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DNAチップを用いた大腸癌臨床予後予測診断システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 15591402
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 消化器外科学
研究機関大阪大学

研究代表者

池田 正孝 (2004)  大阪大学, 医学系研究科, 助手 (80335356)

大植 雅之 (2003)  大阪大学, 医学系研究科, 助手 (40294095)

研究分担者 関本 貢嗣  大阪大学, 医学系研究科, 助教授 (10273658)
山本 浩文  大阪大学, 医学系研究科, 助手 (30322184)
池田 正孝  大阪大学, 医学系研究科, 助手 (80335356)
研究期間 (年度) 2003 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2004年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
2003年度: 1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
キーワード大腸癌 / DNAチップ / 肝転移 / リンパ節転移 / 臨床応用 / マルチセンターシステム / 大腸菌 / 遺伝子発現プロファイル / 予後予測システム / 臨床診断型DNAチップ / cDNA microarray / 遺伝子発現 / オリゴヌクレオチド
研究概要

本研究の目的は、DNAチップ技術を応用し大腸癌に対して、これまでの病理組織診断ではできなかった臨床予後予測診断システムを構築することにより、大腸腫瘍学における臨床診断・予後の改善を目指すことである。大腸癌組織の遺伝子発現からみた臨床進行度診断、化学療法感受性予測診断の可能性の追求に加え、肝転移、リンパ節転移などの予測診断システムを確立し、関連遺伝子群の同定による治療標的の抽出を行う。
初年度は、大阪大学と関連病院で切除術された大腸癌の切除標本および臨床病理学的情報を収集し、マルチセンターシステムの基礎を構築し、標本、抽出RNA、標本情報、臨床病理情報の整理・管理体制を築いた。収集された大腸癌切除標本からmRNAを抽出し、超微量mRNA分析用マイクロラボチップによるquality checkを行なった上で、Target DNA(臨床検体)の調整を進める。また、これまでにcDNAマイクロアレイを用いて得られた200例の大腸癌データより、肝転移、リンパ節転移など臨床情報に深く関与する約200の遺伝子群を選択し、それぞれに対応した60merの特異的配列をもったオリゴDNAを高密度にスライドグラス上にスポットし、臨床診断用大腸癌オリゴDNAチップを開発・作製した。予備検討により決定されたプロトコールに従い一定条件下で臨床診断用大腸癌オリゴDNAチップによる遺伝子情報を順次取得し、肝転移、リンパ節転移の予測診断を主解析テーマとして、遺伝子発現情報と臨床病理学的データのマイニングを行う。さらにこれまでの解析に無関係なindependentサンプルを対象validation studyを行ない、臨床フィードバックの実現性の検証を行う。

報告書

(3件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 (10件) 図書 (1件) 文献書誌 (5件)

  • [雑誌論文] 分子診断学の進歩と癌検診への応用-DNAチップ技術による大腸癌の遺伝子発現プロファイル解析と臨床応用2004

    • 著者名/発表者名
      竹政伊知朗, 池田正孝 他
    • 雑誌名

      日本がん検診診断学会 11(2)

      ページ: 21-25

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 消化器癌の微小転移2004

    • 著者名/発表者名
      藤江裕二郎, 池田正孝 他
    • 雑誌名

      外科 66(5)

      ページ: 501-506

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Development in the molecular diagnosis and application for cancer screeining - cDNA microaray analysis of Gene Profile expression of colon cancer and its clinical application-2004

    • 著者名/発表者名
      Takemasa I., Komori T.et al.
    • 雑誌名

      Japanese Association For Cancer Detection And Diagnosis All Right Reserved 11(2)

      ページ: 21-25

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Micrometastasis of gastrointestinal cancer2004

    • 著者名/発表者名
      Fuzie Y, Yamamoto H. et al.
    • 雑誌名

      GEKA 66(5)

      ページ: 501-506

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Identification of differentially expressed genes involved in colorectal carcinogenesis using a cDNA microarray.2004

    • 著者名/発表者名
      Komori, T., Ikeda, M.et al.
    • 雑誌名

      J Exp Clin Cancer Res 23(3)

      ページ: 521-527

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Hepatic expression of ANG2 RNA in metastatic colorectal cancer.2004

    • 著者名/発表者名
      Ogawa M., Ikeda M., et al.
    • 雑誌名

      Hepatology 39(2)

      ページ: 529-539

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Application of TR-PCR to clinical diagnosis of micrometastasis of colorectal cancer : A translational research study.2004

    • 著者名/発表者名
      Takayama O., Ikeda M., et al.
    • 雑誌名

      International Journal of Oncology 25

      ページ: 597-604

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 分子診断学の進歩と癌検診への応用-DNAチップ技術による大腸癌の遺伝子発現プロファイル解析と臨床応用2004

    • 著者名/発表者名
      竹政伊知朗, 池田正孝 他
    • 雑誌名

      日本がん検診・診断学会 11(2)

      ページ: 21-25

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Out-patient chemotherapy for colorectal cancer2003

    • 著者名/発表者名
      Ikeda M., Sekimoto M.et al.
    • 雑誌名

      Textbook for out-patient chemotherapy for improving patient QOL

      ページ: 92-101

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] DNAマイクロアレイを用いたトランスクリプトーム解析による腫瘍マーカーの探索

    • 著者名/発表者名
      小森孝通, 池田正孝 他
    • 雑誌名

      日本分子腫瘍マーカー研究会電子ジャーナル (In press)

    • NAID

      130004436355

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] QOL向上を目指した癌の外来化学療法マニュアル 大腸癌に対する外来化学療法2003

    • 著者名/発表者名
      池田正孝, 関本貢嗣 他
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      メディカルレビュー社
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takemasa, M.Monden et al.: "Identification of the differentially expressed genes involved in colorectal carcinogenesis using cDNA microarray"J Exp Clin Canc Res. (in press).

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 竹政伊知朗, 門田守人, 他: "分子診断学の進歩と癌検診への応用-DNAチップ技術による大腸癌の遺伝子発現プロファイル解析と臨床応用"日本がん検診・診断学会誌. (in press).

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] 竹政伊知朗, 門田守人: "バイオインフォマティクスに基づく大腸癌の臨床-DNAチップの解析手法と臨床応用"医学のあゆみ. 208. 694-695 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Takemasa, M.Monden et al.: "Identification of expressed genes linked to malignancy of human colorectal carcinoma by parametric clustering of quantitative expression data"GenomeBiology. 4(3). R21 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Takemasa, M.Monden et al.: "A Bayesian missing value estimation method for gene expression profile data"Bioinformatics. 19. 2088-2096 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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