| 研究課題/領域番号 |
15380062
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
応用微生物学
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
関 達治 大阪大学, 物理工学国際交流センター, 教授 (50029245)
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| 研究分担者 |
中川 浩子 (川崎 浩子 / 中川 浩子(川崎 浩子)) 大阪大学, 物理工学国際交流センター, 助手 (30251482)
藤山 和仁 大阪大学, 物理工学国際交流センター, 助教授 (70209112)
杉田 隆 明治薬科大学, 微生物学教室, 助教授 (10312076)
浜本 牧子 明治大学, 農学部, 助教授 (30333305)
鈴木 基文 理化学研究所, バイオリソースセンター, 先任研究員 (70163011)
宮崎 智 東京理科大学, 薬学部, 助教授 (30290894)
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| 研究期間 (年度) |
2003 – 2005
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| 研究課題ステータス |
完了 (2005年度)
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| 配分額 *注記 |
15,400千円 (直接経費: 15,400千円)
2005年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
2004年度: 4,700千円 (直接経費: 4,700千円)
2003年度: 6,300千円 (直接経費: 6,300千円)
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| キーワード | rRNA / rDNA / 分類体系 / phylogeny / ITS領域 / 酵母 / 分離 / データベース / 18S rRNA / 系統分類 / 多相分類学 / リボソームRNA / 18S rDNA / rRNA二次構造 |
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| 研究概要 |
18S rDNAの塩基配列の決定を行うと同時に、rDNA遺伝子の分類指標としての評価を行った。さらに、Metchnikowiaceae科をモデルとして、多次元情報解析を行った。その結果、全ての属において、18S rDN塩基の進化速度は、26S rDNA D1/D2領域の進化速度に比べ遅いことがわかった。また、これまでにも報告があったが、rDNAには変位に富む部分とそうでない部分があることもわかった。これらを属レベル、種レベルの同定手段として使い分けて用いることができる。非常に興味深かったのは、属内の異なる種を比較した際、26S rDNA D1/D2領域の相同性に連続性があったが、18S rDNAには不連続性があり、特に、Pichia属にはいくつかのまとまった集団があることが示唆された。この不連続性が分類群としてまとまりとして捕らえることができるのではないかと思われた。多次元情報解析の結果、すべてにおいて共通した結果が得られたものについては、よりその分類体系が正しいという結果と受け止められるが、解析により結果が異なる分類群については、どれが正しいというよりは、新規であるという認識を持つべきではないかという考えに達した。
18S rDNAの塩基配列の決定は、カルチャーコレクションに保存されている既知種に対して行うと同時に、新規分類群についてもその探索をも含めて行い、新しくrDNAデータを蓄積することができた。深海底の試料およびリンゴの樹木など自然界から分離された担子菌酵母の新種、マングローブ林より分離された子嚢菌酵母の新種を見出した。これらについては、18S rDNAに加え、26S rDNAのD1/D2領域およびITS(internal transcribed spacer)領域の塩基配列の決定も加えて行った。
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