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核内構造体を構築する長鎖Noncoding RNAの探索法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 15J01473
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 分子生物学
研究機関北海道大学

研究代表者

中條 岳志  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 特別研究員(PD) (50788578)

研究期間 (年度) 2015-04-24 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2015年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードarchitectural RNA / Architectural RNA / 核内RNA顆粒 / RNAの難溶性 / Prion-like domain / NEAT1 / FUS / RNA / 核内RNAボディ / 構造構築RNA
研究実績の概要

昨年度までの研究から、核内構造体を構築するアーキテクチュラルRNAの候補の探索には難溶性RNAの同定が有効であることを明らかにした。この成果は2017年5月15日にEMBO Journalに掲載された。その後、論文で報告した新しい難溶性RNAが構成する構造体について、その構造体形成に関与するタンパク質を探した。その結果、パラスペックルの形成に必要なある複合体が着目している新規長鎖noncoding RNAの構造体形成にも必要であることを見出した。この結果より、この複合体が様々なアーキテクチュラルRNAによる構造体形成に共通して関与することが支持された。また、難溶性の長鎖noncoding RNAが作る複数の新規構造体は、タンパク質間の疎水性相互作用を阻害する処理により、細かく分離した。この結果より、これら難溶性RNAが作る新規核内構造体は、タンパク質間の疎水性相互作用に依存して複数のRNA-タンパク複合体が集まって作られていると考えられる。様々な真核生物種における既知の6種類のアーキテクチュラルRNAは、いずれも細胞がストレスにさらされた時や特定の発生段階で発現して機能を発揮することが明らかにされている(Chujo et al., Molecules and Cells (2017))。また、ヒトには2万種類以上の機能未知ncRNAが存在する。これらの知見から、ストレスに応答して発現する新たなアーキテクチュラルRNAが存在することが期待される。そこで、ストレス下等に発現する新たなアーキテクチュラルRNAを同定するために、様々なストレスを与えた細胞や疾患モデル細胞における難溶性RNAを同定しようと考えた。このために必要な多サンプルの次世代シーケンス解析を実現するために、本研究の成果を基にして所属研究室が新学術領域先進ゲノム支援に申請して採用され、26種類のRNAサンプルの次世代シーケンス解析を依頼し、その結果を待っている状況である。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 6件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Nuclear Bodies Built on Architectural Long Noncoding RNAs: Unifying Principles of Their Construction and Function.2017

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Chujo and Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Molecules and Cells

      巻: 40 ページ: 889-896

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unusual semi‐extractability as a hallmark of nuclear body‐associated architectural noncoding RNAs2017

    • 著者名/発表者名
      Chujo T, Yamazaki T, Kawaguchi T, Kurosaka S, Takumi T, Nakagawa S, Hirose T
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: - 号: 10 ページ: 861-868

    • DOI

      10.15252/embj.201695848

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Regulation of membrane KCNQ1/KCNE1 channel density by sphingomyelin synthase 1.2016

    • 著者名/発表者名
      Wu M, Takemoto M, Taniguchi M, Takumi T, Okazaki T, Song WJ
    • 雑誌名

      Am J Physiol Cell Physiol

      巻: 311 号: 7 ページ: 817-830

    • DOI

      10.1083/jcb.201601071

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mitochondrial 16S rRNA Is Methylated by tRNA Methyltransferase TRMT61B in All Vertebrates2016

    • 著者名/発表者名
      Bar-Yaacov D, Frumkin I, Yashiro Y, Chujo T, Ishigami Y, Chemla Y, Blumberg A, Schlesinger O, Bieri P, Greber B, Ban N, Zarivach R, Alfonta L, Pilpel Y, Suzuki T, Mishmar D.
    • 雑誌名

      PLoS Biology

      巻: - 号: 9 ページ: e1002557-e1002557

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.1002557

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Architectural RNAs (arcRNAs): A class of long noncoding RNAs that functions as the scaffold of nuclear bodies2016

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Chujo, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
    • 雑誌名

      Biochim Biophys Acta

      巻: 1859 号: 1 ページ: 139-146

    • DOI

      10.1016/j.bbagrm.2015.05.007

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 核内構造体アーキテクチュラルRNAの探索手法の開発:難溶性RNA-seqとFABS法2018

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、田中くみ子、山崎智弘、萬年太郎、川口哲哉、黒坂哲、内匠透、中川真一、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第3回北海道大学・部局横断シンポジウム
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Remarkable semi-extractability as the hallmark of nuclear body-associated architectural long ncRNAs2017

    • 著者名/発表者名
      Chujo T, Yamazaki T, Kawaguchi T, Kurosaka S, Takumi T, Nakagawa S, Hirose T.
    • 学会等名
      Keystone Symposia Protein-RNA Interactions: Scale, Mechanisms, Structure and Function of Coding and Noncoding RNPs
    • 発表場所
      Banff Springs Hotel (Banff, Canada)
    • 年月日
      2017-02-07
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Unusual semi-extractability as a hallmark of nuclear body-associated architectural long noncoding RNAs2017

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Chujo, Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Kawaguchi, Satoshi Kurosaka, Toru Takumi, Shinichi Nakagawa, and Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      RNA Society Meeting 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Unusual semi-extractability as a hallmark of nuclear body-associated architectural long noncoding RNAs2017

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Chujo and Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      2nd International Symposium for Noncoding RNA Neo-taxonomy
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 核内構造体アーキテクチュラルRNAの探索手法の開発:難溶性RNA-seqとFABS法2017

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、田中くみ子、山崎智弘、萬年太郎、川口哲哉、黒坂哲、内匠透、中川真一、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第8回北海道大学遺伝子病制御研究所研究成果発表会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Unusual semi-extractability as the hallmark of nuclear body-associated architectural long ncRNAs2017

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Chujo, Tomohiro Yamazaki, Tetsuya Kawaguchi, Satoshi Kurosaka, Toru Takumi, Shinichi Nakagawa, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 核内構造体形成のアーキテクチュラル長鎖ncRNAの共通特性としての難抽出性2017

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、山崎智弘、川口哲哉、黒坂哲、内匠透、中川真一、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      生化学会北海道支部会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 核内構造体形成のアーキテクチュラルlncRNAの共通特性としての難溶性2016

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、山崎智弘、川口哲哉、黒坂哲、内匠透、中川真一、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 核内構造体形成のアーキテクチュラル長鎖ncRNAの共通特性としての難溶性2016

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、山崎智弘、川口哲哉、黒坂哲、内匠透、中川真一、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第7回IGM研究交流会
    • 発表場所
      北海道大学(北海道札幌市)
    • 年月日
      2016-10-18
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Remarkable semi-extractability as a hallmark of architectural long noncoding RNAs associated with nuclear bodies2016

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、山崎智弘、川口哲哉、黒坂哲、内匠透、中川真一、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2016
    • 発表場所
      ニセコいこいの湯宿いろは(北海道ニセコ町)
    • 年月日
      2016-08-31
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] An improved cellular RNA extraction method for quantification of NEAT1 architectural long noncoding RNA and an exploratory search for novel nuclear architectural RNAs2016

    • 著者名/発表者名
      Chujo T, Yamazaki T, Kawaguchi T, Kurosaka S, Takumi T, Nakagawa S, Hirose T.
    • 学会等名
      RNA Society meeting 2016
    • 発表場所
      京都国際会館(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-06-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 難溶性RNAの解析:NEAT1長鎖ncRNAの細胞内再定量と新しいRNA顆粒の探索2016

    • 著者名/発表者名
      中條 岳志、中川 真一、山崎智弘、川口 哲哉、内匠 透、廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      北海道大学部局横断シンポジウム
    • 発表場所
      北海道大学(北海道・札幌市)
    • 年月日
      2016-03-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of semi-extractable feature of NEAT1 architectural long noncoding RNA in mammalian cells2016

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Chujo, Tomohiro Yamazaki, Shinichi Nakagawa, Tetsuya Kawaguchi, Toru Takumi, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      Keystone Symposia Noncoding RNAs in Health and Disease
    • 発表場所
      Santa Fe (USA)
    • 年月日
      2016-02-22
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] MITOCHONDRIAL 16S RRNA IS METHYLATED BY TRNA METHYLTRANSFERASE TRMT61B IN ALL VERTEBRATES2016

    • 著者名/発表者名
      Bar-Yaacov, D., Frumkin, I., Yashiro, Y., Chujo, T., Chemla, Y., Blumberg, A., Schlesinger, O., Bieri, P., Greber, B., Ban, N., Zarivach, R., Alfonta, L., Pilpel, Y., Suzuki, T. and Mishmar, D.
    • 学会等名
      The Genetic Society of Israel Annual Meeting 2016
    • 発表場所
      Hebrew University of Jerusalem (Israel)
    • 年月日
      2016-01-25
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] NEAT1 lncRNAの難溶性を考慮したパラスペックル構造因子の再定量と構造構築原理の探究2015

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、中川真一、山崎智弘、川口哲哉、内匠透、廣瀬哲郎
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県・神戸市)
    • 年月日
      2015-12-12
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [図書] 核内ボディの骨格として働く構造構築RNA (arcRNA)2016

    • 著者名/発表者名
      中條岳志、廣瀬哲郎
    • 総ページ数
      12
    • 出版者
      化学同人
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [図書] Long Noncoding RNAs as structural and Functional Components of Nuclear Bodies2015

    • 著者名/発表者名
      Taro Mannen, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose
    • 総ページ数
      257
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [備考] 「抽出しにくいRNA」から核内顆粒形成に関わる癌関連ノンコーディングRNAを発見

    • URL

      https://www.hokudai.ac.jp/news/170413_pr.pdf

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2015-11-26   更新日: 2024-03-26  

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