PCB分解土壌細菌の総合理解と微生物機能高度利用のための技術開発

• 研究課題/領域番号: 15H04471
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 大坪 嘉行 東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (40342761)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 15,340千円 (直接経費: 11,800千円、間接経費: 3,540千円); 2017年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円); 2016年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2015年度: 7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円)
• キーワード: MMLV-RT / tailing activity / tailing enhancers / adaptor ligation / catabolite control / protein acetylation / TCRS / CIS法 / アダプター連結 / qTnSeq / タンパク質アセチル化 / 制御因子 / 水平伝達 / 土壌細菌 / TSS解析 / カタボライト調節 / Tnライブラリー / 接合伝達 / tailing活性 / PCBs / イルミナシーケンサー / qTSS / 二成分調節系

研究成果の概要

PCB分解細菌Acidovorax sp.KKS102株を解析するのにあたりqTnSeq法を開発した。この過程において汎用の逆転写酵素が強いtailing活性を有していること、またこの活性を増強する促進化合物を発見した。またあらかじめ形成させた3'突出に対して一本鎖DNAを高効率で取り込ませる方法を開発した。様々な特質を備えたTnカセットをデザイン、人工合成しこのTnカセットを使用しておよそ6万クローンよりなるTn変異株ライブラリーを作製し、構築したqTnSeq法にて十分な効率で解析可能であることを示した。他方、本株のカタボライト調節およびICE転移について、基礎学問的に重要な知見を得た。

研究成果

• [雑誌論文] Establishment of plasmid vector and allelic exchange mutagenesis systems in a mycobacterial strain that is able to degrade polycyclic aromatic hydrocarbon. (2018)
  • 著者名/発表者名: Kishida K, Ogawa N, Ichihashi E, Kato H, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M.
  • 雑誌名: Bioscience, biotechnology, and biochemistry 巻: 82 号: 7 ページ: 1-3
  • DOI: 10.1080/09168451.2018.1445522
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Compounds that enhance the tailing activity of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase (2017)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Yoshiyuki、Nagata Yuji、Tsuda Masataka
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 7 号: 1 ページ: 6520-6520
  • DOI: 10.1038/s41598-017-04765-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The Small Protein HemP Is a Transcriptional Activator for the Hemin Uptake Operon in Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2017)
  • 著者名/発表者名: Sato T, Nonoyama S, Kimura A, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M.
  • 雑誌名: Appl Environ Microbiol. 巻: 83 号: 16
  • DOI: 10.1128/aem.00479-17
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 122,a nitrogen-fixing soybean symbiont (2017)
  • 著者名/発表者名: Masayuki Sugawara, Takahiro Tsukui, Takakazu Kaneko, Yoshiyuki Ohtsubo, Shusei Sato, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 5(9) 号: 9
  • DOI: 10.1128/genomea.01743-16
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Efficient N-tailing of blunt DNA ends by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase. (2017)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 7 号: 1 ページ: 41769-41769
  • DOI: 10.1038/srep41769
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium sp. strain MI1205 (2016)
  • 著者名/発表者名: Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 4 号: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00246-16
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome sequence of a gamma-hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. Strain TKS, which was isolated from a gamma-hexachlorocyclohexane-degrading microbial community (2016)
  • 著者名/発表者名: Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 4 号: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00247-16
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Algoriphagus sp. Strain M8-2, Isolated from a Brackish Lake (2016)
  • 著者名/発表者名: Muraguchi Y, Kushimoto K, Ohtsubo Y, Suzuki T, Dohra H, Kimbara K, Shintani M.
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4 号: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00347-16
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Sphingopyxis macrogoltabida Strain 203N (NBRC 111659), a Polyethylene Glycol Degrader. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nonoyama S, Nagata Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F.
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 4 号: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00529-16
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Sphingopyxis terrae Strain 203-1 (NBRC 111660), a Polyethylene Glycol Degrader (2016)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nonoyama S, Nagata Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F.
  • 雑誌名: Genome Announc 巻: 4 号: 3
  • DOI: 10.1128/genomea.00530-16
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Burkholderia caribensis Bcrs1W (NBRC110739), a strain co-residing with phenanthrene degrader Mycobacterium sp. EPa45. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nonoyama S, Ogawa N, Kato H, Nagata Y, Tsuda M.
  • 雑誌名: J Biotechnol 巻: 228 ページ: 67-68
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2016.04.042
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Comparison of the complete genome sequences of four γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterial strains: insights into the evolution of bacteria able to degrade a recalcitrant man-made pesticide. (2016)
  • 著者名/発表者名: Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Kawasumi T, Kato H, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y.
  • 雑誌名: DNA Res. 巻: 6 号: 6 ページ: 581-599
  • DOI: 10.1093/dnares/dsw041
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Host Range of the Conjugative Transfer System of IncP-9 Naphthalene-Catabolic Plasmid NAH7 and Characterization of Its oriT Region and Relaxase. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kishida K, Inoue K, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
  • 雑誌名: Appl Environ Microbiol 巻: 83 号: 1
  • DOI: 10.1128/aem.02359-16
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of cyanobacterium Nostoc sp. NIES-3756, a potentially useful strain for phytochrome-based bioengineering. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hirose Y., Fujisawa T., Ohtsubo Y., Katayama M., Misawa N., Wakazuki S., Shimura Y., Nakamura Y., Kawachi M., Yoshikawa H., Eki T., and Kanesaki Y.
  • 雑誌名: Journal of Biotechnology 巻: 220 ページ: 51-52
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2015.12.002
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Complete genome sequence of cyanobacterium Fischerella sp. NIES-3754, providing thermoresistant optogenetic tools. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hirose Y., Fujisawa T., Ohtsubo Y., Katayama M., Misawa N., Wakazuki S., Shimura Y., Nakamura Y., Kawachi M., Yoshikawa H., Eki T., and Kanesaki Y.
  • 雑誌名: Journal of Biotechnology 巻: 220 ページ: 45-46
  • DOI: 10.1016/j.jbiotec.2016.01.011
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Complete genome sequencing of cyanobacterium Leptolyngbya sp. NIES-3755 Journal of Biotechnology. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hirose Y., Fujisawa T., Ohtsubo Y., Katayama M., Misawa N., Wakazuki S., Shimura Y., Nakamura Y., Kawachi M., Yoshikawa H., Eki T., and Kanesaki Y.
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 4 号: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00090-16
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Methylobacterium sp. strain AMS5, an isolate from a soybean stem (2016)
  • 著者名/発表者名: Tomoyuki Minami, Yoshiyuki Ohtsubo, Mizue Anda, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Masayuki Sugawara, Kiwamu Minamisawa
  • 雑誌名: Genome Announc. 巻: 4(2) 号: 2
  • DOI: 10.1128/genomea.00144-16
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of cyanobacterium Geminocystis sp. NIES-3709 that harbors phycoerythrin-rich phycobilisome (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuu Hirose, Mitsunori Katayama, Yoshiyuki Ohtsubo, Naomi Misawa, Erica Iioka, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka, Toshihiko Eki, Masahiko Ikeuchi, Yo Kikuchi, Makoto Ishida, and Masahira Hattori
  • 雑誌名: Genome Announcement 巻: 3 号: 2 ページ: 1-2
  • DOI: 10.1128/genomea.00385-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete Genome Sequence of Rhodovulum sulfidophilum DSM 2351, an Extracellular Nucleic Acid-Producing Bacterium (2015)
  • 著者名/発表者名: Nagao N, Hirose Y, Misawa N, Ohtsubo Y, Umekage S, Kikuchi Y.
  • 雑誌名: Genome Annoucements 巻: 3(2) e00388-15 号: 2 ページ: 1-2
  • DOI: 10.1128/genomea.00388-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of cyanobacterium Geminocystis sp. NIES-3708, which performs type II complementary chromatic acclimation (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuu Hirose, Mitsunori Katayama, Yoshiyuki Ohtsubo, Naomi Misawa, Erica Iioka, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Mitsumasa Hanaoka, Kan Tanaka, Toshihiko Eki, Masahiko Ikeuchi, Yo Kikuchi, Makoto Ishida, and Masahira Hattori
  • 雑誌名: Genome Announcement 巻: 3 号: 3 ページ: 1-2
  • DOI: 10.1128/genomea.00357-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 4
  • DOI: 10.1128/genomea.00782-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehagoneases (2015)
  • 著者名/発表者名: Nagata Y, Ohtsubo, Y, Tsuda M
  • 雑誌名: Applied Microbiology and Biotechnology 巻: 99 号: 23 ページ: 9865-9881
  • DOI: 10.1007/s00253-015-6954-x
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance. (2015)
  • 著者名/発表者名: Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M
  • 雑誌名: DNA Research 巻: 22 号: 6 ページ: 413-424
  • DOI: 10.1093/dnares/dsv023
  • NAID: 120005850199
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a polyvinyl alcohol-degrading strain Sphingopyxis sp. 113P3 (NBRC 111507) (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y. Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 5
  • DOI: 10.1128/genomea.01169-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome (2015)
  • 著者名/発表者名: Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, and Hisayuki Mitsui
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 112(46) 号: 46 ページ: 14343-14347
  • DOI: 10.1073/pnas.1514326112
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader Burkholderia sp. HB-1 (NBRC:110738) (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Moriya A, Kato H, Ogawa N, Nagata Y, Tsuda M
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01283-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a polypropylene glycol and polyethylene glycol-degrading strain Sphingopyxis macrogoltabida EY-1 (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01399-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain Microbacterium sp. No.7 (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01400-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Complete genome sequence of Sphingompyxis macrogoltabidus type strain NBRC 15033, originally isolated as a polyethylene glycol-degrader (2015)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F
  • 雑誌名: Genome Announcements 巻: 3 号: 6
  • DOI: 10.1128/genomea.01401-15
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 逆転写酵素を用いたトランスポゾン変異株ライブラリーの定量的解析法の確立 (2018)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、佐々木春菜、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] PCB/ビフェニル分解菌Acidovorax sp. KKS102株が有するICEの接合伝達域規定因子の同定 (2018)
  • 著者名/発表者名: 川原 昌太郎, 岸田 康平, 永田 裕二, 大坪 嘉行, 津田 雅孝
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に必須な遺伝子セットの同定 (2018)
  • 著者名/発表者名: 岸田 康平, Tim Lucas, 野々山 翔太 ,永田 裕二, 大坪 嘉行, 津田 雅孝
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] Furで制御されるBurkholderia属細菌ヘム獲得系活性化因子HemPの解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 野々山翔太、佐藤拓哉、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] フェナントレン分解Mycobacterium株の遺伝子破壊系構築とビフェニル分解への転写応答 (2018)
  • 著者名/発表者名: 市橋永吉、小川なつみ、岸田康平、加藤広海、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] Carriage modalities of the carbazole-degrading gene clusters among nine bacterial strains (2018)
  • 著者名/発表者名: Vejarano Felipe、水口千穂、新谷政己、大坪嘉行、津田雅孝、岡田憲典、野尻秀昭
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] 好気性従属栄養細菌における極貧栄養環境適応変異株の解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介、加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] In vivo evolution system for haloalkane dehalogenases toward degradation of a man-made pesticide (2018)
  • 著者名/発表者名: 陳 楠楠, 大坪嘉行, 津田雅孝, 永田裕二
  • 学会等名: 第12回日本ゲノム微生物学会年会
• [学会発表] Burkholderia multivoransの鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群における転写制御因子IscRの解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 野々山翔太、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] 土壌難培養性細菌の単離及び易培養性細菌との共存関係 (2018)
  • 著者名/発表者名: 高橋紳八、加藤広海、永田裕二、大塚重人、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] 難分解性芳香族化合物分解コンソーシアム由来の分解細菌Mycobacteirum sp. EPa45株における生育阻害機構 (2018)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ、加藤広海、岸田康平、市橋永吉、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] IncP-9群プラスミドNAH7の新規な接合伝達必須遺伝子の機能解明 (2018)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平、Tim Lucas、野々山翔太、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] トランスクリプトーム解析を用いた環境細菌Burkholderia multivoransの土壌環境適応戦略の解明 (2018)
  • 著者名/発表者名: 田上諒、西山依里、永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] PCB分解細菌Acidovorax sp. KKS102株のカタボライト調節に関わる二成分調節系因子BphPQの解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 佐々木春菜、永田裕二、津田雅孝、大坪嘉行
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] 好気性従属栄養細菌株由来の極貧栄養環境での生育能を獲得した突然変異株の解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介、加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] 細菌の有機塩素系殺虫剤資化に必須なABCトランスポーターホモログの機能解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 佐藤緋奈子、中鉢千尋、佐藤優花里、矢野大和、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] デアミナーゼと融合した新規デハロゲナーゼの特徴 (2018)
  • 著者名/発表者名: 中鉢千尋、佐藤優花里、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] 代謝酵素遺伝子群の人工クラスターを利用した有機塩素系殺虫剤資化細菌の育種 (2018)
  • 著者名/発表者名: 蘇立俊、加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] 環境汚染物質の分解細菌コミュニティにおける非分解菌コロニーの分解菌コロニーへの接近現象 (2018)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] 逆転写酵素のtailing活性と新規TSLR反応を用いたトランスポゾン変異株ライブラリーの定量的解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、佐々木春菜、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2018年度大会
• [学会発表] マウス白血病ウィルス由来逆転写酵素のN-tailing活性と解析ツールTraceViewer (2017)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] IncP-9群プラスミドの接合伝達に関わる全遺伝子の同定 (2017)
  • 著者名/発表者名: 岸田 康平、ルーカス ティム、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] 細菌由来のデアミナーゼ―デハロゲナーゼ融合タンパク質の機能解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 佐藤 あや華、加藤 広海、大坪 嘉行、津田 雅孝、永田 裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] 環境常在細菌に見出された新規低栄養環境適応機構に関する研究 (2017)
  • 著者名/発表者名: 稲葉 慎之介、加藤 広海、大坪 嘉行、津田 雅孝、永田 裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター生合成系の転写制御機構の解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 野々山 翔太、佐藤 拓哉、岸田 康平、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransの土壌における適応機構の解明 (2017)
  • 著者名/発表者名: 田上諒、西山 依里、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] フェナントレン分解細菌の生育阻害の緩和に対する非分解細菌の生細胞の重要性 (2017)
  • 著者名/発表者名: 小川 なつみ、加藤 広海、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] 難分解性有機塩素系殺虫剤の分解細菌コミュニティにおける非分解菌の役割 (2017)
  • 著者名/発表者名: 加藤 広海、大坪 嘉行、津田 雅孝、永田 裕二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2017年度大会
  • 発表場所: 京都女子大(京都府・京都市)
  • 年月日: 2017-03-17
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane分解コミュニティのメタゲノム解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • 年月日: 2017-03-02
• [学会発表] 逆転写酵素の強いtailing活性と解析ソフトTraceViewer (2017)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • 年月日: 2017-03-02
• [学会発表] Burkholderia multivoransの鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群に対する転写因子Fur及びIscRの作用機序 (2017)
  • 著者名/発表者名: 野々山 翔太、佐藤 拓哉、岸田 康平、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • 年月日: 2017-03-02
• [学会発表] フェナントレン分解細菌Mycobacterium sp. EPa45株のフェナントレンに対する転写応答 (2017)
  • 著者名/発表者名: 小川 なつみ、石毛 太一郎、加藤 広海、大坪 嘉行、永田 裕二、吉川 博文、津田 雅孝
  • 学会等名: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • 年月日: 2017-03-02
• [学会発表] フェナントレン分解細菌の基質耐性突然変異株の取得と解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 池内 倫子、小川 なつみ、加藤 広海、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • 年月日: 2017-03-02
• [学会発表] 金属イオンコファクターの違いによる接合伝達の鍵酵素relaxaseのnick導入塩基配列特異性の変化 (2017)
  • 著者名/発表者名: 岸田 康平、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 第11回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 慶応大学湘南キャンパス(神奈川県・藤沢市)
  • 年月日: 2017-03-02
• [学会発表] シンポ・微生物のサバイバルゲーム「利用する：汚染物質分解コンソーシアムにおける非分解菌の役割」 (2017)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海，小川なつみ，大坪嘉行，永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] 微生物のサバイバルゲーム「利用する：汚染物質分解コンソーシアムにおける非分解菌の役割」 (2017)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海，小川なつみ，大坪嘉行，永田裕二, 津田雅孝
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] 難分解性有機塩素系殺虫剤分解細菌コミュニティに関する研究 (2017)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、大坪嘉行、津田雅孝、永田裕二
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] 定量的TnSeq解析法の構築とPCB分解細菌Acidovorax sp. KKS102株の全必須遺伝子の同定 (2017)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] IncP-9群プラスミドNAH7の新規接合伝達必須遺伝子の機能解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 岸田 康平、Tim Lukas, 大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] 極貧栄養環境での生育能を獲得した好気性従属栄養細菌突然変異株の解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 稲葉 慎之介, 加藤 広海, 大坪 嘉行, 津田 雅孝, 永田 裕二
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] Burkholderia multivorans における鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群の転写因子IscRの解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 野々山 翔太、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransの土壌環境適応メカニズムの経時的解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 田上諒、西山依里、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] Complete genome analysis of diverse carbazole-degrading bacteria (2017)
  • 著者名/発表者名: Vejarano Felipe, Suzuki-Minakuchi Chiho, Ohtsubo Yoshiyuki, Tsuda Masataka, Okada Kazunori & Nojiri Hideaki
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] フェナントレン分解細菌の生育阻害に対する非分解細菌の役割：RNA-seq解析による検討 (2017)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ、石毛太一郎、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、吉川博文、津田雅孝
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] PCB分解細菌Acidovorax sp. KKS102株のカタボライト調節に関わる二成分調節系制御因子についての解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 佐々木 春菜, 永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行
  • 学会等名: 第２回環境微生物系学会合同大会2017
• [学会発表] Expression of an alcohol dehydrogenase gene in a heterotrophic bacterium induces the oligotrophic growth with carbon dioxide fixation (2017)
  • 著者名/発表者名: Shinnosuke Inaba, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Yuji Nagata
  • 学会等名: The 7th Congress of European Microbiologists (FEMS 2017)
• [学会発表] Strong N-tailing activity and specific enhancers of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase toward blunt DNA ends (2017)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda
  • 学会等名: 15th International Union of Microbiological Societies (IUMS2017)
• [学会発表] 再構築された土壌微生物群集の超長期培養 (2016)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、渡来直生、森宙史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
  • 学会等名: 日本微生物生態学会第31回大会
  • 発表場所: 横須賀市文化会館(神奈川県・横須賀市)
  • 年月日: 2016-10-22
• [学会発表] 土壌環境におけるBurkholderia属細菌の生育段階と土壌高発現遺伝子の転写変動パターンの関係性 (2016)
  • 著者名/発表者名: 田上 諒、西山 依里、大坪 嘉行、永田 裕二、津田 雅孝
  • 学会等名: 日本微生物生態学会第31回大会
  • 発表場所: 横須賀市文化会館(神奈川県・横須賀市)
  • 年月日: 2016-10-22
• [学会発表] リボソームRNAオペロンが染色体に存在しない細菌の発見 (2016)
  • 著者名/発表者名: 按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、菅原雅之、永田裕二、津田雅孝、南澤究、三井久幸
  • 学会等名: 日本RNA学会-第4回 RIBOSOME MEETING
  • 発表場所: 大阪医科大学、(大阪府・高槻市)
  • 年月日: 2016-09-17
• [学会発表] Plant-associated Aureimonas with the sole rRNA operon on a tiny plasmid (2016)
  • 著者名/発表者名: Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Seishi Ikeda, Shima Eda, Hisayuki Mitsui and Kiwamu Minamisawa
  • 学会等名: 16th International Symposium on Microbial Ecology
  • 発表場所: Montreal, Canada
  • 年月日: 2016-08-21
• [学会発表] Construction of in vivo evolution system for haloalkane dehalgenases (2016)
  • 著者名/発表者名: Y. Nagata, R. Moriuchi, A. Koyama, Y. Ohtsubo, L. Chrast, J. Damborsky, and M. Tsuda
  • 学会等名: 2nd ASM Conference on Experimental Microbial Evolution
  • 発表場所: Washington DC, USA
  • 年月日: 2016-08-04
• [学会発表] 環境常在細菌に見出された新規低栄養環境適応機構 (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2016年度大会
  • 発表場所: 広島県民文化センター(広島県・広島市)
  • 年月日: 2016-06-13
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2016年度大会
  • 発表場所: 広島県民文化センター(広島県・広島市)
  • 年月日: 2016-06-13
• [学会発表] 土壌微生物のノトバイオロジー (2016)
  • 著者名/発表者名: 加藤 広海、森 宙史、永山 浩史、大坪 嘉行、永田 裕二、黒川 顕、津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
  • 招待講演
• [学会発表] フェナントレン分解コンソーシアムに存在する非分解菌の分解菌に対する効果 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] フェナントレン分解コンソーシアムMixEPa4における構成細菌間の相互作用 (2016)
  • 著者名/発表者名: 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおけるFur制御下の機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉, 湯原 悟志, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター合成系遺伝子群の転写制御機構の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 野々山 翔太, 佐藤 拓哉, 岸田 康平, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] 環境常在細菌におけるアルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhX関与の普遍的低栄養環境適応戦略 (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲葉 慎之介, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] PCB/biphenyl分解細菌株が有する新規haloalkane dehalogenase遺伝子の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐藤 あや華, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] ハロアルカンデハロゲナーゼの細胞内酵素機能進化系の構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小山 旺, 森内 良太, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] DNA配列表示ツールSeqView (2016)
  • 著者名/発表者名: 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子traDEFの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 岸田 康平, 井上 慧, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] プラスミドpCAR1を保持した3宿主における転写開始点の網羅的決定と宿主間比較 (2016)
  • 著者名/発表者名: 舘はる香, 水口千穂, 高橋裕里香, 大坪嘉行, 津田雅孝, 岡田憲典, 野尻秀昭
  • 学会等名: 日本農芸化学会2016年度大会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2016-03-27
• [学会発表] 土壌細菌叢変動とレジームシフト (2016)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、加藤広海、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第89回日本細菌学会総会シンポジウム
  • 発表場所: 大阪交流センター（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2016-03-23
  • 招待講演
• [学会発表] SeqView: DNA 配列/アミノ酸配列の表示ツール (2016)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] フェナントレン分解細菌Burkholderia sp.HB-1株のゲノムと芳香属分解遺伝子の解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 遺伝学的解析を用いた芳香族化合物分解コンソーシアムにおける分解菌と非分解菌の共在機構の解明 (2016)
  • 著者名/発表者名: 小川なつみ 加藤広海 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 渡来直生、森宙史、加藤広海、大坪嘉行、小椋義俊、永田裕二、豊田敦、藤山秋佐夫、林哲也、津田雅孝、黒川顕
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 鉄濃度依存的に発現変動する機能未知遺伝子hemPの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐藤拓哉 湯原悟志 野々山翔太 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] Burkholderia multivorans における鉄硫黄クラスター合成遺伝子群の転写制御に対するFur及びIscRの作用機作 (2016)
  • 著者名/発表者名: 野々山翔太 佐藤拓哉 岸田康平 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連機能未知遺伝子群traDEFの解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 岸田康平 井上慧 大坪嘉行 永田裕二 津田 雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 環境常在細菌が有する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子関与の新規極貧栄養環境適応機構 (2016)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介 平野丈 宇井博紀 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたqTnSeq法の構築 (2016)
  • 著者名/発表者名: 阿部史歩 大坪嘉行 永田裕二 津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] プラスミドpCAR1上の転写開始点の網羅的決定と宿主間比較 (2016)
  • 著者名/発表者名: 舘 はる香, 水口 千穂, 高橋 裕里香, 大坪 嘉行, 津田 雅孝, 岡田 憲典, 野尻 秀昭
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
  • 年月日: 2016-03-04
• [学会発表] 汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、森宙史、渡来直生、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、豊田敦、黒川顕、津田雅孝
  • 学会等名: 第10回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス（東京都・目黒区）
• [学会発表] Haloalkane dehalogenases in bacteria (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuji Nagata, Ryota Moriuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, and Masataka Tsuda
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem 2015)
  • 発表場所: Honolulu, Hawaii, USA
  • 年月日: 2015-12-15
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播 (2015)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
  • 学会等名: 第30回日本微生物生態学会年次大会
  • 発表場所: 土浦亀城プラザ（茨城県・土浦市）
  • 年月日: 2015-10-17
• [学会発表] メタゲノム情報を基盤とした汚染土壌の細菌コンソーシアムの研究 (2015)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、小川なつみ、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 第30回日本微生物生態学会年次大会
  • 発表場所: 土浦亀城プラザ（茨城県・土浦市）
  • 年月日: 2015-10-17
• [学会発表] リボソームRNA遺伝子の染色体外への移行 (2015)
  • 著者名/発表者名: 按田瑞恵, 大坪嘉行, 大久保卓, 菅原雅之, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究, 三井久幸
  • 学会等名: 日本遺伝学会第87回大会
  • 発表場所: 東北大学川内北キャンパス（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2015-09-24
• [学会発表] 有機塩素系農薬分解細菌株の有機炭素源非添加無機固体培地での生育に関与する推定アルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子adhXの機能解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 稲葉慎之介、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2015年度大会
  • 発表場所: 東京大学弥生キャンパス（東京都・文京区）
  • 年月日: 2015-06-29
• [図書] Biodegradation of Organochlorine Pesticides (2015)
  • 著者名/発表者名: Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo Y, Tsuda M
  • 総ページ数: 30
  • 出版者: ASM Press, Washington, DC
• [産業財産権] 二本鎖DＮＡ末端の加工方法 (2017)
  • 発明者名: 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 権利者名: 大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2017
  • 外国
• [産業財産権] 二本鎖ＤＮＡ末端の加工方法 (2016)
  • 発明者名: 大坪嘉行
  • 権利者名: 大坪嘉行
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2016-06-14