• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

高度好熱菌house‐cleaning酵素群の立体構造解析および分子機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 15570114
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 機能生物化学
研究機関大阪大学

研究代表者

増井 良治  大阪大学, 理学研究科, 講師 (40252580)

研究期間 (年度) 2003 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2004年度: 1,600千円 (直接経費: 1,600千円)
2003年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワード高度好熱菌 / Thermus thermophilus HB8 / Nudix蛋白質 / ハウスクリーニング蛋白質 / ヌクレオチド代謝 / 立体構造解析 / 金属イオン / MutT
研究概要

Nudix蛋白質は,細胞にとって有害なヌクレオチドや過剰に増加したヌクレオチド代謝産物を分解するヒドロラーゼの総称であり,その働きからhouse-cleaning酵素とも呼ばれる。その基質はいずれもヌクレオチドニリン酸に何かが結合した(nucleoside diphosphate-linked X)化合物である。Nudix蛋白質はそれらを分解することによって,遺伝情報の維持,細胞増殖やシグナル伝達の制御などに関わっている。本研究では,高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のNudix蛋白質群(Ndx1〜8)を大腸菌体内で大量発現させ,立体構造解析および分子機能解析を行って,各種ヌクレオチドの認識および分解機構を,原子レベルで詳細に解明することを目的としている。Ap6Aを分解するNdx1については,基質複合体の結晶構造を決定した。これに基づいて作製した変異体を解析することによって,基質であるジアデノシンポリリン酸の認識には,アデニン塩基からγ位までの部分が重要であること,さらに二価金属イオンに配位するグルタミン酸残基が触媒に必須であることを明らかにした。次に,ADP-riboseを分解するNdx4については,金属イオンや基質,生成物などをそれぞれ含む6種類の結晶構造を決定し,さらに変異体解析の結果にもとづき,従来提唱されていた反応機構(特に触媒残基)は誤りであり,Nudixモチーフ内の2つのグルタミン酸残基が触媒に必須であることを明らかにした。また,他のNdx蛋白質においても,オリゴマー状態や基質特異性などが大きく異なるものの,活性部位で重要な残基や反応機構は非常によく似ていた。これらのことから,基質認識を担う部分は多様性だが,触媒反応を担う部分は共通であるという,多様なNudix蛋白質の機能発現機構を明らかにした。

報告書

(3件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2005 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 (15件) 図書 (5件) 文献書誌 (6件)

  • [雑誌論文] The molecular mechanism of the Thermu thermophilus ADP-ribose pyrophosphatase from mutational and kinetic studies2005

    • 著者名/発表者名
      Ooga, T.
    • 雑誌名

      Biochemistry (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The molecular mechanism of the Thermus thermopnilus ADP-ribose pyrophosphatase from mutational and kinetic studies2005

    • 著者名/発表者名
      Ooga, T.
    • 雑誌名

      Biochemistry (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Nudix hydrolase Ndx1 from Thermus thermophilus HB8 is a diadenosine hexaphosphate hydrolase with a novel activity2004

    • 著者名/発表者名
      Iwai, T.
    • 雑誌名

      The Journal of Biological Chemistry 279

      ページ: 21732-21739

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Structural insights into the Thermus thermophilus ADP-ribose pyrophosphatase mechanism via crystal structures with the bound substrate and metal2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshiba, S.
    • 雑誌名

      The Journal of Biological Chemistry 279

      ページ: 37163-37174

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書 2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Biochemical characterization of TT 1383 from Thermus thermophilus identifies a novel dNTP triphosphohydrolase activity stimulated by dATP and dTTP2004

    • 著者名/発表者名
      Kondo, N.
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry 136

      ページ: 221-231

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] The Nudix hydrolase Ndx1 from Thermos thermophilus HB8 is a diadenosine hexaphosphate hydrolase with a novel activity2004

    • 著者名/発表者名
      Iwai, T.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 279(21)

      ページ: 21732-21739

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Structural insights into the Thermus thermophilus ADP-ribose pyrophosphatase mechanism via crystal structures with the bound substrate and metal2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshiba, S.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 279(35)

      ページ: 37163-37174

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Biochemical characterization of TT1383 from Thermus thermophilus identifies a novel dNTP triphosphohydrolase activity stimulated by dATP and dTTP2004

    • 著者名/発表者名
      Kondo, N.
    • 雑誌名

      J.Biochem. 136(2)

      ページ: 221-231

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Biochemical characterization of TT1383 from Thermus thermophilus identifies a novel dNTP triphosphohydrolase activity stimulated by dATP and dTTP2004

    • 著者名/発表者名
      Kondo, N.
    • 雑誌名

      Journal of Biochemistry 136

      ページ: 221-231

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Overproduction, crystallization and preliminary diffraction data of ADP-ribose pyrophosphatase from Thermus thermophilus HB82003

    • 著者名/発表者名
      Yoshiba, S.
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica D59

      ページ: 1840-1842

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of nucleoside diphosphate kinase from Thermus thermophilus HB82003

    • 著者名/発表者名
      Takeishi, S.
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica D59

      ページ: 1843-1845

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystal structure of a family 4 uracil-DNA glycosylase from Thermus thermophilus HB82003

    • 著者名/発表者名
      Hoseki, J.
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology 333

      ページ: 515-526

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Overproduction, crystallization and preliminary diffraction data of ADP-ribose pyrophosphatase from Thermus thermophilus HB82003

    • 著者名/発表者名
      Yoshiba S.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.D 59(10)

      ページ: 1840-1842

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of nucleoside diphosphate kinase from Thermus thermophilus HB82003

    • 著者名/発表者名
      Takeishi, S.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.D 59(10)

      ページ: 1843-1845

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Crystal structure of a family 4 uracil-DNA glycosylase from Thermals thermophilus HB82003

    • 著者名/発表者名
      Hoseki, J.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 333(3)

      ページ: 515-526

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のゲノム解析-原子生物学のモデル生物-「ゲノミクスとプロテオミクスの新展開」(今中忠行監修)2004

    • 著者名/発表者名
      増井良治
    • 総ページ数
      1158
    • 出版者
      NTS
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 生物学が変わる!-ポストゲノム時代の原子生物学2004

    • 著者名/発表者名
      増井良治
    • 総ページ数
      87
    • 出版者
      大阪大学出版会
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 高度好熱菌Thermus thermophilus HB8のゲノム解析-原子生物学のモデル生物-「ゲノミクスとプロテオミクスの新展開」(今中忠行 監修)2004

    • 著者名/発表者名
      増井良治
    • 総ページ数
      1158
    • 出版者
      NTS
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] 生物学が変わる!-ポストゲノム時代の原子生物学2004

    • 著者名/発表者名
      倉光成紀
    • 総ページ数
      87
    • 出版者
      大阪大学出版会
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] PCRを用いた遺伝子の変異導入法「ここまでできるPCR最新活用マニュアル」(佐々木博己 編集)2003

    • 著者名/発表者名
      増井良治
    • 総ページ数
      223
    • 出版者
      羊土社
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mori, H.: "Fluorescence resonance energy transfer analysis of protein translocase. Sec YE from Thermus thermophilus HB8 forms a constitutive oligomer in membranes"J.Biol.Chem.. 278・16. 14257-14264 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Nakai, T.: "Structure of Thermus thermophilus HB8 H-protein of the glycine-cleavage system, resolved by a six-dimensional molecular-replacement method"Acta Cryst.. D59・9. 1610-1618 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Yoshiba, S.: "Overproduction, crystallization and preliminary diffraction data of ADP-ribose pyrophosphatase from Thermus thermophilus HB8"Acta Cryst.. D59・10. 1840-1842 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Takeishi, S.: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of nucleoside diphosphate kinase from Thermus thermophilus HB8"Acta Cryst.. D59・10. 1843-1845 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Hoseki, J.: "Crystal structure of a family 4 uracil-DNA glycosylase from Thermus thermophilus HB8"J.Mol.Biol.. 333・3. 515-526 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Iwai, T.: "The Nudix hydrolase Ndx1 from Thermus thermophilus HB8 Is A Diadenosine Hexaphosphate Hydrolase with A Novel Activity"J.Biol.Chem.. in press. (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

URL: 

公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi