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Liquid biopsyシークエンスによる肝膵がんの診断とバイオマーカー探索

研究課題

研究課題/領域番号 15H04814
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 消化器内科学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

中川 英刀  国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)

研究分担者 山上 裕機  和歌山県立医科大学, 医学部, 教授 (20191190)
連携研究者 川上 由育  広島大学, 医学部, 講師 (70403516)
藤本 明洋  国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 副チームリーダー (30525853)
ワーデル クリス  国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 研究員 (70748805)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2017年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2016年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2015年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
キーワードLiquid biopsy / シークエンス / 肝臓がん / 膵臓がん / IPMT / 膵液 / がんゲノム / cfDNA / 膵腫瘍 / liquid biopsy / 膵がん / 癌 / ゲノム / 病理学 / ゲノム診断 / がん
研究成果の概要

37例の膵管内乳頭粘液性腫瘍患者からの膵液cfDNAについてエクソーム解析を行った。その結果、約半数の膵液について、KRASかGNASの変異を検出し、TP53やRNF43の変異も膵液で検出した。17p13や8q24のコピー数異常も検出した。悪性度と関連する膵液ゲノムマーカーを複数同定した。7例の肝癌血漿cfDNAについて、分子バーコード付ライブラリーを作成し、約100遺伝子についてシークエンスを行った。コンセンサス配列の取り方やフィルター方法を改善し、変異アレル頻度1%以上の変異は高い精度で同定可能となった。しかし、1%未満についてはノイズとの鑑別が難しくアルゴリズムの改良が必要である。

報告書

(4件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 4件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件、 招待講演 3件)

  • [国際共同研究] ヴェローナ大学(イタリア)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] ブロード研究所/ハーバード大学+MIT(米国)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [雑誌論文] Genomic Characterization of Biliary Tract Cancers Identifies Driver Genes and Predisposing Mutations2018

    • 著者名/発表者名
      Wardell CP, Fujita M, Yamada T, Simbolo M, Fassan M, Karlic R, Polak P, Kim J, Hatanaka Y, Maejima K, Lawlor RT, Nakanishi Y, Mitsuhashi T et al
    • 雑誌名

      J Hepatol

      巻: - 号: 5 ページ: 959-969

    • DOI

      10.1016/j.jhep.2018.01.009

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Whole genome sequencing discriminates hepatocellular carcinoma with intrahepatic metastasis from multi-centric tumors2017

    • 著者名/発表者名
      Furuta M, Ueno M, Fujimoto A, Hayami S, Yasukawa S, Kojima F, Arihiro K, Kawakami Y, Wardell CP, Shiraishi Y, Tanaka H, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tokunaga N, Boroevich KA, Abe T, Aikata H, Ohdan H, Gotoh K, Kubo M, Tsunoda T, Miyano S, Chayama K, Yamaue H, Nakagawa H
    • 雑誌名

      J Hepatol

      巻: 66(2) 号: 2 ページ: 363-373

    • DOI

      10.1016/j.jhep.2016.09.021

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] がん診断の新たなマテリアルcfDNA2016

    • 著者名/発表者名
      西塚哲、谷上賢瑞、八谷剛史、中川英刀
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 34 ページ: 948-952

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] 臨床現場からのctDNAサンプル抽出まで2016

    • 著者名/発表者名
      西塚哲、谷上賢瑞、八谷剛史、中川英刀
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 34 ページ: 1319-1324

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] Whole genome mutational landscape and characterization of non-coding and structural mutations in liver cancer.2016

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto A et al.
    • 雑誌名

      Nat Genet

      巻: 48 号: 5 ページ: 500-509

    • DOI

      10.1038/ng.3547

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Circulating tumor DNA analysis for liver cancers and its usefulness as a liquid biopsy.2015

    • 著者名/発表者名
      Ono A, Fujimoto A, Yamamoto Y, Akamatsu S, Nobuhiko H, Imamura M, Kawaoka T, Tsuge M, Abe H, Hayes CN, Miki D, Furuta M, Tsunoda T, Miyano S, Kubo M, Aikata H, Ochi H, Kawakami Y, Arihiro K, Ohdan H, Nakagawa H, Chayama K
    • 雑誌名

      Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology

      巻: 1 号: 5 ページ: 516-534

    • DOI

      10.1016/j.jcmgh.2015.06.009

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Cell-free DNAのシークエンス解析の課題2017

    • 著者名/発表者名
      中川 英刀
    • 学会等名
      NGS現場の会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cell-free DNA analysis for liver cancer and pancreatic cancer as a liquid biopsy for precision monitoring and diagnosis2016

    • 著者名/発表者名
      Hidewaki Nakagawa
    • 学会等名
      AGBT Precison Medicine
    • 発表場所
      Phoenix, USA
    • 年月日
      2016-09-23
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Sequencing analysis of plasma and pancreatic juice cell-free DNAs for cancer diagnosis2016

    • 著者名/発表者名
      中川 英刀
    • 学会等名
      第75回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜 (神奈川県、横浜)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cancer genome profiling by NGS of archives and liquid biopsy samples2015

    • 著者名/発表者名
      中川 英刀
    • 学会等名
      日本がん学会総会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(名古屋)
    • 年月日
      2015-10-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2019-03-29  

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