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終脳発生の進化的多様性の起源解明に向けた比較オミックス解析

研究課題

研究課題/領域番号 15J06414
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
研究分野 発生生物学
研究機関東京大学

研究代表者

上坂 将弘  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2015-04-24 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2017年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード進化発生 / 終脳発生 / 進化 / 発生
研究実績の概要

生物の様々な行動を司る終脳の発生は、各系統に特徴的な形態と脳機能が密接に関わり合いながら進行する。脊椎動物の終脳の進化に関しては比較形態学的知見が蓄積されてきた一方で、こうした終脳形態の多様性に対応する発生プログラムと、その進化的変化は殆どわかっていない。本研究は、脊椎動物進化の過程で獲得されてきたゲノム配列がどのように現生生物種の発生プログラムにおいて機能しているかを調べることを目的とし、解析を進めた。
本年度は、これまでに収集した遺伝子発現プロファイル、オープンクロマチンプロファイルとゲノム比較情報を統合し解析を進めた。まず、マウスの終脳の遺伝子発現プロファイルを用いて、終脳の発生プログラムが進化的にどの程度変化してきたかを調べた。その結果、終脳発生における遺伝子発現プロファイルは発生の進行に従って進化的に新しい遺伝子が増加していく傾向が見られた。この傾向は、咽頭胚期以降の発生過程において全胚由来の遺伝子発現プロファイルは多様化していくという知見と一致する。また、終脳と胚全体の遺伝子発現プロファイルを比較したところ、遺伝子の獲得と喪失の観点からすれば、終脳の発生プログラムは進化的に比較的古い遺伝子からなること示唆された。
脊椎動物の進化において変化が生じたゲノム領域は、遺伝子外領域が多くを占めることが明らかになってきた。そこで、終脳発生プログラムにおいて活性化される遺伝子制御領域を調べるために、終脳発生と全胚発生のATAC-seqデータを解析した。どちらのデータにおいても、殆どのオープンクロマチン領域が、脊椎動物以降の進化の過程で獲得されたものであった。
以上の遺伝子や遺伝子制御領域のゲノム進化に着目した解析結果から、脊椎動物進化において終脳の発生プログラムは器官発生の初期ほど変化してこなかったと考えられ、また終脳の発生プログラムは進化的に古い可能性が示唆された。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2018 2017 2015

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Embryonic lethality is not sufficient to explain hourglass-like conservation of vertebrate embryos2018

    • 著者名/発表者名
      Yui Uchida, Masahiro Uesaka, Takayoshi Yamamoto, Hiroyuki Takeda and Naoki Irie
    • 雑誌名

      EvoDevo

      巻: 9:7 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1186/s13227-018-0095-0

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolutionary acquisition of promoter-associated non-coding RNA (pancRNA) repertoires diversifies species-dependent gene activation mechanisms in mammals.2017

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Uesaka, Kiyokazu Agata, Takao Oishi, Kinichi Nakashima, Takuya Imamura
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 18 号: 1 ページ: 285-285

    • DOI

      10.1186/s12864-017-3662-1

    • NAID

      120006305760

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Constrained vertebrate evolution by pleiotropic genes.2017

    • 著者名/発表者名
      Hu H, Uesaka M, Guo S, Shimai K, Lu TM, Li F, Fujimoto S, Ishikawa M, Liu S, Sasagawa Y, Zhang G, Kuratani S, Yu JK, Kusakabe TG, Khaitovich P, Irie N; EXPANDE Consortium.
    • 雑誌名

      Nat Ecol Evol

      巻: 1 号: 11 ページ: 1722-1730

    • DOI

      10.1038/s41559-017-0318-0

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] miR-199a links MeCP2 with mTOR signaling and its dysregulation leads to Rett Syndrome phenotypes.2015

    • 著者名/発表者名
      Tsujimura K, Irie K, Nakashima H, Egashira Y, Fukao Y, Fujiwara M, Itoh M, Uesaka M, Imamura T, Nakahata Y, Yamashita Y, Abe T, Takamori S, Nakashima K.
    • 雑誌名

      Cell Rep

      巻: 12 号: 11 ページ: 1887-1901

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.08.028

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Species-specific repertories of promoter-associated non-coding RNAs may contribute to the diversification of gene expression profile2015

    • 著者名/発表者名
      上坂 将弘
    • 学会等名
      第48回 日本発生生物学会年会 (2015 JSDB-APDBN meeting)
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県・つくば市)
    • 年月日
      2015-06-02
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Species-specific repertories of promoter-associated non-coding RNAs may contribute to the diversification of gene expression profile2015

    • 著者名/発表者名
      上坂 将弘
    • 学会等名
      第9回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      学術総合センター(東京都・千代田区)
    • 年月日
      2015-05-25
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2015-11-26   更新日: 2024-03-26  

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