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生命科学の計測・観察データ相互利用のための情報技術の高度化

研究課題

研究課題/領域番号 15H02755
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 知能情報学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

桝屋 啓志  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, ユニットリーダー (40321814)

研究分担者 古崎 晃司  大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (00362624)
溝口 理一郎  北陸先端科学技術大学院大学, サービスサイエンス研究センター, 特任教授 (20116106)
連携研究者 大浪 修一  国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, チームリーダー (50348843)
真下 知士  大阪大学, 大学院医学系研究科附属動物実験施設, 准教授 (80397554)
高田 豊行  国立遺伝学研究所, 哺乳動物遺伝研究室, 助教 (20356257)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
16,120千円 (直接経費: 12,400千円、間接経費: 3,720千円)
2017年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2016年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2015年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
キーワード情報統合 / オントロジー / 相互利用 / 分野横断 / オープンデータ / 大規模データ / 視点転換 / ロール概念 / 表現型 / 計測データ / 知識の相互利用 / 生命科学データ / 科学データ / 生命科学 / 知識モデル / 知識抽出
研究成果の概要

本研究では, コンテキスト依存性の記述や視点転換に対応しうるデータ構造に基づく大規模データを効率的に作成, 編集, メンテナンスを効率的に行う目的で、オントロジーに基づいて構造化されたデータを表インターフェースで取り扱うデータ編集支援ツールを実現した。今後,オープンデータの大規模化・多様化が進み、多種多様なデータを用いた知識抽出のニーズが高まると考えられるが、本ツールは、異なる視点で作成されたデータを統合し、知識の相互利用をさらに推進するためにのツールの一つとなると期待される。

報告書

(4件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (60件)

すべて 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 5件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (46件) (うち国際学会 16件、 招待講演 9件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] European Bioinformatics Institute/Medical Research Council/Wellcome Trust Sanger Institute(英国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [国際共同研究] Jackson Laboratory/University of California/Baylor College of Medicine(米国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [国際共同研究] Helmholtz Zentrum München(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [国際共同研究] Institut Clinique de la Souris(フランス)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification of genetic elements in metabolism by high-throughput mouse phenotyping2018

    • 著者名/発表者名
      Rozman J. et al.
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 9 号: 1 ページ: 288-288

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01995-2

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A large scale hearing loss screen reveals an extensive unexplored genetic landscape for auditory dysfunction2017

    • 著者名/発表者名
      Bowl Michael R.et al.
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 8 号: 1 ページ: 886-886

    • DOI

      10.1038/s41467-017-00595-4

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Prevalence of sexual dimorphism in mammalian phenotypic traits2017

    • 著者名/発表者名
      Karp Natasha A. et al.
    • 雑誌名

      Nat Commun.

      巻: 8 号: 1 ページ: 15475-15475

    • DOI

      10.1038/ncomms15475

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] RIKEN MetaDatabase: A Database Platform as a Microcosm of Linked Open Data Cloud in the Life Sciences2016

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Norio、Lenz Kai、Masuya Hiroshi
    • 雑誌名

      Semantic Technology:JIST2016

      巻: 10055 ページ: 99-115

    • DOI

      10.1007/978-3-319-50112-3_8

    • ISBN
      9783319501116, 9783319501123
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Semantic Data Acquisition by Traversing Class?Class Relationships Over Linked Open Data2016

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Atsuko、Kozaki Kouji、Lenz Kai、Yamamoto Yasunori、Masuya Hiroshi、Kobayashi Norio
    • 雑誌名

      Semantic Technology:JIST2016

      巻: 10055 ページ: 136-151

    • DOI

      10.1007/978-3-319-50112-3_11

    • ISBN
      9783319501116, 9783319501123
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Principles and application of LIMS in mouse clinics2015

    • 著者名/発表者名
      Maier H 他29名
    • 雑誌名

      Mammalian Genome

      巻: 26 号: 9-10 ページ: 467-481

    • DOI

      10.1007/s00335-015-9586-7

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Applying the ARRIVE Guidelines to an In Vivo Database.2015

    • 著者名/発表者名
      Karp NA 他29名
    • 雑誌名

      PLoS Biology

      巻: 13 号: 5 ページ: e1002151-e1002151

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.1002151

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 実験動物の表現型と疾患との関連性を示すデータベース2017

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、 高月照江、 谷川紀子、 高山英紀、 佐藤道比古、 田中信彦
    • 学会等名
      第64回日本実験動物学会総会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] モデル生物表現型データポータルサイト J-phenome における情報統合の現状2017

    • 著者名/発表者名
      高月照江、 高山英紀、 佐藤道比古、 谷川紀子、 高田豊行、 庫本高志、 成瀬清、 若菜茂晴、 田中信彦、 桝屋啓志
    • 学会等名
      第64回日本実験動物学会総会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] モデル生物表現型の統合データベース J-Phenome2017

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、 高月照江、 高山英紀、 佐藤道比古、 谷川紀子、 田中信彦
    • 学会等名
      第30回モロシヌス研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Morphomics Analysis in Rat Brain Tissues Using Scanning Electron Microscopy and Development of Metadatabase for The Microstructure Imaging Data /走査型電子顕微鏡を用いたラット脳組織の網羅的微細構造解析、 および脳組織画像メタデータベースの構築2017

    • 著者名/発表者名
      Kume S、 Maeda M、 Eguchi A、 Kobayashi N、 Masuya H、 Yamato M、 Tamura Y、 Takata K、 Suga M、 Kataoka Y
    • 学会等名
      第40回日本神経科学大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Integration of mouse phenotype data2017

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      2017 AMMRA & AMPC Meeting
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RDF-based integration of phenotype data of experimental animals in Japan2017

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      NIX-odML Global Workshop & Hackathon 2017 in Japan
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] モデル生物表現型の統合データベース J-Phenome2017

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、 高月照江、 高山英紀、 佐藤道比古、 谷川紀子、 野村麻美、 田中信彦、 小林紀郎
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] LOD上の情報をクラス間関係で切り取る基盤技術開発2017

    • 著者名/発表者名
      山口敦子、 小林紀郎、 山本泰智、 桝屋啓志、 古崎晃司
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 理研メタデータベース:分野を超えたデータ駆動型研究を支えるメタデータ利活用基盤2017

    • 著者名/発表者名
      小林紀郎、 久米慧嗣、 桝屋啓志
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 生命科学系超微細構造画像データを運用する統合メタデータベースの構築2017

    • 著者名/発表者名
      久米慧嗣、 桝屋啓志、 片岡洋祐、 小林紀郎
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 表現型データ統合データベースJ-Phenomeにおける計測メタデータの整理統合2017

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] マウス表現型間の関係性の全景2017

    • 著者名/発表者名
      田中信彦、 桝屋啓志
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 国内発表現型情報の統合と利活用向上を目指すJ-Phenomeプロジェクト2017

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第10回NBRPデータベース研究会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RDF based integration of biological phenotype data produced in Japan2017

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      International Symposium on Designing Semantics
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生物表現型ビッグデータの形成に向けて:セマンティックWeb技術を用いた表現型データの統合2016

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、小林紀郎
    • 学会等名
      第2回理化学研究所・産業技術総合研究所 共同シンポジウム
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-02-02
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Data integration of phenotype data of disease model animals using Resource2016

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      IMPC-INFRAFRONTIER Strasburg meeting
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Data integration of phenotype data of disease model animals using Resource Description Framework2016

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      2016 AMMRA&AMPC Meeting
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RIKEN MetaDatabase: a life-science database integration and publication platform based on the Semantic Web2016

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi N、 Yamaguchi Y、 Masuya H
    • 学会等名
      4th INCF Japan Node International Workshop and 14th INCF Nodes Workshop
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 実験動物の利用拡大に向けたデータベース構築2016

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、高月照江、斎藤実香子、高山英紀、大島和也、田中信彦、戀津魁、小林紀郎
    • 学会等名
      第63回日本実験動物学会総会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 理研BRC 日本マウスクリニック: コミュテーへの貢献とIMPCの進捗2016

    • 著者名/発表者名
      小林喜美男、鈴木智広、金田秀貴、田村勝、三浦 郁生、古瀬民生、山田郁子、綾部信哉、吉木淳、田中信彦、桝屋啓志、小幡裕一、若菜茂晴
    • 学会等名
      第63回日本実験動物学会総会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 実験動物の利用拡大に向けたデータベース構築2016

    • 著者名/発表者名
      高月照江、斎藤実香子、高田豊行、庫本高志、成瀬清、若菜茂晴、田中信彦、桝屋啓志
    • 学会等名
      第63回日本実験動物学会総会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 新規Col2a1変異マウスを用いたトーランス型扁平椎異形成症の病態機序の検討2016

    • 著者名/発表者名
      木村允、市村鋭、桝屋啓志、鈴木智広、若菜茂晴、古市達哉
    • 学会等名
      第63回日本実験動物学会総会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] RDF技術を用いた疾患モデル動物の表現型データの統合と利用拡大2016

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、高月照江、斎藤実香子、高山英紀、大島和也、田中信彦、戀津魁、小林紀郎
    • 学会等名
      2016年度 人工知能学会全国大会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] J-phenome: a portal of Japanese phenotype data2016

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      BioHackathon 2016 Symposium
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 表現型データ共有のためのデータベースポータル:J-phenome2016

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、高月照江、斎藤実香子、高山英紀、大島和也、田中信彦
    • 学会等名
      日本遺伝学会第88回大会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] A portal of biological phenotype data of experimental animals produced in Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      The 8th ANRRC International Meeting
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生物表現型のRDFデータ作成とそのメリット2016

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第5回生命医薬情報学連合大会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 理研メタデータベースの運用とデータ統合の実際2016

    • 著者名/発表者名
      戀津魁、桝屋啓志、小林紀郎
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2016
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 信頼性が確保されたSPARQLエンドポイントでのクエリ生成支援2016

    • 著者名/発表者名
      山口敦子、山本泰智、古崎晃司、戀津魁、桝屋啓志、小林紀郎
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2016
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] RDFを利用して実験動物の表現型と疾患との関連性を示すシステム2016

    • 著者名/発表者名
      熊谷禎洋、高月照江、斎藤実香子、高山英紀、桝屋啓志
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2016
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 生物種横断的な表現型データポータルサイトJ-phenomeについて2016

    • 著者名/発表者名
      高月照江、斎藤実香子、高山英紀、大島和也、田中信彦、熊谷禎洋、桝屋啓志
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2016
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 生物の表現型が研究コミュニティをつなぐ2016

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      トーゴーの日シンポジウム2016
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] RIKEN MetaDatabase: a database publication platform for RIKENs life-science researchers that promotes research collaborations over different research area2016

    • 著者名/発表者名
      Lenz K、 Masuya H、 Kobayashi N
    • 学会等名
      The 15th International Semantic Web Conference (ISWC2016)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development of an ontology for an integrated image analysis platform to enable global sharing of microscopy imaging data2016

    • 著者名/発表者名
      Kume S、 Masuya H、 Kataoka Y、 Kobayashi N
    • 学会等名
      The 15th International Semantic Web Conference (ISWC2016)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Data acquisition by traversing Class-Class relationships over the linked open data2016

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi A、 Kozaki K、 Lenz K、 Yamamoto Y、 Masuya H、 Kobayashi N
    • 学会等名
      The 15th International Semantic Web Conference (ISWC2016)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A RDF-Based portal of biological phenotype data created in Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Takatsuki T、 Saito M、 Kumagai S、 Takayama E、 Ohshima K、 Ohshiro N、 Lenz K、 Tanaka N、 Kobayashi N、 Masuya H
    • 学会等名
      The 15th International Semantic Web Conference (ISWC2016)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RIKEN MetaDatabase: a database platform as a microcosm of linked open data cloud in the life sciences2016

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi N、 Lenz K and Masuya H
    • 学会等名
      Joint International Semantic Technology Conference 2016 (JIST 2016)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Semantic Data Acquisition by Traversing Class-Class Relationships over the Linked Open Data2016

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi A、 Kozaki K、 Lenz K、 Yamamoto Y、 Masuya H and Kobayashi N
    • 学会等名
      Joint International Semantic Technology Conference 2016 (JIST 2016)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] RDF-Based data sharing of phenotype data of experimental animals produced from Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Masuya H
    • 学会等名
      The 4th International Conference on Rare and Undiagnosed Diseases
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生物種横断的な表現型データポータルサイトJ-phenomeについて2016

    • 著者名/発表者名
      高月照江、斎藤実香子、髙山英紀、大島和也、田中信彦、熊谷禎洋、桝屋啓志
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 網羅的マウス表現型データのアソシエーション分析による表現形質間の関係性の提示と予測2016

    • 著者名/発表者名
      田中信彦、桝屋啓志
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] RDF-based data sharing of bio-resource related information2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya, Terue Takatsuki, Mikako Saito, Eiki Takayama, Kazuya Ohshima, Nozomu Ohshiro, Kai Lenz, Nobuhiko Tanaka, Hiroshi Mori, Shuichi Kawashima and Norio Kobayashi
    • 学会等名
      SWAT4LS International Conference
    • 発表場所
      Cambridge, United Kingdom
    • 年月日
      2015-12-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 表現型情報統合データベースのためのデータ作成2015

    • 著者名/発表者名
      高月 照江、齋藤 実香子、大島 和也、高山 英紀、金子 裕代、成瀬 清、若菜 茂晴、田中 信彦、桝屋 啓志
    • 学会等名
      第38回分子生物学会年会・第88回生化学会大会合同大会(BMB2015: Biochemistry and Molecular Biology 2015)
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-03
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] セマンティックWeb技術を用いたバイオリソースデータの標準化と整備2015

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第1回理化学研究所・産業技術総合研究所 共同シンポジウム
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(東京都江東区)
    • 年月日
      2015-06-29
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 生物種を超えた表現型情報統合のためのデータ作成2015

    • 著者名/発表者名
      高月照江、矢田有加里、斎藤実香子、高田豊行、真下知士、成瀬清、若菜茂晴、田中信彦、桝屋啓志
    • 学会等名
      第62回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      京都テルサ(京都府京都市)
    • 年月日
      2015-06-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 生物表現型情報と、疾患情報をつなげるデータベース2015

    • 著者名/発表者名
      桝屋 啓志、高山 英起、古崎 晃司、今井 健、大江 和彦、溝口 理一郎
    • 学会等名
      2015年度人工知能学会全国大会(第29回)
    • 発表場所
      公立はこだて未来大学(北海道函館市)
    • 年月日
      2015-05-30
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] 人工知能学大辞典2017

    • 著者名/発表者名
      人工知能学会編
    • 総ページ数
      1600
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      9784320124202
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [図書] マウス表現型解析スタンダード2016

    • 著者名/発表者名
      伊川 正人、若菜 茂晴、高橋 智
    • 総ページ数
      347
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758101981
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] マウス・ラット表現型・疾患関連データベース

    • URL

      http://phenomodel.riken.jp

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2022-08-26  

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