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予測医学の実現に向けたオミックスデータに基づく統計学的方法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 15H02671
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 統計科学
研究機関帝京大学

研究代表者

松浦 正明  帝京大学, 大学院公衆衛生学研究科, 教授 (40173794)

研究分担者 江口 真透  統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
安藤 宗司  東京理科大学, 工学部情報工学科, 助教 (40803226)
牛嶋 大  公益財団法人がん研究会, 有明病院 臨床研究・開発センター, 研究員 (60328565)
小森 理  成蹊大学, 理工学部, 准教授 (60586379)
松井 茂之  名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (80305854)
連携研究者 梶原 茂樹  株式会社島津製作所, 基盤技術研究所, 主任研究員 (10395246)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
16,900千円 (直接経費: 13,000千円、間接経費: 3,900千円)
2018年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2017年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2016年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2015年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
キーワード統計 / オミックスデータ / バイオマーカー / データ解析 / 不均一性 / 統計学 / オミクスデータ / ビッグデータ
研究成果の概要

本研究ではデータの類似性を基にして教師なしクラスタを検出する新規アルゴリズムを開発した。このアルゴリズムを搭載したシステムを2016年に特許出願(日本)を行い、また改良特許を2017年に出願した。さらに2017年には米国および中国に対して海外特許申請を行った。
上記内容およびアルゴリズムが適用可能かどうかを判定する手法について、国内では2017年および2018年の疫学会で、海外では国際計量生物学会(バルセロナ)にて発表を行った。このアルゴリズムをさらに高精度化するために、新規課題も含めて研究申請を行うことができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で開発したアルゴリズムは、現在個別化医療で注目されているオミックスデータの観測値の類似性によりデータを結び付けていき、教師なし手法でクラスタを検出していくアルゴリズムを搭載している。最近のがん研究では、サブタイプの発見によるがんの不均一性を診断し治療方法の選択がされている。本解析法では、未知のサブタイプを探索するために教師無し法を採用しているため、オミックスデータなどを取得した患者に対して、重要なオミックスのバイオマーカーを探索しつつ、患者の分類を行うため、新規のサブタイプを発見できる可能性を持ち、今後の個別化医療に資する方法論の提供に成功した。

報告書

(5件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2018 2017 2016 2015

すべて 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件) 図書 (1件) 産業財産権 (2件) (うち外国 1件)

  • [学会発表] A new core cluster detection analysis method for big data2018

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Matsuura, Shigeki Kajihara, Yuichiro Fujita
    • 学会等名
      International Biometric Society 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 個別化医療における疾患サブタイプ判別のための判別基準2018

    • 著者名/発表者名
      松浦正明、梶原茂樹、藤田雄一郎
    • 学会等名
      第28回日本疫学会学術総会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 個別化医療実現のための疾患サブタイプ判別アルゴリズム2017

    • 著者名/発表者名
      松浦正明、梶原茂樹、藤田雄一郎
    • 学会等名
      日本疫学会
    • 発表場所
      ベラクラシック甲府
    • 年月日
      2017-01-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Development of Lasso clustering method with application to basal-like breast cancer microarray data.2016

    • 著者名/発表者名
      Ushijima M, Miyaguchi K, Mori S, Miki Y, Matsuura M
    • 学会等名
      AACR-JCA 10th joint conference
    • 発表場所
      Hawaii (USA)
    • 年月日
      2016-02-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Statistical prediction of asbestos-related lung cancer among lung cancer patients based on microRNA profiles.2016

    • 著者名/発表者名
      Yasen Y, Matsuura M, Ushijima M, Nagano H, Obulhasim G, Ninomiya H, Motoi N, Hiroshima K, Kishimoto T, Takeshima Y, Ishikawa Y.
    • 学会等名
      AACR-JCA 10th joint conference
    • 発表場所
      Hawaii (USA)
    • 年月日
      2016-02-16
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Lasso クラスタリング法の開発とbasal-like 乳がんマイクロアレイデータへの応用.2015

    • 著者名/発表者名
      牛嶋大, 宮口健, 森誠一, 三木義男, 松浦正明
    • 学会等名
      第74回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2015-10-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 乳がん患者のタキサン系抗がん剤による術前化学療法の応答性予測2015

    • 著者名/発表者名
      宮口健, 井元清哉, 牛嶋大, 松浦正明, 玉田嘉紀, 山口類, 宮野悟, 三木義男.
    • 学会等名
      第74回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場
    • 年月日
      2015-10-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] マイクロアレイ遺伝子発現解析,プロテオーム解析 新版医学統計学ハンドブック 丹後俊郎、松井茂之編集2018

    • 著者名/発表者名
      松浦正明、牛嶋大
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      朝倉書店
    • ISBN
      9784254122299
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [産業財産権] ビッグデータ解析方法及び該解析方法を利用した質量分析システム2017

    • 発明者名
      松浦正明、梶原茂樹、藤田雄一郎
    • 権利者名
      松浦正明、梶原茂樹、藤田雄一郎
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2017-088365
    • 出願年月日
      2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 外国
  • [産業財産権] ビッグデータ解析方法及び該解析方法を利用した質量分析システム2016

    • 発明者名
      松浦正明、梶原茂樹、藤田雄一郎
    • 権利者名
      松浦正明、梶原茂樹、藤田雄一郎
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2016-115295
    • 出願年月日
      2016-06-09
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2020-03-30  

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