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アブラナ科植物の雑種強勢関連領域の同定

研究課題

研究課題/領域番号 15H05614
研究種目

若手研究(A)

配分区分補助金
研究分野 園芸科学
研究機関神戸大学

研究代表者

藤本 龍  神戸大学, 農学研究科, 准教授 (60620375)

研究協力者 加治 誠  
川辺 隆大  
板橋 悦子  
宅野 将平  
清水 元樹  
関 原明  
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
23,790千円 (直接経費: 18,300千円、間接経費: 5,490千円)
2018年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2017年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2016年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
2015年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
キーワード雑種強勢 / ヘテロシス / エピジェネティクス / エピゲノム / トランスクリプトーム / アブラナ科 / QTL / DNAメチル化 / 園芸学 / 育種学 / 遺伝学 / 植物 / ヘテローシス
研究成果の概要

ハクサイの雑種強勢の分子機構の解明を目指して、遺伝学的解析、エピゲノム解析、及びトランスクリプトーム解析を行った。遺伝学的な解析では、両親系統間の遺伝距離と雑種強勢には相関が見られないことを明らかにした。そして、QTL解析により、播種後14日の葉面積の大きさや収量に関わるQTLを同定した。エピゲノム解析では、両親系統とF1について、DNAメチル化及びヒストンの化学修飾状態を比較した。トランスクリプトーム解析では、RNA-sequencingにより、両親系統とF1で発現レベルが異なる遺伝子を同定し、播種後2日では、葉緑体ターゲット遺伝子の発現がF1で高くなることを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

両親系統間の遺伝距離と雑種強勢の関連性については様々な植物種で議論されているが、少なくとも本研究によりハクサイでは、両親系統間の遺伝距離を指標に雑種強勢の発現を予測できないことを示した。これにより、雑種強勢は、ある特定領域のヘテロ接合性が重要であると予想される。本研究により、雑種強勢が見られる形質について複数のQTLを同定した。今後、これらの領域について更なる解析を進めることで、雑種強勢に重要な遺伝子領域の同定へと繋がれば、DNAマーカー等により両親系統の選抜や両親系統の組合せ能力検定にかかるコストと労力の軽減が期待され、その社会的な意義は大きいと考える。

報告書

(5件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (44件)

すべて 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (15件) (うち国際共著 9件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 12件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 6件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] CSIRO(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] CSIRO(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [国際共同研究] CSIRO(Australia)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [国際共同研究] CSIRO(Australia)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Genome re-sequencing, SNP analysis, and genetic mapping of the parental lines of a commercial F<sub>1</sub> hybrid cultivar of Chinese cabbage2018

    • 著者名/発表者名
      Shea DJ, Shimizu M, Itabashi E, Miyaji N, Miyazaki J, Osabe K, Kaji M, Okazaki K, Fujimoto R.
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 68 号: 3 ページ: 375-380

    • DOI

      10.1270/jsbbs.17124

    • NAID

      130007430198

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genome-wide characterization of DNA methylation, small RNA expression, and histone H3 lysine nine di-methylation in Brassica rapa L.2018

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Satoshi、Osabe Kenji、Fukushima Naoki、Takuno Shohei、Miyaji Naomi、Shimizu Motoki、Takasaki-Yasuda Takeshi、Suzuki Yutaka、Dennis Elizabeth S、Seki Motoaki、Fujimoto Ryo
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 25 号: 5 ページ: 511-520

    • DOI

      10.1093/dnares/dsy021

    • NAID

      120006552896

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Recent research on the mechanism of heterosis is important for crop and vegetable breeding systems.2018

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto R, Uezono K, Ishikura S, Osabe K, Peacock WJ, Dennis ES.
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 68 ページ: 145-158

    • NAID

      130006743989

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Hybrid Vigor: Importance of Epigenetic Processes and Consequences for Breeding2018

    • 著者名/発表者名
      Miyaji N, Fujimoto R
    • 雑誌名

      Advances in Botanical Research

      巻: 88 ページ: 247-275

    • DOI

      10.1016/bs.abr.2018.10.001

    • ISBN
      9780128154038
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of DNA methylated regions by using methylated DNA immunoprecipitation sequencing in Brassica rapa2018

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Satoshi、Fukushima Naoki、Osabe Kenji、Itabashi Etsuko、Shimizu Motoki、Miyaji Naomi、Takasaki-Yasuda Takeshi、Suzuki Yutaka、Seki Motoaki、Fujimoto Ryo
    • 雑誌名

      Crop and Pasture Science

      巻: 69 号: 1 ページ: 107-107

    • DOI

      10.1071/cp17394

    • NAID

      120006727813

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent research on the mechanism of heterosis is important for crop and vegetable breeding systems2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Fujimoto, Kosuke Uezono, Sonoko Ishikura, Kenji Osabe, W. James Peacock, Elizabeth S. Dennis
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: ahead of print

    • NAID

      130006743989

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Epigenetic regulation of agronomical traits in Brassicaceae2017

    • 著者名/発表者名
      Itabashi Etsuko、Osabe Kenji、Fujimoto Ryo、Kakizaki Tomohiro
    • 雑誌名

      Plant Cell Reports

      巻: 37 号: 1 ページ: 87-101

    • DOI

      10.1007/s00299-017-2223-z

    • NAID

      120006546777

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] アブラナ科植物の基礎研究と応用研究のネットワーク構築を目指して2017

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Masaya、Fujii Sota、Kakizaki Tomohiro、Fujimoto Ryo、Hikosaka Kouki、Hatakeyama Katsunori、Ito Hidetaka、Okazaki Keiichi
    • 雑誌名

      育種学研究

      巻: 19 号: 1 ページ: 21-29

    • DOI

      10.1270/jsbbr.19.21

    • NAID

      130006832290

    • ISSN
      1344-7629, 1348-1290
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] アブラナ科植物におけるゲノム多様性および雑種強勢に関する研究2017

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto Ryo
    • 雑誌名

      育種学研究

      巻: 19 号: 3 ページ: 116-123

    • DOI

      10.1270/jsbbr.19.116

    • NAID

      130006106487

    • ISSN
      1344-7629, 1348-1290
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of primer sets that can verify the enrichment of histone modifications, and their application to examining vernalization-mediated chromatin changes in <i>Brassica rapa</i> L.2016

    • 著者名/発表者名
      Kawanabe, T., Osabe, K., Itabash, E., Okazaki, K., Dennis, E.S., and Fujimoto, R.
    • 雑誌名

      Genes & Genetic Systems

      巻: 91 号: 1 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1266/ggs.15-00058

    • NAID

      130005165461

    • ISSN
      1341-7568, 1880-5779
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Role of DNA methylation in hybrid vigor in Arabidopsis thaliana2016

    • 著者名/発表者名
      Kawanabe, T., Ishikura, S., Miyaji, N., Sasaki, T., Wu, L., Itabash, E., Takada, S., Shimizu, M., Takasaki-Yasuda, T., Osabe, K., Peacock, W.J., Dennis, E.S., and Fujimoto, R.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 113 号: 43

    • DOI

      10.1073/pnas.1613372113

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The importance of reproductive barriers and the effect of allopolyploidization on crop breeding2016

    • 著者名/発表者名
      Tonosaki, K., Osabe, K., Kawanabe, T., and Fujimoto, R.
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 66 号: 3 ページ: 333-349

    • DOI

      10.1270/jsbbs.15114

    • NAID

      130005160897

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular and cellular characteristics of hybrid vigour in a commercial hybrid of Chinese cabbage2016

    • 著者名/発表者名
      Saeki N, Kawanabe T, Ying H, Shimizu M, Kojima M, Abe H, Okazaki K, Kaji M, Taylor JM, Sakakibara H, Peacock WJ, Dennis ES, Fujimoto R.
    • 雑誌名

      BMC Plant Biology

      巻: 16 号: 1 ページ: 45-45

    • DOI

      10.1186/s12870-016-0734-3

    • NAID

      120005714785

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Development of primer sets that can verify the enrichment of histone modifications, and their application to examining the vernalization mediated chromatin changes in Brassica rapa L.2016

    • 著者名/発表者名
      Kawanabe T, Osabe K, Itabashi E, Okazaki K, Dennis ES, Fujimoto R
    • 雑誌名

      Genes & Genetics Systems

      巻: in press

    • NAID

      130005165461

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic distance of inbred lines of Chinese cabbage and its relationship to heterosis2016

    • 著者名/発表者名
      Kawamura K, Kawanabe T, Shimizu M, Nagano AJ, Saeki N, Okazaki K, Kaji M, Dennis ES, Osabe K, Fujimoto R
    • 雑誌名

      Plant Gene

      巻: 5 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1016/j.plgene.2015.10.003

    • NAID

      120005743235

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] ハクサイ初期生育期における子葉および本葉サイズ関連遺伝子の探索2018

    • 著者名/発表者名
      上園 倖輔; シェア ダニエル; 清水 元樹; 板橋 悦子; ハサン メエラジ; 岡崎 桂一; 安田 (高崎) 剛志; 藤本 龍
    • 学会等名
      日本育種学会第134回講演会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] アブラナ科野菜における雑種強勢研究の動向2018

    • 著者名/発表者名
      藤本 龍
    • 学会等名
      平成30年度野菜花き課題別研究会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ハクサイにおける全ゲノムメチル化解析2018

    • 著者名/発表者名
      藤本 龍; 高橋 聡史; 鈴木 穣; 関 原明; 安田 剛志
    • 学会等名
      園芸学会平成31年度春季大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Brassica rapaにおけるメチローム解析2018

    • 著者名/発表者名
      高橋 聡史;長部 謙二;宮路 直実;鈴木 穣;関 原明;藤本 龍
    • 学会等名
      日本育種学会第134回講演会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of epigenetic states in Brassica rapa L.2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Fujimoto; Ayasha Akter; Satoshi Takahashi; Takeshi Takasaki-Yasuda; Yutaka Suzuki; Elizabeth S. Dennis; Motoaki Seki
    • 学会等名
      Brassica 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of histone H3 lysine 27 tri-methylation in Brassica rapa L.2018

    • 著者名/発表者名
      Ryo Fujimoto; Ayasha Akter; Satoshi Takahashi; Namiko Nishida; Takashi Takasaki-Yasuda; Yutaka Suzuki; Motoaki Seki; Elizabeth S. Dennis
    • 学会等名
      The 25th International Congress on Sexual Plant Reproduction
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DDM1 has an important function on heterosis in Arabidopsis thaliana2018

    • 著者名/発表者名
      Naomi Miyaji; Etsuko Itabashi; Takeshi Takasaki-Yasuda; W. James Peacock; Elizabeth S. Dennis; Ryo Fujimoto
    • 学会等名
      The 25th International Congress on Sexual Plant Reproduction
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Distribution of histone H3 lysine 27 trimethylation in different tissues of Brassica rapa2018

    • 著者名/発表者名
      アクタ アヤシャ; 宮路 直実; 安田 剛志; 藤本 龍
    • 学会等名
      園芸学会平成31年度春季大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ハクサイ市販品種'W77'の両親系統間リシークエンスによる片親特異的遺伝子変異の同定2018

    • 著者名/発表者名
      上園 倖輔; Shea Daniel; 清水 元樹; 板橋 悦子; 宮路 直美; 岡崎 桂一; 安田 (高崎) 剛志; 藤本 龍
    • 学会等名
      園芸学会平成30年度春季大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] アブラナ科植物におけるゲノム多様性および雑種強勢に関する研究2017

    • 著者名/発表者名
      藤本龍
    • 学会等名
      日本育種学会第131回講演会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2017-03-29
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DDM1 is required for a full level of heterosis in Arabidopsis thaliana.2017

    • 著者名/発表者名
      Naomi Miyaji; Sonoko Ishikura; Satoko Takada; Takeshi Takasaki-Yasuda; W. James Peacock; Elizabeth S. Dennis; Ryo Fujimoto
    • 学会等名
      Plant Biology 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] MeDIP-seqによるハクサイ系統間のDNAメチル化比較解析2017

    • 著者名/発表者名
      藤本 龍; 高橋 聡史; 鈴木 穣; 関 原明; 安田 剛志
    • 学会等名
      園芸学会平成29年度秋季大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ハクサイ市販品種'W77'における初期生育の雑種強勢関連領域の同定にむけて2017

    • 著者名/発表者名
      譚 永; 上園 倖輔; 板橋 悦子; 安田 (高崎) 剛志; 藤本 龍
    • 学会等名
      平成29年度園芸学会近畿支部滋賀大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ハクサイ市販品種'W77'の両親系統のリシークエンスによるゲノム構造の系統間比較2017

    • 著者名/発表者名
      上園 倖輔; Shea Daniel; 清水 元樹; 板橋 悦子; 譚 永; 宮路 直美; 岡崎 桂一; 安田 (高崎) 剛志; 藤本 龍
    • 学会等名
      平成29年度園芸学会近畿支部滋賀大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Re-sequencing and SNP analysis of the parental lines of a commercial F1 hybrid cultivar of Chinese cabbage2017

    • 著者名/発表者名
      Daniel Shea; Motoki Shimizu; Etsuko Itabashi; Naomi Miyaji; Makoto Kaji; Keiichi Okazaki; Ryo Fujimoto
    • 学会等名
      日本育種学会第132回講演会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of early developmental and yield heterosis in Chinese cabbage2016

    • 著者名/発表者名
      Fujimoto, R., Shimizu, M., Miyaji, N., Takada, S., Fukushima, N., Kaji, M., Peacock W.J., and Dennis, E.S.
    • 学会等名
      Brassica 2016
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2016-10-03
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Genome-wide analysis of DNA methylation in Chinese cabbage2016

    • 著者名/発表者名
      Fukushima, N., Takahashi, S., Itabashi, E., Shimizu, M., Osabe, K., Yasuda, T., Suzuki, Y., Seki, M., Dennis, E.S., and Fujimoto, R.
    • 学会等名
      Brassica 2016
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2016-10-03
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] シロイヌナズナの雑種強勢に関与する遺伝子領域の探索2016

    • 著者名/発表者名
      宮路直実、石倉園子、高田紗都子、板橋悦子、安田剛志、藤本龍
    • 学会等名
      日本育種学会第130回講演会
    • 発表場所
      鳥取大学
    • 年月日
      2016-09-24
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] クロマチンリモデリング因子DDM1によるエピジェネティックな制御がシロイヌナズナのヘテローシスに及ぼす影響2016

    • 著者名/発表者名
      石倉園子、宮路直実、板橋悦子、高田紗都子、高橋聡史、清水元樹、安田剛志、関原明、藤本龍
    • 学会等名
      日本育種学会第130回講演会
    • 発表場所
      鳥取大学
    • 年月日
      2016-09-24
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ハクサイにおけるメチローム解析2016

    • 著者名/発表者名
      福島尚樹、高橋聡史、板橋悦子、清水元樹、安田剛志、鈴木穣、関原明、藤本龍
    • 学会等名
      日本育種学会第130回講演会
    • 発表場所
      鳥取大学
    • 年月日
      2016-09-24
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ハクサイにおけるエピゲノム解析2016

    • 著者名/発表者名
      藤本龍、高橋聡史、板橋悦子、鈴木穣、関原明
    • 学会等名
      日本育種学会第130回講演会
    • 発表場所
      鳥取大学
    • 年月日
      2016-09-24
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Whole genome bisulfite sequencingによるハクサイのDNAメチル化領域の探索2016

    • 著者名/発表者名
      福島尚樹、高橋聡史、板橋悦子、清水元樹、安田剛志、鈴木穣、関原明、藤本龍
    • 学会等名
      園芸学会平成28年度秋季大会
    • 発表場所
      名城大学
    • 年月日
      2016-09-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] ハクサイにおけるヒストンメチル化抗体を用いたクロマチン免疫沈降法のポジティブ/ネガティブコントロールプライマーの作製2015

    • 著者名/発表者名
      藤本 龍 , 川辺 隆大, 板橋 悦子, 安田 剛志, 岡崎 桂一
    • 学会等名
      園芸学会平成27年度秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学 (徳島県・徳島市)
    • 年月日
      2015-09-26
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] アブラナ科の雑種強勢の分子機構の解明を目指した後成遺伝学的なアプローチ2015

    • 著者名/発表者名
      藤本 龍, 川辺 隆大
    • 学会等名
      日本遺伝学会第87大会
    • 発表場所
      東北大学 (宮城県・仙台市)
    • 年月日
      2015-09-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ハクサイにおいて、両親系統間の遺伝距離から雑種強勢を予測できるか?2015

    • 著者名/発表者名
      川村 和隆, 佐伯 なつみ, 今野 周平, 永野 敦, 本庄 三恵, 八杉 公基, 工藤 洋, 安田 剛志, 加治 誠, 岡崎 桂一, 藤本 龍
    • 学会等名
      日本育種学会第128回講演会
    • 発表場所
      新潟大学 (新潟県・新潟市)
    • 年月日
      2015-09-11
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2022-09-27  

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