| 研究課題/領域番号 |
15H06071
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| 研究種目 |
研究活動スタート支援
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
遺伝育種科学
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| 研究機関 | 筑波大学 |
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研究代表者 |
矢野 亮一 筑波大学, 生命環境系, 助教 (00443044)
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| 連携研究者 |
江面 浩 筑波大学, 生命環境系, 教授 (00332552)
有泉 亨 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (70575381)
星川 健 筑波大学, 生命環境系, 助教 (70634715)
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| 研究期間 (年度) |
2015-08-28 – 2017-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2016年度)
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| 配分額 *注記 |
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2015年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | トマト / 誘発変異集団 / エクソームシークエンシング / 次世代シークエンス / 変異情報データベース / webアプリケーション / ゲノムワイド変異検索システム / 園芸育種 / 変異体集団 / エクソーム解析 / 全ゲノム変異情報データベース / 育種学 / ゲノム / 遺伝子 / バイオインフォマティクス / データベース / 第二世代シークエンス / 変異解析 |
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| 研究成果の概要 |
エクソーム・シークエンシング（exome sequencing）は遺伝子のタンパク質コード配列をターゲットに次世代シークエンス解読を実施する手法であり、全ゲノムを標的とする方法に比べてコストパフォーマンスに優れている。本研究では、筑波大学・蔬菜花卉学研究室が保有するトマトのモデル品種マイクロトムの変異体集団においてエクソーム・シークエンシングを実施した。95系統の変異体において延べ240,000以上の変異を同定すると共に、タンパク質機能に影響しうる変異を変異体ごとに同定した。さらに、これらの変異情報をwebブラウザで検索するためのインターネット・アプリケーションを開発した。
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