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線虫新規低分子非翻訳RNA分子種の同定と発現解析

研究課題

研究課題/領域番号 15770104
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 分子生物学
研究機関弘前大学

研究代表者

牛田 千里  弘前大学, 農学生命科学部, 助教授 (50250593)

研究期間 (年度) 2003 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
2005年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2004年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2003年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
キーワードncRNA / 非翻訳RNA / H / ACA snoRNA / C / D snoRNA / 核小体 / in situ hybridization / 線虫 / RNA遺伝子 / 低分子RNA / D snoRNAゲノム / イントロン / 二次元電気泳動 / 発現制御 / snoRNA / RNomics
研究概要

1.本年度は,7種類の線虫新規ncRNA(CeR-2,CeR-4,CeR-5,CeR-6,CeR-7,CeR-8 RNA)について,L1-L4の幼虫期および成虫期での発現様式をin situハイブリダイゼーション法により調べた。この結果,いずれも幼虫期以降すべての時期に,ほとんどすべての細胞で発現しており,核小体に局在することを明らかにした。CeR-6,CeR-7 RNAについては,昨年度報告したCeR-9 RNAと同様,配列からH/ACA snoRNAであることが予想されていたので,期待通りの結果だった。CeR-4 RNAとCeR-8 RNAについては,H/ACA型の構造を呈するRNAと予想されたので,核小体への局在はこの予想を裏付ける結果といえる。既知RNAとの類似性が配列状は認められなかったCeR-2 RNAやCeR-5 RNAについても核小体に局在することが明らかになった点は,これらのRNAの機能解析に進む上での貴重な情報となった。CeR-2 RNAについてはさらに胚発生の段階での発現,局在についても調べ,かなり初期から核小体に存在することがわかった。
2.ゲルシフトアッセイにより,CeR-2 RNAコード領域上流に存在する保存配列に結合する因子の存在を示唆するデータを得た。
3.RT-PCRにより,ゲノム上でCeR-9 RNA遺伝子が重なって存在するWO8G11.3遺伝子が少なくともL1から成虫に至るまで発現していることを示すデータを得た。CeR-9 RNA,WO8G11.3のmRNAとも幼虫期以降の全発生ステージで発現していることを示している。
4.線虫から新たに同定した50nt以下のncRNA候補について論文にまとめた。
5.新たに同定した50nt以下のncRNA候補の単離についての成果やCeR-2 RNAの発現に関する成果を国内外の学会で発表した。

報告書

(3件)
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 2003 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (3件) 産業財産権 (1件) 文献書誌 (1件)

  • [雑誌論文] Twelve novel C.elegans RNA candidates isolated by two-dimensional polyacylamide gel electrophoresis.2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Hokii, A.Kubo, T.Ogasawara, Y.Nogi, A.Taneda, R.Arai, A.Muto, C.Ushida
    • 雑誌名

      Gene 356

      ページ: 83-87

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Isolation of eight novel Caenorhabditis elegans small RNAs2004

    • 著者名/発表者名
      M.Wachi, T.Ogawa, K.Yokoyama, Y.Hokii, M.Shimoyama, A.Muto, C.Ushida
    • 雑誌名

      Gene 335

      ページ: 47-56

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] 線虫の非翻訳RNA2004

    • 著者名/発表者名
      牛田 千里
    • 雑誌名

      細胞工学 23巻10号

      ページ: 1186-1192

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [産業財産権] 低分子RNAの分析方法2005

    • 発明者名
      牛田 千里
    • 権利者名
      弘前大学学長
    • 出願年月日
      2005-01-07
    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [文献書誌] M.Wachi, T.Ogawa, K.Yokoyama, Y.Hokii, M.Shimoyama, A.Muto, C.Ushida: "Isolation of eight novel Caenorhabditis elegans small RNAs."GENE. 印刷中.

    • 関連する報告書
      2003 実績報告書

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公開日: 2003-04-01   更新日: 2016-04-21  

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