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並列計算機を使った分子動力学と可視化モジュールの融合手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 15607016
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 計算科学
研究機関学習院大学

研究代表者

入澤 寿美  学習院大学, 計算機センター, 教授 (20101587)

研究分担者 横山 悦郎  学習院大学, 計算機センター, 教授 (40212302)
研究期間 (年度) 2003 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,300千円 (直接経費: 3,300千円)
2004年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
2003年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
キーワード結晶成長 / 並列計算機 / 可視化 / 古典分子動力学 / 第一原理分子動力学 / OpenGL / 形状発展 / Open GL / 気相-固相界面
研究概要

計算機を使った計算において、一般に、収束の問題や局所的な極小値に拘束されてしまうことがある。本研究では、それらの問題を解決する方法を提案する。そこでは、可視化モジュールを組み込み、シミュレーションをしている系の振る舞いを画像として計算者に与え、解の物理的意味の確認と意味のない解の排除を行い、計算の効率をあげる。
研究計画の当初は、気相・固相界面における固体最表面での反応において、第一原理に基づく分子動力学計算パッケージに独自の可視化モジュールを組み込み、GaAs表面における水素分子の解離過程やGa原子への吸着過程におけるエネルギー遷移を計算し、実際の実験結果を定量的に説明することを目標とした。その研究成果として、
1.第一原理分子動力学パッケージ(FHI98MD)を、補助金により購入した設備備品である並列計算機を使って実行し、計算の途中過程をネットワークで接続された画像処理用計算機を使って、分散処理的に解を可視化できるようにした。
更に、本研究を進める過程において、可視化モジュールを組み込みことが有効と思われる、次の二つの計算の開発を行い,成果を上げた。
2.三次元物体の形状発展のダイナミクスを計算した。そこでは、表面の移動速度が曲率にのみ依存と仮定し,様々な初期形状から出発した際の形の時間発展について、形状の物理的安定性の確認と非合理な解の排除を、Open GLを使った可視化モジュールを組み込んで,形状を確認しながら計算を行った。その結果、計算速度と並列処理の両面から、計算の効率化を図ることができた。具体的な応用としては,積雪内での氷の変態過程を、可視化しながら計算することができる。
3.レナード・ジョーンズ・ポテンシャルを使った古典分子動力学計算において、温度勾配下で2種類の分子が拡散する様子を、初期状態から定常状態へ遷移する過程を、可視化しながら計算を行えるようにした。具体的には、ソーレ効果の数値実験を試行した。

報告書

(3件)
  • 2004 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2005 2004 2003

すべて 雑誌論文 (25件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Effective distribution coefficients of an ideal solid solution crystal : Monte Carlo simulation2005

    • 著者名/発表者名
      Kiiko Matsumoto
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 276

      ページ: 635-642

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Growth patterns and interfacial kinetic supercooling at ice/water interfaces at which anti-freeze glycoprotein molecules are adsorbed2005

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 275

      ページ: 167-174

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Effective distribution coefficients of an ideal solid solution crystal : Monte Carlo simulation2005

    • 著者名/発表者名
      Kiiko, Matsumoto
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth Vol.276

      ページ: 635-642

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Growth patterns and interfacial kinetic supercooling at ice/water interfaces at which anti-freeze glycoprotein molecules are adsorbed2005

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori, Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth Vol.275

      ページ: 167-174

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Effective distribution coefficients of an ideal solid solution crystal : Monte Carlosimulation2005

    • 著者名/発表者名
      Kiiko Matsumoto
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth 276

      ページ: 635-642

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Growth patterns and interfacial kinetic supercooling at ice/water interfaces at which anti-freeze glycoprotein molecules are adsorbed2005

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Crystal Growth (in press)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Intel P4プロセッサーを用いた結晶成長シミュレータの最適化2004

    • 著者名/発表者名
      入澤 寿美
    • 雑誌名

      学習院大学計算機センター年報 25

      ページ: 104-112

    • NAID

      110004686138

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] MPIを用いた並列処理2004

    • 著者名/発表者名
      入澤 寿美
    • 雑誌名

      学習院大学計算機センター年報 25

      ページ: 113-121

    • NAID

      110004686139

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Visualization of a thermal diffusion field around a single ice crystal growing in supercooled water under a short-term microgravity condition2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application 21

      ページ: 196-201

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Morphological instability on an ice disk2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application 21

      ページ: 217-223

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Optimization for high performance computing in crystal growth problems using the Intel P4 processor2004

    • 著者名/発表者名
      Toshiharu, Irisawa
    • 雑誌名

      Computer Center Report, Gakushuin University(in Japanese) Vol.25

      ページ: 104-112

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Parallel computing using Message Passing Interface (MPI)2004

    • 著者名/発表者名
      Toshiharu, Irisawa
    • 雑誌名

      Computer Center Report, Gakushuin University(in Japanese) Vol.25

      ページ: 113-121

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Visualization of a thermal diffusion field around a single ice crystal growing in supercooled water under a short-term microgravity condition2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori, Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application Vol.21

      ページ: 196-201

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Morphological instability on an ice disk2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori, Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application Vol.21

      ページ: 217-223

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Form and Size of snow crystals2004

    • 著者名/発表者名
      Etsuro, Yokoyama
    • 雑誌名

      Katachi no Kagaku Hyakajiten(in Japanese)(Asakura)

      ページ: 340-342

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Visualization of a thermal diffusion field around a single ice crystal growing in supercooled water under a short-term microgravity condition2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application 21-3

      ページ: 196-201

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Morphological instability on an ice disk2004

    • 著者名/発表者名
      Yoshinori Furukawa
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application 21-3

      ページ: 217-223

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Theoretical Investigation of Arsenic Desorption from GaAs(001) Surfaces under an Atmosphere of Hydrogen2003

    • 著者名/発表者名
      Yuriko Matsuo
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics 42

      ページ: 2578-2581

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 逆余弦関数による干渉じま解析法の提案2003

    • 著者名/発表者名
      岡田 耕一
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌 D-II J86-D-II

      ページ: 1420-1430

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 微小重力を利用した惑星起源物質の形成シミュレーション2003

    • 著者名/発表者名
      小畠秀和
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application 20

      ページ: 137-144

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Theoretical Investigation of Arsenic Desorption from GaAs(001) Surfaces under an Atmosphere of Hydrogen2003

    • 著者名/発表者名
      Yuriko, Matsuo
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics Vol.42

      ページ: 2578-2581

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Interface fringe pattern analysis using inverse cosine function2003

    • 著者名/発表者名
      Koichi, Okada
    • 雑誌名

      The Transactions of the Institute Of Electronics, Information and Communication Engineers D-II(in Japanese) Vol.J86

      ページ: 1420-1430

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] Simulation of the formation process of the early solar system using in-situ observation under microgravity2003

    • 著者名/発表者名
      Hidekazu, Kobatake
    • 雑誌名

      Journal of Japan Society of Microgravity Application(in Japanese with English abstract) Vol.20

      ページ: 137-144

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [雑誌論文] 逆余弦関数による干渉じま解析法の提案2003

    • 著者名/発表者名
      岡田 耕一
    • 雑誌名

      電子情報通信学会論文誌D-II J86-D-II

      ページ: 1420-1430

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 微小重力を利用した惑星起源物質の形成シミュレーション2003

    • 著者名/発表者名
      小畠秀和
    • 雑誌名

      日本マイクログラビティ応用学会誌 20

      ページ: 137-144

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] 形の科学百科辞典,"雪結晶の形と結晶サイズ"(「形の科学百科辞典」編集委員会編)2004

    • 著者名/発表者名
      横山悦郎
    • 総ページ数
      2
    • 出版者
      朝倉書店
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      2004 研究成果報告書概要
  • [図書] 形の科学辞典,"雪結湯の形と結晶サイズ"2004

    • 著者名/発表者名
      横山悦郎
    • 総ページ数
      916
    • 出版者
      朝倉書店(「形の科学辞典」編集委員会編)
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書

URL: 

公開日: 2003-04-01   更新日: 2025-11-20  

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