| 研究課題/領域番号 |
15J08599
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
発生生物学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
稲森 貴一 東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC1)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-24 – 2018-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2017年度)
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| 配分額 *注記 |
2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2017年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2016年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2015年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
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| キーワード | ゲノムデータ / ビッグデータ解析 / RNA-seq / 左右軸形成 / ノックダウン / in situ hybridization / RT-qPCR |
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| 研究実績の概要 |
昨年度までの研究で得られた候補遺伝子に対してモルフォリノオリゴの顕微注入による左右軸形成関連遺伝子の同定を試みましたが再現性がありかつ左右軸形成に関与していると考えられる遺伝子の同定には至りませんでした。そのため本研究課題での研究の続行は困難と判断して以下の研究課題での研究を行うこととしました。
新たな研究課題は「メダカ近交系Hd-rR及びHNIを用いたゲノム高次構造解析」としました。まず、全ての動物は形態や機能が異なる多数の細胞から成り立ちます。しかし各細胞の核にあって細胞の形態や機能を決定するDNA配列は同一です。ではどのようにして同一のDNA配列から形態や機能の異なる細胞を生み出しているのでしょうか。近年ゲノム（核内のDNA全体）の高次構造の違いが細胞種の違いに寄与することが報告されました。しかしながらどのような塩基配列がこの高次構造構築に寄与しているかはごく一部が知られているだけです。
そこで私は「交配可能ながらゲノム配列が２％以上異なる」というゲノムの高次構造の解析に有利な特徴を持つメダカの２系統のゲノム構造を比較することで、ゲノムの高次構造構築に寄与する新規配列を見出すことにしました。そしてメダカ近交系Hd-rR及びHNIのハイブリッドの脳、肝臓、繊維芽細胞からゲノムの近接情報を維持したままDNA断片を取り出し次世代シーケンサーで配列を読み取ったデータを用いました。
まずHd-rR及びHNIの全ゲノムシーケンスのデータからHd-rR－HNI間の差異を取得し、得られたデータをHd-rR由来及びHNI由来のものに分けました。そしてこれらのデータとHd-rRのみのゲノムデータをもとに2次元マトリクスを作成しました。その後当研究室の先行研究により同定された巨大DNAトランスポゾンteratornの挿入配列部位周辺のみを切り出しマトリクス上での差が見られる領域を探索しました。
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| 現在までの達成度 (段落) |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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