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大規模データによる未解決の多分岐解消:ミトゲノム分析に基づくスズキ類の大系統解析

研究課題

研究課題/領域番号 15570090
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関千葉県立中央博物館

研究代表者

宮 正樹  千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)

研究期間 (年度) 2003 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,700千円 (直接経費: 3,700千円)
2004年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2003年度: 2,600千円 (直接経費: 2,600千円)
キーワード大規模データ / ミトコンドリアゲノム / 高次分類 / 分子系統 / ベイズ法 / 条鰭類 / 多分岐 / 魚類
研究概要

ミトコンドリアゲノム全長配列に基づくMiya et al.(2001,2003)の研究により,これまで形態に基づき曖昧に認識されてきた包括的な高次分類群(目より高次の階級を与えられていない分類群)の多くは,その単系統性を明瞭に否定され,新たな構成のもとに再定義された.
再定義された高次分類群の中でも最も大きな修正を迫られたのが本研究の対象となったスズキ類である.平成15〜16年度の研究で以下の項目に的を絞り戦略的に研究を進めてきた.
1)ベイズ法に基づく大規模データ行列解析の試み:これまでの手法(最大節約法や最尤法)では,対象分類群が50を超えると,探索すべき系統樹の数が天文学的数字となり,解析が実質上不可能になっていた.ところで,事後確率に基づくベイズ法の出現により,適切な進化モデルを用いた大規模データ行列の解析が可能になった.昨年度に導入した並列コンピュータにより,超高速演算が可能なシステムが構築された.
2)ミトコンドリア全長配列の決定:14,000種からなるスズキ類の多様性を網羅するために,引き続き多数の種の配列を決定した.本年度だけで50種を超える新たな配列を決定し,スズキ類だけで計200種を超える規模のデータになった.
3)ミトゲノムデータの多重整列:条鰭類すべてを網羅する334種を選定し,ミトゲノムデータのデータの多重整列を行った.その結果,今後の大規模解析の基礎となるデータ行列が完成した.
4)大規模データの解析:上記並列コンピュータを用いた大規模データの解析が進行中である.データの包括的解析と局所的解析を併せることにより,巨大な系統樹空間をもれなく探索することを試みた.解析結果は来年度12月頃に出る予定である.

報告書

(3件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2005 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 (29件) 図書 (1件) 文献書誌 (6件)

  • [雑誌論文] The phylogenetic position of toadfishes (order Batrachoidiformes) in the higher ray-finned fish as inferred from partitioned Bayesian analysis of 102 whole mitochondrial genome sequences2005

    • 著者名/発表者名
      M.Miya, T.P.Satoh, M.Nishida
    • 雑誌名

      Biological Journal of the Linnean Society 85(In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and evolution of the freshwater eels genus Anguilla based on the whole mitochondrial genome sequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Minegishi, Y., J.Aoyama, J.G.Inoue, M.Miya, M.Nishida, K.Tsukamoto
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 34(1)

      ページ: 134-146

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] A PCR-based approach for sequencing the mitochondrial genomes of decapod crustaceans, with a practical example from kuruma prawn Marsupenaeus japonicus.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi, M.M., M.Miya, R.J.Machida, M.Nishida
    • 雑誌名

      Marine Biotechnology (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution of the mitochondrial genome in Cephalochordata as inferred from complete nucleotide sequences from two Epigonichthys species.2005

    • 著者名/発表者名
      Nohara, M., M.Nishida, M.Miya, T.Nishikawa
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The mitochondrial genome of Indonesian coelacanth Latimeria menadoensis (Sarcopterygii : Coelacanthiformes) and divergence time estimation between the two coelacanths.2005

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, B.Venkatesh, M.Nishida
    • 雑誌名

      Gene (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Sundasalanx (Sundasalangidae) is a progenetic clupeiform, not a closely-related group of salangids (Osmeriformes) : Mitogenomic evidence.2005

    • 著者名/発表者名
      Ishiguro, N.B., M.Miya, J.G.Inoue, M.Nishida
    • 雑誌名

      Journal of Fish Biology (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The phylogenetic position of toadfishes (order Batrachoidiformes) in the higher ray-finned fish as inferred from partitioned Bayesian analysis of 102 whole mitochondrial genome sequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Miya, M., T.P.Satoh, M.Nishida
    • 雑誌名

      Biological Journal of the Linnean Society (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The phylogenetic position of toadfishes(order Batrachoidiformes) in the higher ray-finned fish as inferred from partitioned Bayesian analysis of 102 whole mitochondrial genome sequences2005

    • 著者名/発表者名
      M.Miya, T.P.Satoh, M.Nishida
    • 雑誌名

      Biological Journal of the Linnean Society 85(in press)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Gene rearrangements and evolution of tRNA pseudogenes in the mitochondrial genome of the parrotfishes (Teleostei : Perciformes : Scaridae)2004

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, K., M.Miya, T.P.Satoh, M.W.Westneat, M.Nishida
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 59(3)

      ページ: 287-297

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] How meaningful are Bayesian support values?2004

    • 著者名/発表者名
      Simmons, M.P., K.M.Pickett, M.Miya
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 21(1)

      ページ: 188-199

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Efficiently resolving the basal clades of a phylogenetic tree using Bayesian and parsimony approaches : A case study using 100 complete mitochondrial DNA sequences from higher teleost fishes.2004

    • 著者名/発表者名
      Simmons, M.P., M.Miya
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 31(1)

      ページ: 351-362

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Large-scale gene rearrangements in the mitochondrial genomes of two calanoid copepods Eucalanus bungii and Neocalanus cristatus (Crustacea), with notes on new versatile primers for the srRNA and COI genes.2004

    • 著者名/発表者名
      Machida, R.J., M.Miya, M.M.Yamauchi, M.Nishida, S.Nishida
    • 雑誌名

      Gene 332

      ページ: 71-78

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Mitogenomic evidence for the monophyly of elopomorph fishes (Teleostei) and the evolutionary origin of the leptocephalus larva.2004

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 32(1)

      ページ: 274-286

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Organization of the mitochondrial genome of antarctic krill, Euphausia superba (Crustacea : Malacostraca).2004

    • 著者名/発表者名
      Machida, R.J., M.Miya, M.M.Yamauchi, M.Nishida, S.Nishida
    • 雑誌名

      Marine Biotechnology 6(3)

      ページ: 238-250

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Use of a PCR-based approach for sequencing whole mitochondrial genomes of insects : Two examples (cockroach and dragonfly) based on the method developed for decapod crustaceans.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi, M.M., M.Miya, M.Nishida
    • 雑誌名

      Insect Molecular Biology 13(4)

      ページ: 435-442

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Mitochondrial genomes and phylogeny of the ocean sunfishes (Tetraodontiformes : Molidae).2004

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Y., M.Miya, K.Matsuura, M.Katoh, H.Sakai, M.Nishida
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 51(3)

      ページ: 269-273

    • NAID

      10013498340

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene rearrangements and evolution of tRNA pseudogenes in the mitochondrial genome of the parrotfishes (Teleostei : Perciformes : Scaridae).2004

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, K., M.Miya, T.P.Satoh, M.W.Westneat, M.Nishida
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 59(3)

      ページ: 287-297

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Gene rearrangements and evolution of tRNA pseudogenes in the mitochondrial genome of the parrotfishes(Teleostei : Perciformes : Scaridae)2004

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, K., M.Miya, T.P.Satoh, M.W.Westneat, M.Nishida
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 59(3)

      ページ: 287-297

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Basal actinopterygian relationships : A mitogenomic perspective on the phylogeny of the "ancient fish"2003

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 26(1)

      ページ: 110-120

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Major patterns of higher teleostean phylogenies : A new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences2003

    • 著者名/発表者名
      M.Miya, H.Takeshima, H.Endo et al.(12 coauthors)
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 26(1)

      ページ: 121-138

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Mitochondrial genomics of ostariophysan fish : Perspectives on phylogeny and biogeography2003

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, K., M.Miya, J.G.Inoue, N.B.Ishiguro, M.Nishida
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 56(4)

      ページ: 464-472

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Basal euteleostean relationships : A mitogenomic perspective on the phylogenetic reality of the "Protacanthopterygii"2003

    • 著者名/発表者名
      Ishiguro, N.B., M.Miya, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 27(3)

      ページ: 476-488

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Basal actinopterygian relationships : A mitogenomic perspective on the phytogeny of the "ancient fish."2003

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 26(1)

      ページ: 110-120

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Major patterns of higher teleostean phylogenies : A new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences.2003

    • 著者名/発表者名
      Miya, M., H.Takeshima, H.Endo, N.B.Ishiguro, J.G.Inoue, T.Mukai, T.P.Satoh, M.Yamaguchi, A.Kawaguchi, K.Mabuchi, S.M.Shirai, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 26(1)

      ページ: 121-138

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Mitochondrial genomics of ostariophysan fish : Perspectives on phylogeny and biogeography.2003

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, K., M.Miya, J.G.Inoue, N.B.Ishiguro, M.Nishida
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 56(4)

      ページ: 464-472

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Basal euteleostean relationships : A mitogenomic perspective on the phylogenetic reality of the "Protacanthopterygii."2003

    • 著者名/発表者名
      Ishiguro, N., M.Miya, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 27(3)

      ページ: 476-488

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Complete mitochondrial DNA sequence of the swimming crab, Portunus trituberculatus (Crustacea : Decapoda).2003

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi, M.M., M.Miya, M.Nishida
    • 雑誌名

      Gene 311(1)

      ページ: 129-135

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Evolution of the deep-sea gulper eel mitochondrial genomes : Large-scale gene rearrangements originated within the eels.2003

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 20(11)

      ページ: 1911-1917

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Basal actinopterygian relationships : A mitogenomic perspective on thephyloge nyof the "ancient fish"2003

    • 著者名/発表者名
      Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 26(1)

      ページ: 110-120

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] 魚類の大系統:ミトコンドリアゲノミクスによるアプローチ『海洋の生命史』(西田 睦編著)2005

    • 著者名/発表者名
      宮 正樹, 西田 睦
    • 出版者
      東海大学出版(印刷中)(所収)
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida: "Basal actinopterygian relationships : A mitogenomic perspective on the phylogeny of the "ancient fish""Molecular Phylogenetics and Evolution. 26(1). 110-120 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] M.Miya, H.Takeshima, H.Endo et al.(12coauthors): "Major patterns of higher teleostean phylogenies : A new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences"Molecular Phylogenetics and Evolution. 26(1). 121-138 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Saitoh, K., M.Miya, J.G.Inoue, N.B.Ishiguro, M.Nishida: "Mitochondrial genomics of ostariophysan fish : Perspectives on phylogeny and biogeography"Journal of Molecular Evolution. 56(4). 464-472 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Ishiguro, N.B., M.Miya, M.Nishida: "Basal euteleostean relationships : A mitogenomic perspective on the phylogenetic reality of the "Protacanthopterygii""Molecular Phylogenetics and Evolution. 27(3). 476-488 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida: "Evolution of the deep-sea gulper eel mitochondrial genomes : Large-scale gene rearrangements originated within the eels"Molecular Biology and Evolution. 20(11). 1911-1917 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Simmons, M.P., M.Miya: "Efficiently resolving the basal clades of a phylogenetic tree using Bayesian and parsimony approaches : A case study using 100 complete mitochondrial DNA sequences from higher teleost fishes"Molecular Phylogenetics and Evolution. 30(3)(In press). (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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