| 研究課題/領域番号 |
15H02775
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(B)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
|
|---|
| 研究機関 | 東京大学 |
|---|
研究代表者 |
井元 清哉 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10345027)
|
|---|
| 研究分担者 |
水野 晋一 九州大学, 先端医療イノベーションセンター, 特任准教授 (40569430)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
|
| 配分額 *注記 |
15,340千円 (直接経費: 11,800千円、間接経費: 3,540千円)
2017年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2016年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2015年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
|
|---|
| キーワード | ベイズモデル / HLA遺伝子型 / がんゲノム / マルコフ連鎖モンテカルロ / 免疫ゲノム / 階層ベイズモデル / HLA / シークエンスデータ |
|---|
| 研究成果の概要 |
HLA遺伝子型の決定は、低いdepthが原因となりWGSからは十分な精度が得られていない。我々は、ALPHLARDと名付けたHLA型決定のためのベイズモデルを構築した。この方法は、HLAをコードする各遺伝子においてHLA型の組み合わせを6桁の解像度で決定する事が出来る。また、ALPHLARDは、データベースに登録のない新規HLA型の発見や、がん細胞のHLA遺伝子に生じた体細胞変異も同定出来る。我々は、253WES、および25WGSを用い、前者98.8%、後者98.5%の精度でHLA型を決定できることを示した。また、2,834のがんのWGSを解析し、HLA遺伝子の体細胞変異を解析した。
|
