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パーソナライズドメディスンのためのcDNAアレイによる癌個性診断法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 15390368
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 外科学一般
研究機関北海道大学

研究代表者

多田 光宏  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教授 (10241316)

研究分担者 近藤 哲  北海道大学, 大学院・医学研究科, 教授 (30215454)
守内 哲也  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (20174394)
濱田 淳一  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教授 (50192703)
加藤 紘之  北海道大学, 大学院・医学研究科, 教授 (80002369)
研究期間 (年度) 2003 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
12,400千円 (直接経費: 12,400千円)
2004年度: 5,800千円 (直接経費: 5,800千円)
2003年度: 6,600千円 (直接経費: 6,600千円)
キーワードcDNA array data / expression profile / human cancer / malignant character / personalized medicine
研究概要

本研究は北海道内で収集された8種の癌サンプルにつきアレイ解析とともに臨床病理学的データを新規アルゴリズムにて解析し,病理学的・臨床パラメータをmRNA発現プロフィールにより判別,遺伝子発現との関連の機能的意義を明らかにし,パーソナライズドメディスンの実現のため,癌個性診断システムを確立することを目的とする.
本研究により以下の成果を得た.
1)症例サンプルと臨床情報は5800例以上の症例数につき収集できた.
2)そのうち600例につきアレイによる発現プロフィール解析を行った.
3)新規解析法としてk-最近隣法を判別関数として,個性診断に最適な遺伝子セットを選択する特徴選択(feature subset selection)法を確立,またその特徴セットを用いてprobabilistic neural networkを多数組み合わせアンサンブル学習を行う方法を確立した.
4)解析データに応用することにより,大腸癌では部位別に層別化することによりリンパ節転移の予測,膵癌では1年生存の予測,食道癌ではリンパ節転移の予測,肺癌ではリンパ節転移の予測,胃癌では非再発生存期間に対するリスクの予測,胆道癌では神経周囲浸潤の予測,乳癌では組織学的悪性度の予測,肝癌ではウイルス感染の有無と組織学的悪性度の診断がそれぞれ可能であることが判明した,これらの成果は学会発表とともに,論文に発表した.
今後は解析症例を追加し,これらの結果をさらに検証するとともに,臨床実用化を目指して,定量的RT-PCRによる検証など詳細な検討を行う予定である.

報告書

(3件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (18件) 図書 (1件) 文献書誌 (6件)

  • [雑誌論文] Right- and left-sided colorectal cancers display distinct expression profiles and the anatomical strafication allows a high accuracy prediction of lymph node metastasis.2005

    • 著者名/発表者名
      Komuro K, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Surgical Research 124

      ページ: 216-224

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Prediction of lymphatic invasion/lymph node metastasis, recurrence and survival in patients with gastric cancer by cDNA array-based expression profiling.2005

    • 著者名/発表者名
      Teramoto K, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Surgical Research 124

      ページ: 225-236

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Right and left-sided colorectal cancers display distinct expression profiles and the anatomical stratification allows a high accuracy prediction of lymph node metastasis.2005

    • 著者名/発表者名
      Komuro K, Tada M, Tamoto E, Kawakami A, Matsunaga A, Teramoto K, Shindoh G, Takada M, Murakawa K, Kanai M, Kobayashi N, Fujiwara Y, Nishimura N, Hamada J-I, Ishizu A, Ikeda H, Kondo S, Katoh H, Moriuchi T, Yoshiki T
    • 雑誌名

      J Surg Res 124

      ページ: 216-224

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Prediction of lymphatic invasion/lymph node metastasis, recurrence, and survival in patients with gastric cancer by cDNA array-based expression profiting.2005

    • 著者名/発表者名
      Teramoto K, Tada M, Tamoto E, Abe M, Kawakami A, Komuro K, Matsunaga A, Shindoh G, Takada M, Murakawa K, Kanai M, Kobayashi N, Fujiwara Y, Nishimura N, Shirata K, Takahishi T, Ishizu A, Ikeda H, Hamada J-I, Kondo S, Katoh H, Moriuchi T, Yoshiki T
    • 雑誌名

      J Surg Res 124

      ページ: 225-236

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Aberrant expression of HOX genes in human invasive breast carcinoma.2005

    • 著者名/発表者名
      Makiyama K, Hamada J, Takada M, Murakawa K, Takahashi Y, Tada M, Tamoto E, Shindo G, Matsunaga A, Teramoto K, Komuro K, Kondo S, Katoh H, Koike T, Moriuchi T
    • 雑誌名

      Oncol Rep 13

      ページ: 673-679

    • NAID

      120002004281

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] p53-defective tumors with a functional apoptosome-mediated pathway : a new therapeutic target.2005

    • 著者名/発表者名
      Mashima T, Oh-hara T, Sato S, Mochizuki M, Sugimoto Y, Yamazaki K, Hamada J, Tada M, Moriuchi T, Ishikawa Y, Kato Y, Tomoda H, Yamori T, Tsuruo T
    • 雑誌名

      J Natl Cancer Inst 18

      ページ: 765-777

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Altered expressions of HOX genes in human cutaneous malignant melanoma.2005

    • 著者名/発表者名
      Maeda K, Hamada J, Takahashi Y, Tada M, Yamamoto Y, Sugihara T, Moriuchi T
    • 雑誌名

      Int J Cancer 10

      ページ: 436-441

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Prediction of lymphatic invasion/lymph node metastasis, recurrence, and survival in patients with gastric cancer by cDNA array-based expression profiling.2005

    • 著者名/発表者名
      Teramoto K, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Surgical Research in press

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Right and left-sided colorectal cancers display distinct expression profiles and the anatomical stratification allows a high accuracy prediction of lymph node metastasis.2005

    • 著者名/発表者名
      Komuro K, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Surgical Research in press

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Expression profiles of 39 HOX genes in normal human adult organs and anaplastic thyroid cancer cell lines by quantitative real-time RT-PCR system.2004

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Y, et al.
    • 雑誌名

      Experimental Cell Research 293

      ページ: 144-153

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene-expression profile changes correlated with tumor progression and lymph node metastasis in esophageal cancer.2004

    • 著者名/発表者名
      Tamoto E, et al.
    • 雑誌名

      Clinical Cancer Research 10

      ページ: 3629-3638

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Prediction of lymph node metastasis and perineural invasion of biliary tract cancer by selected features from cDNA array data.2004

    • 著者名/発表者名
      Murakawa K, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Surgical Research 122

      ページ: 184-194

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Prediction of lymph node metastasis by analysis of gene expression profiles in non-small cell lung cancer.2004

    • 著者名/発表者名
      Takada M, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Surgical Research 122

      ページ: 61-69

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Expression profiles of 39 HOX genes in normal human adult organs and anaplastic thyroid cancer cell lines by quantitative real-time RT-PCR system.2004

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Y, Hamada J-I, Murakawa K, Takada M, Tada M, Nogami I, Hayashi N, Nakamori S, Monden M, Miyamoto M, Katoh H, Moriuchi T
    • 雑誌名

      Exp Cell Res 293

      ページ: 144-153

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene-expression profile changes correlated with tumor progression and lymph node metastasis in esophageal cancer.2004

    • 著者名/発表者名
      Tamoto E, Tada M, Murakawa K, Takada M, Shindo G, Teramoto K-I, Matsunaga A, Komuro K, Kanai M, Kawakami A, Fujiwara Y, Kobayashi N, Shirata K, Nishimura N, Okushiba S, Kondo S, Hamada J-I, Yoshiki T, Moriuchi T, Katoh H
    • 雑誌名

      Clin Cancer Res 10

      ページ: 3629-3638

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Prediction of lymph node metastasis and perineural invasion of biliary tract cancer by selected features from cDNA array data.2004

    • 著者名/発表者名
      Murakawa K, Tada M, Takada M, Tamoto E, Shindoh Gs Teramoto K-I, Matsunaga A, Komuro K, Kanai M, Kawakami A, Fujiwara Y, Kobayashi N, Shirata K, Nishimura N, Okushiba S-I, Kondo S, Hamada J-I, Katoh H, Yoshiki T, Moriuchi T
    • 雑誌名

      J Surg Res 122

      ページ: 184-194

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Prediction of Lymph Node Metastasis by Analysis of Gene Expression Profiles in Non-small Cell Lung Cancer.2004

    • 著者名/発表者名
      Takada, M, Tada M, Tamoto E, Kawakami A, Murakawa K, Shindoh G, Teramoto K-I, Matsunaga A, Komuro K, Kanai M, Fujiwara Y, Shirata K, Nishimura N, Miyamoto M, Okushiba S-I, Kondo S, Hamada J-I, Katoh H, Yoshiki T, Moriuchi T
    • 雑誌名

      J Surg Res 122

      ページ: 61-69

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Epigenetic silencing of E-and P-cadherin gene expression in human melanoma cell lines.2004

    • 著者名/発表者名
      Tsutsumida A, Hamada J, Tada M, Aoyama T, Furuuchi K, Kanai Y, Yamamoto Y, Sugihara T, Moriuchi T
    • 雑誌名

      Int J Oncol 25

      ページ: 1415-1421

    • NAID

      120002004297

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 病理診断における分子生物学2004

    • 著者名/発表者名
      多田光宏, 守内哲也(分担執筆)
    • 出版者
      文光堂,東京
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tazawa H, et al.: "Infiltration of Neutrophils is Required for Acquisition of Metastatic Phenotype of Benign Murine Fibrosarcoma Cells"American Journal of Pathology. 163. 2221-2232 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Monti P, et al.: "Characterization of the p53 mutants ability to inhibit p73b transactivation using a yeast-based functional assay"Oncogene. 22. 5252-5260 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Yamada H, et al.: "Reconstructed β-catenin/TCF4 signaling in yeast applicable to functional evaluation of APC mutations"American Journal of Pathology. 163. 2201-2209 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Hirai A, et al.: "Expression of AIE-75 PDZ-domain Protein Induces G2/M Cell Cycle Arrest in Human Colorectal Adenocarcinoma SW480 Cells"Cancer Letters. (in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Takahashi Y, et al.: "Expression profiles of 39 HOX genes in normal human adult organs and anaplastic thyroid cancer cell lines by quantitative real-time RT-PCR system"Experimental Cell Research. 293. 144-153 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Tamoto E, et al.: "Gene-expression profile changes correlated with tumor progression and lymph node metastasis in esophageal cancer"Clinical Cancer Research. (in press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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