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局在光を用いたナノポア近傍におけるDNAの動的立体構造解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 15J04005
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 生物物理学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

山崎 洋人  慶應義塾大学, 理工学部, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2015-04-24 – 2017-03-31
研究課題ステータス 完了 (2016年度)
配分額 *注記
2,170千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 270千円)
2016年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2015年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワードナノポア / ナノバイオ / 一分子生物物理 / 近接場光学 / 近接場光 / DNAダイナミクス / 蛍光 / 紫外光
研究実績の概要

本年度は、まず、DNA 捕捉過の蛍光観察を行い、理論計算と実験結果から、ポーラスシリコン薄膜上に無数に存在するナノポア周囲の静電場分布特性と流動特性がDNAコイルを解す過程を妨げることが示唆された。この研究成果はDNA捕捉過程観察の研究成果は国際論文誌Nano Futuresに受理され、掲載予定である。また、孔径200 nmの単一ナノポアを用いた光学的DNA通過観察から、DNAの単一ナノポア通過現象の電圧・長い依存性について測定できることが明らかとなった。最後に、孔径10 nm以下の単一ナノポアにおけるDNAナノポア通過ダイナミクスの観察を行うために、米国ノースイースタン大学のMeni Wanunu准教授の研究室に訪問した。まず、透過型電子顕微鏡をゼロモード導波路の基盤として使用される窒化シリコン薄膜上に集束させ、孔径2 nmまでのナノポアを作製することに成功した。次に、DNAを加え、蛍光観察を行ったところ、DNAナノポア通過由来の蛍光発光を得ることができなかった。この原因の検証を行うと、温度上昇が発生するために、tRNA構造変化が生じることがわかった。この結果から、励起光を窒化シリコン薄膜上に集光すると、温度変化に由来する高分子の高次構造ダイナミクスが観察できることを実証することができた。また、Wanunu研究室の博士課程 Pradeep氏と共同研究を行い、単一タンパク質の表面電荷を見積もることに成功した。。今度の展望として、励起光の吸収がない酸化シリコンを基盤とするゼロモード導波路を用いることでイオン電流測定と蛍光観察の同時測定が可能となる。また、緑レーザーを励起源として、窒化シリコンを局所加熱することで、ナノポア近傍におけるDNAダイナミクスの温度依存性に関する研究することができる。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 謝辞記載あり 3件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 5件)

  • [国際共同研究] ノースイースタン大学(米国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] A 150-nm ultraviolet excitation volume on porous silicon membrane for direct optical observation of DNA coil relaxation during capture into nanopores2017

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamazaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • 雑誌名

      Nano Futures

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Optical observation of DNA motion during and immediately after nanopore translocation2016

    • 著者名/発表者名
      H. Yamazaki, S. Ito, K. Esashika, and T. Saiki
    • 雑誌名

      Applied Physics Express

      巻: 9 号: 1 ページ: 017001-017001

    • DOI

      10.7567/apex.9.017001

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Optical observation of DNA translocation through Al2O3 sputtered silicon nanopores in porous membrane2016

    • 著者名/発表者名
      H. Yamazaki, S. Ito, K. Esashika, Y. Taguchi, and T. Saiki
    • 雑誌名

      Applied Physics A

      巻: 122 号: 3

    • DOI

      10.1007/s00339-016-9764-9

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Salt Dependence of DNA Translocation Dynamics through Silicon Nanopores Detected by Ultraviolet Excitation2016

    • 著者名/発表者名
      S. Itoh, H. Yamazaki, K. Esashika, and T. Saiki
    • 雑誌名

      Applied Physics A

      巻: 122

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 光学的ナノポアシーケンサの実現へ向けて2015

    • 著者名/発表者名
      山崎洋人,斎木敏治
    • 雑誌名

      光技術コンタクト誌

      巻: 53 ページ: 28-35

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] シリコンナノポアを用いた紫外光励起DNA―分子検出技術2015

    • 著者名/発表者名
      斎木 敏治,山崎洋人,伊藤晋太郎,江刺家恵子
    • 雑誌名

      レーザー学会誌

      巻: 43 ページ: 689-693

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Optical observation of single dsDNA translocation dynamics through silicon nanopores2016

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamzaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • 学会等名
      The 11th Asian Thermophysical Properties Conference
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • 年月日
      2016-10-02
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The optical observation of DNA dynamics during translocation through nanopores and in post-translocation2016

    • 著者名/発表者名
      H. Yamazaki, S. Ito, K. Esashika and T. Saiki
    • 学会等名
      Biophysical Society 60th Annual Meeting
    • 発表場所
      Los Angeles(USA)
    • 年月日
      2016-02-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAナノポア通過と通過直後の光学的挙動観察2016

    • 著者名/発表者名
      山崎洋人,伊藤晋太郎,江刺家恵子,斎木敏治
    • 学会等名
      第8回文部科学省「最先端の光の創成を目指したネットワーク研究拠点プログラム」シンポジウム
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府・吹田市)
    • 年月日
      2016-01-28
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Green Laser Effect on Heating and Surface Charge of Silicon Nitride Nanopore2016

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamazaki
    • 学会等名
      Materials Science and Biophysics Seminar
    • 発表場所
      ボストン(アメリカ)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The optical observation of DNA dynamics during translocation and in post-translocation2016

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamazaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • 学会等名
      The Japan-US Science Forum in Boston
    • 発表場所
      ボストン(アメリカ)
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] シリコンナノポアへのDNA捕捉過程の光学的観察2015

    • 著者名/発表者名
      山崎洋人,伊藤晋太郎,アマルビー・ユーゴ,江刺家恵子,斎木敏治
    • 学会等名
      第76回応用物理学会春季学術講演会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知県・名古屋市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Optical observation of DNA dynamics near nanopores at sub-millisecond and sub-micrometer levels2015

    • 著者名/発表者名
      H. Yamazaki, S. Ito, H. Amalvy, K. Esashika and T. Saiki
    • 学会等名
      The 10th Asia-Pacific Conference on Near-field Optics
    • 発表場所
      Hakodate Research Center for Fisheries and Oceans,(Hokkaido・Hakodate city))
    • 年月日
      2015-07-07
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2015-11-26   更新日: 2024-03-26  

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