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実験進化モデルを用いた共働する遺伝子の適応進化

研究課題

研究課題/領域番号 15J05092
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 進化生物学
研究機関大阪大学

研究代表者

水内 良  大阪大学, 情報科学研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2015-04-24 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
2,500千円 (直接経費: 2,500千円)
2017年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2016年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2015年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワード生命の起源 / 生命の初期進化 / 協力の進化 / 共進化 / 複雑化 / RNA / NDK / 翻訳システム / 実験進化 / ハイパーサイクル / 遺伝子数の増加 / 自己複製 / RNA複製 / 人工細胞
研究実績の概要

本研究では、複製酵素をコードしたRNA (RNA1) と無細胞翻訳系、区画を用いて構築された人工RNA複製システムに、新たな遺伝子をもつRNA2を導入し、遺伝情報の増加がシステムの安定性や進化にどのような影響をもたらすかを調べた。昨年度までに、NDK合成酵素をコードしたRNA2を用いて、2種類のRNAが共働して複製するシステムが完成し、またそれは複製に合わせて希釈率を調節した特定の濃度領域で持続的複製が可能であるとわかった。このとき、変異により複製が過度に速くなった利己的分子の出現、共働するRNAの区画内での非共存を回避していると考えられる。

本年度は主に持続複製の詳細なメカニズムの解明、および長期複製における協働するRNAの進化について調べた。まず実験を模擬したシミュレーションから、(1) 持続的な複製は、複製開始時のRNA濃度が必須な二種類の分子の共存が達成される領域にあり、その後利己的分子がほとんど出現しない低濃度領域へ遷移することで達成される可能性、(2) 不均一な区画の融合分裂により、一度複製を開始すると、二種類のRNAが共存できず複製を開始できない低濃度領域でも共存が可能となり、複製が持続可能であると示唆された。

また長期継代を経た二種類のRNAは変異を蓄積し、進化が起きていた。このとき多くのRNA1およびRNA2クローン配列が遺伝子の機能を失っていたが、それにも関わらず集団全体は安定的に複製を続けており、変異に対するシステム全体の頑強性が示された。さらに集団で最も濃縮された変異について調べたところ、その変異だけを持つ二種類のRNAは、「セット」としてより自己複製するようになった一方で、パートナーが元のRNAの場合はその複製を阻害した。つまり複雑化システムは、両方のRNAが良く複製するよう共進化することで、システム全体としても進化できるという新たな知見が示された。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 5件)

  • [国際共同研究] NASA Ames Research Center/University of California, San Francisco(米国)

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [雑誌論文] Adaptation and diversification of an RNA replication system under initiation- or termination-impaired translational conditions2016

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi, Tetsuya Yomo
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 印刷中 号: 13 ページ: 1229-1232

    • DOI

      10.1002/cbic.201600100

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] プロト細胞モデルでの協力的な RNA 複製体の安定化と共進化2018

    • 著者名/発表者名
      水内良、市橋伯一
    • 学会等名
      第43回 生命の起源および進化学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 生命の初期進化を実験で追体験する2017

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      Keio Astrobiology Camp 2017
    • 発表場所
      鶴岡
    • 年月日
      2017-03-26
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Construction and evolution of an RNA replication system with two distinct replicators linked in a hypercyclic network2017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      ELSI 5th international symposium
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 年月日
      2017-01-10
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 異なる遺伝子をもつ二種類の協力的RNA複製子の安定化と共進化2017

    • 著者名/発表者名
      水内良、市橋伯一
    • 学会等名
      細胞を創る」研究会 10.0
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 異なる遺伝子をもつ二種類の協力的RNA複製子のダーヴィン進化2017

    • 著者名/発表者名
      水内良、市橋伯一
    • 学会等名
      日本進化学会 第19回大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Darwinian evolution of mutualistic RNA replicators with different genes2017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      The XVIIIth International Conference on the Origin of Life
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Darwinian evolution of two distinct cooperative RNA replicators2017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      Astrobiology Science Conference 2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Darwinian evolution of two distinct cooperative RNA replicators2017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      Humanware International symposium
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 二種類のRNAを用いたハイパーサイクルの構築と実験進化2016

    • 著者名/発表者名
      水内良、市橋伯一
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 9.0
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-11-21
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Adaptation, diversification, and evolution of complexity of a simple artificial RNA self-replication system2016

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      3rd NoR HGT & LUCA conference
    • 発表場所
      Milton Keynes, UK
    • 年月日
      2016-11-03
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 人工RNA自己複製システムの複数の翻訳阻害環境への適応進化と多様化2016

    • 著者名/発表者名
      水内良、市橋伯一
    • 学会等名
      日本進化学会 第18回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-08-25
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] シンセティック・アストロバイオロジー -単純生命のモデルや部品を実験的に創る-2016

    • 著者名/発表者名
      水内良
    • 学会等名
      Keio Spring Science Camp 2016
    • 発表場所
      山形県鶴岡市 慶應義塾大学先端生命科学研究所
    • 年月日
      2016-03-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Adaptive Evolution and Diversity of an Artificial RNA Self-Replication System2015

    • 著者名/発表者名
      Ryo Mizuuchi, Norikazu Ichihashi, Tetsuya Yomo
    • 学会等名
      Astrobiology Science Conference 2015
    • 発表場所
      Chicago, Illinois, United States
    • 年月日
      2015-06-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-11-26   更新日: 2024-03-26  

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