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遺伝子座特異的ChIP法によるゲノム領域間相互作用の同定とその意義の解明

研究課題

研究課題/領域番号 15H04329
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 分子生物学
研究機関大阪大学

研究代表者

藤井 穂高  大阪大学, 微生物病研究所, 招へい教授 (30302665)

研究分担者 藤田 敏次  大阪大学, 微生物病研究所, 招へい准教授 (10550030)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
12,090千円 (直接経費: 9,300千円、間接経費: 2,790千円)
2017年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2016年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2015年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
キーワードクロマチン / エピジェネティクス / ゲノム生化学 / enChIP / iChIP / 核内三次元構造 / ゲノム領域間相互作用 / 次世代シークエンス法
研究成果の概要

遺伝子座特異的ChIP法を用いて、βグロビン遺伝子座5'HS5領域と恒常的あるいはNaBによる分化誘導に伴って相互作用する多数のゲノム領域を同定した。分化誘導に伴って5'HS5領域と相互作用するあるゲノム領域近傍遺伝子群は、分化誘導に伴って発現が誘導されていた。このことから、分化誘導に伴う5'HS5領域との相互作用が、協調的な遺伝子発現誘導に関与していることが示唆された。また、インターフェロン誘導性遺伝子群の核内における動的制御機構の解析の一環として、異なる種由来のdCas9及びタグを使用したenChIP系を開発し、これら系を用いたenChIPの効率が、実用上十分に高いことを示した。

報告書

(4件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (40件)

すべて 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (9件) 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 13件、 謝辞記載あり 8件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 5件、 招待講演 3件) 図書 (3件) 備考 (3件) 産業財産権 (2件) (うち外国 1件)

  • [国際共同研究] Shaare Zedek Medical Center(イスラエル)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Postech(韓国)

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      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Lund University(スウェーデン)

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      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] Lund University(スウェーデン)

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      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] University of Alabama at Birmingham/University of California San Diego(米国)

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      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] Shaare Zedek Medical Center/Technion, Israel Institute of Technology(イスラエル)

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      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] l'institut du thorax/Lab Genome et Developpement des Plantes(フランス)

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      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] Institute for Basic Science(韓国)

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      2016 実績報告書
  • [国際共同研究]

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      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] Transgenic mouse lines expressing the 3xFLAG-dCas9 protein for enChIP analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Fujita Toshitsugu、Kitaura Fusako、Oji Asami、Tanigawa Naoki、Yuno Miyuki、Ikawa Masahito、Taniuchi Ichiro、Fujii Hodaka
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 23 号: 4 ページ: 318-325

    • DOI

      10.1111/gtc.12573

    • NAID

      120006957429

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] enChIP systems using different CRISPR orthologues and epitope tags2018

    • 著者名/発表者名
      Fujita Toshitsugu、Yuno Miyuki、Fujii Hodaka
    • 雑誌名

      BMC Research Notes

      巻: 11 号: 1 ページ: 154-154

    • DOI

      10.1186/s13104-018-3262-4

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Promoter-associated proteins of EPAS1 identified by enChIP-MS ? A putative role of HDX as a negative regulator2018

    • 著者名/発表者名
      Hamidian Arash、Vaapil Marica、von Stedingk Kristoffer、Fujita Toshitsugu、Persson Camilla U.、Eriksson Pontus、Veerla Srinivas、De Preter Katleen、Speleman Frank、Fujii Hodaka、P?hlman Sven、Mohlin Sofie
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 499 号: 2 ページ: 291-298

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.03.150

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Locus-specific ChIP combined with NGS analysis reveals genomic regulatory regions that physically interact with the Pax5 promoter in a chicken B cell line2017

    • 著者名/発表者名
      Fujita Toshitsugu、Kitaura Fusako、Yuno Miyuki、Suzuki Yutaka、Sugano Sumio、Fujii Hodaka
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 24 号: 5 ページ: 537-548

    • DOI

      10.1093/dnares/dsx023

    • NAID

      120006583339

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] in vitro engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (in vitro enChIP) using CRISPR ribonucleoproteins in combination with next-generation sequencing (in vitro enChIP-Seq) for the identification of chromosomal interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Fujita Toshitsugu、Fujii Hodaka
    • 雑誌名

      Bio-protocol

      巻: 7 号: 22 ページ: 1-12

    • DOI

      10.21769/bioprotoc.2612

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of physical interactions between genomic regions by enChIP-Seq2017

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Yuno M, Suzuki Y, Sugano S, Fujii H
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Allele-specific locus binding and genome editing by CRISPR at the p16INK4a locus2016

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Yuno M, Fujii H
    • 雑誌名

      Sci Rep

      巻: 6 号: 1 ページ: 30485-30485

    • DOI

      10.1038/srep30485

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Biochemical Analysis of Genome Functions Using Locus-Specific Chromatin Immunoprecipitation Technologies.2016

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Fujii H.
    • 雑誌名

      Gene Regul Syst Bio

      巻: 10 ページ: 1-9

    • DOI

      10.4137/grsb.s32520

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Efficient sequence-specific isolation of DNA fragments and chromatin by in vitro enChIP technology using recombinant CRISPR ribonucleoproteins.2016

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Yuno M, Fujii H.
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 21 号: 4 ページ: 370-377

    • DOI

      10.1111/gtc.12341

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Isolation of Specific Genomic Regions and Identification of Associated Molecules by enChIP.2016

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Fujii H.
    • 雑誌名

      J Vis Exp

      巻: 107 号: 107

    • DOI

      10.3791/53478

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Identification of Non-Coding RNAs Associated with Telomeres Using a Combination of enChIP and RNA Sequencing2015

    • 著者名/発表者名
      Toshitsugu Fujita, Miyuki Yuno, Daisuke Okuzaki, Rieko Ohki, Hodaka Fujii
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 10 号: 4 ページ: e0123387-e0123387

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0123387

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Isolation of Specific Genomic Regions and Identification of Their Associated Molecules by Engineered DNA-Binding Molecule-Mediated Chromatin Immunoprecipitation (enChIP) Using the CRISPR System and TAL Proteins.2015

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Fujii H.
    • 雑誌名

      Int J Mol Sci

      巻: 16 号: 9 ページ: 21802-21812

    • DOI

      10.3390/ijms160921802

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Applications of Engineered DNA-Binding Molecules Such as TAL Proteins and the CRISPR/Cas System in Biology Research.2015

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Fujii H.
    • 雑誌名

      Int J Mol Sci

      巻: 16 号: 10 ページ: 23143-23164

    • DOI

      10.3390/ijms161023143

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Biochemical analysis of 4D-Nucleome using locus-specific chromatin immunoprecipitation (locus-specific ChIP)2017

    • 著者名/発表者名
      Hodaka Fujii
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会年会/2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] p16INK4a遺伝子座を標的としたCRISPRによるアレル特異的なゲノム結合およびゲノム編集2016

    • 著者名/発表者名
      藤田敏次、藤井穂高
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、神奈川県
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Development of enChIP and its applications to locus-specific biochemical analysis of genome functions2016

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Fujii H
    • 学会等名
      12th EMBL Conference Transcription and Chromatin
    • 発表場所
      EMBL Advanced Training Centre, Heidelberg, Germany
    • 年月日
      2016-08-27
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] エピジェネティック制御機構の生化学的解析に向けたin vitro enChIP法の開発2016

    • 著者名/発表者名
      藤田敏次、藤井穂高
    • 学会等名
      第10回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      千里ライフサイエンスセンター、大阪府
    • 年月日
      2016-05-19
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子座特異的クロマチン免疫沈降法によるゲノム機能発現機構の解析:核内三次元構造解析への応用を中心として2016

    • 著者名/発表者名
      藤田 敏次、藤井 穂高
    • 学会等名
      第33回染色体ワークショップ・第14回核ダイナミクス研究会
    • 発表場所
      松島一の坊
    • 年月日
      2016-01-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Biochemical analysis of genome functions using locus-specific chromatin immunoprecipitation technologies: iChIP and enChIP2016

    • 著者名/発表者名
      Fujii H
    • 学会等名
      The International Conference on Transcription Cycle International 2016
    • 発表場所
      東京大学理学部小柴ホール、東京都
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 組換え蛋白質を利用したin vitro遺伝子座特異的クロマチン免疫沈降法による転写・エピジェネティック制御機構の解析2015

    • 著者名/発表者名
      藤井 穂高
    • 学会等名
      BMB2015(第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会 合同大会)
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Locus-specific biochemical analysis of genome functions using enChIP: an application of CRISPR/Cas and TAL to purification of specific genomic regions2015

    • 著者名/発表者名
      Fujii H
    • 学会等名
      TGE2015 Conference on Transposition and Genome Engineering 2015
    • 発表場所
      奈良春日野国際フォーラム
    • 年月日
      2015-11-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Locus-specific biochemical analysis of genome functions using enChIP: an application of CRISPR/Cas to purification of specific genomic regions2015

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, and Fujii H
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor meeting: Genome Engineering: The CRISPR/Cas Revolution
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, USA
    • 年月日
      2015-09-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Locus-specific biochemical analysis of genome functions using enChIP: an application of CRISPR/Cas and TAL to purification of specific genomic regions2015

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, and Fujii H
    • 学会等名
      FASEB Science Research Conference "Transcription, Chromatin, and Epigenetics"
    • 発表場所
      West Palm Beach Marriott, Palm Beach, USA
    • 年月日
      2015-06-28
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] Handbook of epigenetics : the new molecular and medical genetics2017

    • 著者名/発表者名
      Tollefsbol, Trygve O.
    • 総ページ数
      668
    • 出版者
      Academic Press, an imprint of Elsevier
    • ISBN
      9780128053881
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [図書] Handbook of Epigenetics 2nd edition2017

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Fujii H
    • 出版者
      Elsevier
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] Chromatin Protocols2015

    • 著者名/発表者名
      Fujita T, Fujii H
    • 総ページ数
      492
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] 弘前大学大学院医学研究科/医学部医学科 ゲノム生化学講座 web ページ

    • URL

      http://www.med.hirosaki-u.ac.jp/~bgb/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] 藤井研究室ホームページ(大阪大学)

    • URL

      http://www.biken.osaka-u.ac.jp/lab/microimm/fujii/index.html

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [備考] 藤井研究室ホームページ

    • URL

      http://www.biken.osaka-u.ac.jp/lab/microimm/fujii/index.html

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [産業財産権] DNA間相互作用の解析方法2016

    • 発明者名
      藤井 穂高、藤田 敏次
    • 権利者名
      藤井 穂高、藤田 敏次
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2016-11-18
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 外国
  • [産業財産権] DNA間相互作用の解析方法2015

    • 発明者名
      藤井穂高、藤田敏次
    • 権利者名
      藤井穂高、藤田敏次
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2015-231329
    • 出願年月日
      2015-11-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

URL: 

公開日: 2015-04-16   更新日: 2019-03-29  

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