two-component systems in Escherichia coli. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Hirano, K., Ohshima, T., Aiba, H., Utsumi, R., Ishihama.A.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 280(2) ページ: 1448-1456
• [雑誌論文] Functional structural units of the Escherichia coli nucleoid revealed by atomic force microscopy. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kim, J., Yoshimura, S.H., Hizume, K., Ohniwa, R.L., Ishihama, A., Takeyasu, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 32 ページ: 1982-1992
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Tfg3, the third subunit of general transcription factor TFIIF, functions at high temperature in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kimura, M., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 32 ページ: 6706-6715
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A requlatory trade-off as a source of strain variation in the species Escherichia coli. (2004)
  • 著者名/発表者名: King, T., Ishihama, A., Kori, A., Ferrencl, T.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 186 ページ: 5614-5620
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Structure-Function Relationships of Influenza Virus RNA Polymerase : Primer-binding Site on PB1 Subunit. (2004)
  • 著者名/発表者名: Koipashchikov, D., Honda, A., Ishihama, A
  • 雑誌名: Biochemistry 43 ページ: 5882-5887
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Rpb7 subunit of RNA polymerase II interacts with an RNA-binding protein involved in processing of transcrips. (2004)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Kanda, E., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 31 ページ: 4696-4701
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] RNA polymerase II transcription apparatus in Schizosaccharomyces pombe. (2004)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Cutt. Genet 44 ページ: 287-294
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Negative regulation of the DNA repair gene (ung) epression by CpxR/cxA two-component system in Escherichia coli and induction of mutations by increased expression of CpxR. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Teramoto, J., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 186 ページ: 8317-8325
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Quantitative analysis of Escherichia coli promoter activity : Stationary-phase gene-associated promoters. (2004)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Nakinoshima, H., Ogawa, N., Maeda, M., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 186 ページ: 7112-7122
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Genome architecture studied by nano-scale imaging : Analyses among bacterial phyla and their implication to the eukaryotic genome folding. (2004)
  • 著者名/発表者名: Takeyasu, K., Kim, J., Ohniwa, R., L., Kobori, T., Morikawa, K., Ohta, T., Ishihama, A., Yoshimura, S.H.
  • 雑誌名: Chromosome and Genome Research 107 ページ: 38-48
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Modes of action of the TyrR protein, which result in repression and activation of the tyrP promoter of Escherichia coli. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yang, J., Hwang, S., Irawaty, W., Ishihama, A., Pittard, J.
  • 雑誌名: Mol. Microbiol. 52 ページ: 243-256
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] A unifying for the role of polyamines in bacterial cell growth : the polyamine modulon. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, M., Kashiwagi, K., Shigemasa, A., Shigemasa, A., Taniguchi, S., Yamamoto, K., Makinoshima, H., Ishihama, A., Igarashi, K.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 279 ページ: 46008-46013
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Involvement of region 4 of the sigma 70 subunit of RNA polymerase in transcription activation of the lux operon during quorum sensing. (2004)
  • 著者名/発表者名: Johnson, D.C., Ishihama, A., Stevens, A.M.
  • 雑誌名: FEMS Microbiol. Lett. 228 ページ: 193-201
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Signal transduction cascade between EvgA/EvgS and PhoP/PhoQ two-component systems of Escherichia coli. (2004)
  • 著者名/発表者名: Eguchi, Y., Okada, T., Minagawa, S., Oshima, T., Mori, H., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(10) ページ: 3006-3014
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Structure-function relationships of inlfuenza virus RNA polymerase. (2004)
  • 著者名/発表者名: Honda, A., Ishihama, A.
  • 雑誌名: International Congress Series : Options for Control of Influenza Virus, V. (Y. Kawaoka, ed.) Vol.1263C ページ: 21-24
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] High level activity of (2',3'9-oligoadenylate synthetase in dog serum. (2004)
  • 著者名/発表者名: Iwata, A., Yamamoto, A., Fujino, M., Sato, I., Hosokawa-Kanai, T., Tuchiya, K., Ishihamra, A., Sokawa, Y.
  • 雑誌名: J.Vet.Med.Sci. 66(6) ページ: 721-724
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Fundamental structural units of the Escherichia coli nucleoid revealed by atomic force microscopy. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kim, J., Yoshimura, S.H., Hizume, K., Ohniwa, R.L., Ishihama, A., Takeyasu, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 32(6) ページ: 1982-1992
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Tfg3, the third subunit of general transcription factor TFIIF, functions at high temperature in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kimura, M., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 32(22) ページ: 6706-6715
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] RNA polymerase and accessory factors. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kimura, M., Mitsuzawa, H., Ishihama, A.
  • 雑誌名: The Molecular Biology of Schizosaccharomyces pombe.(Egel, R., Ed.)(Springer Pro Edit GmbH, Heidelberg.) ページ: 329-342
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A regulatory trade-off as a source of strain variation in the species Escherichia coli. (2004)
  • 著者名/発表者名: King, T., Ishihama, A., Kori, A., Ferrenci, T.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(17) ページ: 5614-5620
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Structure-Function Relationships of Influenza Virus RNA Polymerase : Primer-binding Site on PB1 Subunit. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kolpashchikov, D., Honda, A., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Biochemistry 43(19) ページ: 5882-5887
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] RNA polymerase II transcription apparatus in Schizosaccharomyces pombe. (2004)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Curr.Genet. 44(6) ページ: 287-294
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Negative regulation of the DNA repair gene (ung) epression by CpxR/CpxA two-component system in Escherichia coli and induction of mutations by increased expression of CpxR. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Teramoto, J., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(24) ページ: 8317-8325
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Quantitative analysis of Escherichia coli promoter activity : Stationary-phase gene-associated promoters. (2004)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Makinoshima H., Ogawa, N., Maeda, M., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(21) ページ: 7112-7122
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Genome architecture studied by nano-scale imaging : Analyses among bacterial phyla and their implications to the eukaryotic genome folding. (2004)
  • 著者名/発表者名: Takeyasu, K., Kim, J., Ohniwa, R.L., Kobori, T., Inose, Y., Morikawa, K., Ohta, T., Ishihama, A., Yoshimura, S.H.
  • 雑誌名: Chromosome and Genome Research 107(1-2) ページ: 38-48
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Modes of action of the TyrR protein, which result in repression and activation of the tyrP promoter of Escherichia coli. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yang, J., Hwang, S., Camakaris, H., Irawaty, W., Ishihama, A., Pittard, J.
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 52(1) ページ: 243-256
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] A unifying model for the role of polyamines in bacterial cell growth : the polyamine modulon. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, M., Kashiwagi, K., Shigemasa, A., Shigemasa, A., Taniguchi, S., Yamamoto, K., Makinoshima, H., Ishihama, A., Igarashi, K.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 279(44) ページ: 46008-46013
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Signal transduction cascade between EvgA/EvgS and PhoP/PhoQ two-component systems of Escherichia coli. (2004)
  • 著者名/発表者名: Eguchi, Y., Okada, T., Minagawa, S., Oshima, T., Mori, H., Yamamoto, K., Ishihama A., Utsumi, R
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(10) ページ: 3006-3014
• [雑誌論文] High level activity of (2',3'9-oligoadenylate synthetase in dog serum. (2004)
  • 著者名/発表者名: Iwata, A., Yamamoto, A., Fujino, M., Sato, I., Hosokawa-Kanai, T., Tuchiya, K., Ishihamra A., Sokawa, Y
  • 雑誌名: J.Vet.Med.Sci. 66(6) ページ: 721-724
• [雑誌論文] A regulatory trade-off as a source of strain variation in the species Escherichia coli. (2004)
  • 著者名/発表者名: King, T., Ishihama, A., Kori, A., Ferrenci, T
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(17) ページ: 5614-5620
• [雑誌論文] Structure-Function Relationships of Influenza Virus RNA Plymerase : Primer-binding Site on PB1 Subunit. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kolpashchikov, D., Honda, A., Ishihama, A
  • 雑誌名: Biochemistry 43(19) ページ: 5882-5887
• [雑誌論文] Negative regulation of the DNA repair gene (ung) epression by CpxR/cxA two-component system in Escherichia coli and induction of mutations by increased expression of CpxR. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Teramoto, J., Yamamoto, K., Ishihama A., Utsumi, R
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(24) ページ: 8317-8325
• [雑誌論文] Quantitative analysis of Escherichia coli promoter activity : Stationary-phase gene-associated promoters (2004)
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Makinoshima, H., Ogawa, N., Maeda, M., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 186(21) ページ: 7112-7122
• [雑誌論文] Genome architecture studied by nano-scale imaging : Analyses among bacterial phyla and their implications to eukaryotic genome folding. (2004)
  • 著者名/発表者名: Takeyasu, K., Kim, J., Ohniwa, R.L., Kobori, T., Inose, Y., Morikawa, K., Ohta, T., Ishihama, A., Yoshimura, S.H
  • 雑誌名: Cytogenet.Genome Res. 107(1-2) ページ: 38-48
• [雑誌論文] Identification and characterization of antibacterial agents that inhibit the essential histidine kinase, YycG, from Baccilus subtilis and Staphylococcus aureus. (2004)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, T., Hashimoto, Y., Yamamoto, K., Hirao, K., Ishiahma, A., Fukamizo, T., Hino, M., Utsumi, R
  • 雑誌名: J.Antibiot. 56(12) ページ: 1045-1052
• [雑誌論文] A unifying model for the role of polyamines in bacterial cell growth : the polyamine modulon. (2004)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, M., Kashiwagi, K., Shigemasa, A., Shigemasa, A., Taniguchi, S., Yamamoto, K., Makinoshima, H., Ishihama.A., Igarashi, K
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 279(44) ページ: 46008-46013
• [雑誌論文] Role of a nonnatural b-C-nucleotide unit in DNA as template for DNA and RNA syntheses and as substrates for nucleolytic digestion. (2003)
  • 著者名/発表者名: Aketani, S., tanaka, K., Yamamoto, K., Ishihama, A., Cao, H., Tenganji, A., Shionoya, M.
  • 雑誌名: Eur. J. Pharm. Sci. 20 ページ: 43-51
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Mapping sigma 54-RNA polymerase interactions at the-24 consensus promoter element. (2003)
  • 著者名/発表者名: Burrows, P.C., Ishihama, A., Buck, M., Wigneshweraraj, S.R.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 278 ページ: 29728-29743
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Transcription regulation of the drug efflux by EvgAS, a two-component system in Escherichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Eguchi, Y., Oshima, T., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: Microbiology 149 ページ: 2819-2828
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] In vitro properties of RpoS (ο^s) mutants of Escherichia coli with postulated N-terminal subregion 1.1 or C-terminal region 4 deleted. (2003)
  • 著者名/発表者名: Goweishankar, J., Yamamoto, K., Subbarayan, P.R., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 185 ページ: 2673-2679
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Recruitment of s^<54>-RNA polymerase to the Pu promoter of Pseudomonas putida through integration host factor-mediated positioning switch of subunit carboxy-terminal domain on an UP-like element. (2003)
  • 著者名/発表者名: Macchi, R., montesissa, L., Murakami, K., Ishihama, A., de Lorenzo, V., Bertoni, G.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 278 ページ: 27695-27702
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Growth phase-coupled alterations in cell structure and function of Escherichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Makinoshima, H., Aizawa, S., Hayashi, H., Miki, T., Nishimura, A., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 185 ページ: 1338-1345
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Identification and molecular characterization of Mg (II)-regulon of Escherichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Minagawa, S., Ogasawara, H., Yamamoto, K., Eguchi, T., Ishima, T., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 185 ページ: 3696-3702
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] RNA polymerase li transcription apparatus in Schizosaccharomyces pombe. (2003)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Ishihama, H.
  • 雑誌名: Cutt. Genet 44 ページ: 287-294
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Rpb7 subunit of RNA polymerase II interacts with an RNA-binding protein involved in processing of transcripts. (2003)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Kanda, E., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 31 ページ: 4696-4701
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] The fission yeast RPA51 is a functional homolog of the budding ueast A49 subunit of RNA polymerase I and required for maximizing transcription of ribosomal RNA. (2003)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, K., hisatake, K., Imazawa, Y., Ishiguro, A., matsumoto, M., Pape, L., Ishihama, A., Nogi, Y.
  • 雑誌名: Genes Genet. Syst. 78 ページ: 199-209
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Identification and characterization of antibacterial agents that inhibit the essential histidine kinase, YycG, from Baccilus subtilis and Staphylococcus aureus. (2003)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, T., Hashimoto, Y., Yamamoto, K., Hirao, K., Ishihama, A., Fukamizo, T., Hino, M., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J. Antibiol. 56 ページ: 1045-1052
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Two different modes of transcription repression of the Escherichia coli acetate operon by lclR. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Mol. Microbiol 47 ページ: 183-194
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [雑誌論文] Role of a nonnatural b-C-nucleotide unit in DNA as template for DNA and RNA syntheses and as substrates for nucleolytic digestion. (2003)
  • 著者名/発表者名: Aketani, S., Tanaka, K., Yamamoto, K., Ishihama, A., Cao, H., Tengenji, A., Shionoya, M.
  • 雑誌名: Eur.J.Pharm.Sci. 20 ページ: 43-51
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Mapping sigma 54-RNA polymerase interactions at the -24 consensus promoter element. (2003)
  • 著者名/発表者名: Burrows, P.C., Severinov, K., Ishihama, A., Buck, M., Wigneshweraraj, S.R.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 278(32) ページ: 29728-29743
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Transcription regulation of the drug efflux genes by EvgAS, a two-component system in Escherichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Eguchi, Y., Oshima, T., Mori, H., Aono, R., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: Microbiology 149(10) ページ: 2819-2828
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] In vitro properties of RpoS (S^S) mutants of Escherichia coli with postulated N-terminal subregion 1.1 or C-terminal region 4 deleted. (2003)
  • 著者名/発表者名: Gowrishankar, J., Yamamoto, K., Subbarayan, P.R., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J.Bacterol. 185(8) ページ: 2673-2679
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Involvement of region 4 of the sigma 70 subunit of RNA polymerase in transcription activation of the lux operon during quorum sensing. (2003)
  • 著者名/発表者名: Johnson, D.C., Ishihama, A., Stevens, A.M.
  • 雑誌名: FEMS Microbiol.Lett. 228(2) ページ: 193-201
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Recruitment of s^<54>-RNA polymerase to the Pu promoter of Pseudomonas putida through integration host factor-mediated positioning switch of subunit carboxy-terminal domain on an UP-like element. (2003)
  • 著者名/発表者名: Macchi, R., Montesissa, L., Murakami, K., Ishihama, A., de Lorenzo, V., Bertoni, G.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 278(30) ページ: 27695-27702
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Growth phase-coupled alterations in cell structure and function of Escberichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Makinoshima, H., Aizawa, S., Hayashi, H., Miki, T., Nishimura, A., Ishihama, A.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 185(4) ページ: 1338-1345
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Principles and methods of affinity cleavages in studying transcription. (2003)
  • 著者名/発表者名: Meares, C.F., Datwyler, S.A., Schmidt, B.D., Owens, J., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Meth.Enzymol. 371 ページ: 82-106
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Identification and molecular characterization of Mg(II)-regulon of Escherichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Minagawa, S., Ogasawara, H., Kato, A., Yamamoto, K., Eguchi, T., Oshima, T., Mori, H., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 185(13) ページ: 3696-3702
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Rpb7 subunit of RNA polymerase II interacts with an RNA-binding protein involved in processing of transcripts. (2003)
  • 著者名/発表者名: Mitsuzawa, H., Kanda, E., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 31(16) ページ: 4696-4701
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] The fission yeast RPA51 is a functional homolog of the budding yeast A49 subunit of RNA polymerase I and required for maximizing transcription of ribosomal RNA. (2003)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, K., Hisatake, K., Imazawa, Y., Ishiguro, A., Matsumoto, M., Pape, L., Ishihama, A., Nogi, Y.
  • 雑誌名: Genes Genet.Syst. 78 ページ: 199-209
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Identification and characterization of antibacterial agents that inhibit the essential histidine kinase, YycG, from Baccilus subtilis and Staphylococcus aureus. (2003)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, T., Hashimoto, Y., Yamamoto, K., Hirao, K., Ishiahma, A., Fukamizo, T., Hino, M., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J.Antrbiot. 56(12) ページ: 1045-1052
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Two different modes of transcription repression of the Escherichia coli acetate operon by Ic1R. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 47(1) ページ: 183-194
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Role of a nonnatural b-C-nucleotide unit in DNA as template for DNA and RNA syntheses and as substrates for nucleolytic digestion. (2003)
  • 著者名/発表者名: Aketani, S., Tanaka, Yamamoto, K., Ishihama, A., Cao, H., Tengenji, A., Shionoya, M.
  • 雑誌名: Eur.J.Pharm.Sci. 20 ページ: 43-51
• [雑誌論文] Transcription regulation of the drug efflux genes by EvgAS, a two-component system in Escherichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Eguchi, Y., Oshima, T., Mori, H., Aono, R., Yamamoto, K., Ishihama.A.Utsumi, R.:
  • 雑誌名: Microbiology 149(10) ページ: 2819-2828
• [雑誌論文] In Vitro Properties of RpoS (σ^s) mutants of escherichia coli with postulated N-Terminal subregion 1.1 or C-terminal region 4 deleted. (2003)
  • 著者名/発表者名: Gowrishankar, J., Yamamoto, K., Subbarayan, P.R., Ishihama.A.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 185(8) ページ: 2673-2679
• [雑誌論文] Involvement of region 4 of the sigma 70 subunit of RNA polymerase in transcription activation of the lux operon during quorum sensing. (2003)
  • 著者名/発表者名: Johnson, D.C., Ishihama, A., Stevens, A.M
  • 雑誌名: FEMS Microbiol. Lett. 228(2) ページ: 193-201
• [雑誌論文] Recruitment of σ^<54>-RNA polymerase to the Pu promoter of Pseudomonas putida through integration host factor-mediated positioning switch of subunit carboxy-terminal domain on an UP-like element. (2003)
  • 著者名/発表者名: Macchi, R., Montesissa, L., Murakami, K., Ishihama.A., de Lorenzo, V., Bertoni, G.:
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 278(30) ページ: 27695-27702
• [雑誌論文] Growth phase-coupled alterations in cell structure and function of Escherichia coli. (2003)
  • 著者名/発表者名: Makinoshima, H., Aizawa, S., Hayashi, H., Miki, T., Nishimura, A., Ishihama, A
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 185(4) ページ: 1338-1345
• [雑誌論文] The fission yeast RPA51 is a functional homolog of the budding yeast A49 subunit of RNA polymerase I and required for maximizing transcription of ribosomal RNA. (2003)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, K., Hisatake, K., Imazawa, Y., Ishiguro, A., Matsumoto, M., Pape, L., Ishihama, A., Nogi, Y
  • 雑誌名: Genes Genet.Syst. 78 ページ: 199-209
• [雑誌論文] Identification and characterization of antibacterial agents that inhibit the essential histidine kinase, YycG, from Baccilus subtilis and Staphylococcus aureus. (2003)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, T., Hashimoto, Y., Yamamoto, K., Hirao, K., Ishiahma, A., Fukamizo, T., Hino, M., Utsumi, R.:
  • 雑誌名: J.Antibiot. 56(12) ページ: 1045-1052
• [雑誌論文] Two different modes of transcription repression of the Escherichia coli acetate operon by IcIR. (2003)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 47(1) ページ: 183-194
• [雑誌論文] uvrA and pric genes involved in DNA repair and replication are negatively regulated by ArcA in Escherichia coli K12.
  • 著者名/発表者名: Ogasawara, H., Teramoto, J., Hirao, K., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Systematic search for the Cra-binding promoters using genomic SELEX.
  • 著者名/発表者名: Shimada, T., Fujita, N., Maeda, M., Ishihama, A.
  • 雑誌名: Genes Cells (in press)
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [雑誌論文] Transcriptional response of Escherichia coli to external zinc.
  • 著者名/発表者名: Yamamoto, K., Ishihama, A
  • 雑誌名: J.Bacteriol. (in press)
  • NAID: 120000993462
  • 説明: 「研究成果報告書概要(欧文)」より
• [図書] Options for Control of Influenza Virus, V. (2004)
  • 著者名/発表者名: Honda, A., Ishihama, A.
  • 総ページ数: 320
  • 出版者: Elsevier Publ.
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] The Molecular Biology of Schizosaccharomyces pombe (2004)
  • 著者名/発表者名: Kimura, M., Mitsuzawa, H., Ishihama, A.
  • 総ページ数: 450
  • 出版者: Pro Edit GmbH, Heidelberg
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] International Congress Series : Options for Control of Influenza Virus, V (Y.Kawaoka, ed.) (2004)
  • 著者名/発表者名: Honda, A., Ishihama, A.
  • 総ページ数: 175
  • 出版者: Elsevier B.V., Amsterdam
• [図書] Meth. Enzymol. Vol. 371 (2003)
  • 著者名/発表者名: Meares, C.F., Datwyler, S.A., Schmidt, B.D., Owens, J., Ishihama, A.
  • 総ページ数: 350
  • 出版者: Academic Press
  • 説明: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [図書] The Molecular Biology of Schizosaccharomyces pombe. (2003)
  • 著者名/発表者名: Kimura, M., Mitsuzawa, H., Ishihama.A.
  • 総ページ数: 445
• [図書] Meth.Enzymol. (2003)
  • 著者名/発表者名: Meates, C.F., Datwyler, S.A., Schmidt, B.D., Owens, J.Ishihama, A.
  • 総ページ数: 330
  • 出版者: Academic Press, New York
• [文献書誌] Kim, J., Yoshimura, S.H., Hizume, K., Ohniwa, R.L., Ishihama, A., Takeyasu, K.: "Fundamental structural units of the Escherichia coil nucleoid revealed by atomic force microscopy."Nucleic Acids Res.. 32(6). 1982-1992 (2004)
• [文献書誌] Mitsuzawa, H., Kanda, E., Ishihama, A: "Rpb7 subunit of RNA polymerase II Interacts with an RNA-binding protein involved in processina of transcripts."Nucleic Acids Res.. 31(16). 4696-4701 (2004)
• [文献書誌] Yang, J., Hwang, S., Irawaty, W., Ishihama, A., Pittard, J.: "Modes of action of the TyrR protein, which result in repression and activation of the tyrP promoter of Escherichia coil."Mol.Microbiol.. 52(1). 243-256 (2004)
• [文献書誌] Burrows, P.C., Ishihama, A., Buck, M., Wigneshweraraj, S.R.: "Mapping sigma 54-RNA polymerase interactions at the -24 consensus promoter element."J.Biol.Chem.. 278(32). 29728-29743 (2003)
• [文献書誌] Eguchi, Y., Oshima, T., Yamamoto, K., Ishihama, A., Utsumi, R.: "Transcription regulation of the drug efflux genes by EvgAS, a two-component system in Escherichia coil."Microbiology. 149(10). 2819-2828 (2003)
• [文献書誌] Gowrishankar, J., Yamamoto, K., Subbarayan, P.R., Ishihama, A.: "In vitro properties of RpoS (σ^s) mutants of Escherichia coli with postulated N-terminal subregion 1.1 or C-terminal region 4 deleted."J.Bacteriol.. 185(8). 2673-2679 (2003)
• [文献書誌] Johnson, D.C., Ishihama, A.Stevens, A.M.: "Involvement of region 4 of the sigma 70 subunit of RNA polymerase in transcription activation of the lux operon during quorum sensing."FEMS Microbiol.Lett.. 228(2). 193-201 (2003)
• [文献書誌] Macchi, R., Montesissa, L., Murakami, K., Ishihama, A., de Lorenzo, V., Bertoni, G.: "Recruitment of σ^<54>-RNA polymerase to the Pu promoter of Pseudamonas putida through integration host factor-mediated positioning switch of subunit carboxy-terminal domain on an UP-like element."J.Biol.Chem. 278(30). 27695-27702 (2003)
• [文献書誌] Makinoshima, H., Aizawa, S., Hayashi, H., Miki, T., Nishimura, A., Ishihama, A.: "Growth phase-coupled alterations in cell structure and function of Escherichia coli."J.Bacteriol.. 185(4). 1338-1345 (2003)
• [文献書誌] Minagawa, S., Ogasawara, H., Yamamoto, K., Eguchi, T., Oshima, T., Ishihama, A., Utsumi, R: "Identification and molecular characterization of Mg(II)-regulon of Escherichia coli."J.Bacteriol.. 185(13). 3696-3702 (2003)
• [文献書誌] Mitsuzawa, H., Ishihama, H.: "RNA polymerase Ii transcription apparatus in Schizosaccharomyces pombe."Curr.Genet. 44(6). 287-294 (2003)
• [文献書誌] Yamamoto, K., Ishihama, A.: "Two different modes of transcription repression of the Escherichia coli acetate operon by IcIR."Mol.Microbiol. 47(1). 183-194 (2003)
• [文献書誌] Kimura, M., Mitsuzawa, H., Ishihama, A.: "The Molecular Biology of Schizosaccharomyces pombe"Pro Edit GmbH, Heidelberg. 450 (2004)
• [文献書誌] Meares, C.F., Datwyler, S.A., Schmidt, B.D., Owens, J., Ishihama, A.: "Meth.Enzymol."Acade, oc Press. 355 (2003)