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マイクロアレイによる大腸菌転写ネットワークの解析

研究課題

研究課題/領域番号 15710143
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 基礎ゲノム科学
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

大島 拓  奈良先端科学技術大学院大学, 遺伝子教育研究センター, 助手 (50346318)

研究期間 (年度) 2003 – 2004
研究課題ステータス 完了 (2004年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,900千円)
2004年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2003年度: 2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
キーワードマイクロアレイ / 転写ネットワーク / 金属ストレス / 細菌 / 大腸菌
研究概要

約20条件の金属ストレス条件におけるマイクロアレイデータおよび約100の転写因子欠損株のデータ、さらに既に報告されている文献データのマイクロアレイデータを元に、解析を行った。その結果、多くの金属ストレスの初期応答において重要な役割を担う転写レギュロンがrpoEレギュロンとiscRおよびmarAレギュロンである可能性が強く示唆された。marAに関してはすでにマイクロアレイ解析がなされており、その報告を元にさらに解析を行った。rpoEレギュロンに関しては、山口大学 山田守先生との共同研究を行い、RpoE過剰生産プラスミドを用いたマイクロアレイ解析をさらに行った。その結果、確かに複数の金属輸送を含む膜輸送系遺伝子の発現が変化することが判明した。さらにiscRおよびmarA欠損株およびiscR-lacZ, marA-lacZ融合遺伝子を有する株を作成し、嫌気および好気条件における金属添加による両遺伝子の発現変化および金属感受性を確認した。その結果、2つの遺伝子の発現は強く金属添加時に依存し、それぞれの転写レギュロンが、金属ストレス応答に重要な意義を有する可能性が強く示唆された。これらの遺伝子のホモログであるSoxRとRpoEが強い関連を持ち酸化ストレス応答を行うことから、金属ストレス応答に対するこれらの遺伝子群の応答は重要なものである可能性が高い。したがって、金属ストレスを受けた直後には細菌はSoxR, IscR, MarAといった極めて酷似した転写制御因子とRpoEがそれぞれの転写制御をすることにより速やかにストレスに応答し、それでも対応が不十分な場合には、さらに個別のストレス応答を行う転写制御システムを有することが強く示唆された。今後、本解析により得られた金属ストレス応答レギュロンの情報を利用して金属ストレスの初期応答に関する転写ネットワークの詳細な解析を行う予定である。

報告書

(2件)
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (3件) 文献書誌 (2件)

  • [雑誌論文] Functional characterization in vitro of all two-component signal transduction systems from Escherichia coli.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto K
    • 雑誌名

      J Biol Chem 280

      ページ: 1448-1456

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Effects of mutations in the rpoS gene on cell viability and global gene expression under nitrogen starvation in Escherichia coli.2004

    • 著者名/発表者名
      Kabir MS
    • 雑誌名

      Microbiology. 150

      ページ: 2543-2553

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Extracting relations between promoter sequences and their strengths from microarray data.

    • 著者名/発表者名
      Kiryu H
    • 雑誌名

      Bioinformatics. (印刷中)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [文献書誌] Anifuzzaman M: "The ATPase domain of HscC (DnaK homolog) is essential for interfering sigma70 activity in E. coli."FEMS Microbiol Lett. 230. 99-104 (2004)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書
  • [文献書誌] Eguchi Y: "Transcriptional regulation of drug efflux genes by EvgAS, a two-component system in Escherichia coli."Microbiology. 149. 2819-2828 (2003)

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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