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錐最適化理論を用いた種別構成問題に対する効率的な計算手法の構築

研究課題

研究課題/領域番号 15K00032
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 数理情報学
研究機関東京工業大学

研究代表者

山下 真  東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (20386824)

研究協力者 福田 光浩  
小島 政和  
中田 和秀  
Kim Sunyoung  
Mullin Tim J.  
Safarina Sena  
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2015年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
キーワード応用数学 / 数理最適化 / 錐最適化 / 育種学 / 種別構成問題 / 錐最適化理論 / 畜産学
研究成果の概要

種別構成問題は混合整数二次錐最適化問題として定式化できる。本研究では、錐最適化アプローチに基づいて効率的なアルゴリズムを構築し、高速な計算手法を開発した。二次錐分割による線形近似では、最適解が得られる理論的枠組みの中で、従来提案されてきた計算手法の10分の1程度に計算時間を短縮した。また、steep ascent method は、最適解の保証はないものの良質な解を数秒程度という短時間で得ることを可能とした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

種別構成問題は、育種学などから生じる数理最適化問題である。例えば「数千種の遺伝子から割合を決めて樹木園を作るときに、遺伝子の多様性を維持できる範囲で利益を最大にする割合の算出」の計算などを数理モデル化したものである。この計算時間が短縮されることで、遺伝子のパラメータなどを変えての複数回のシミュレーションの実施が容易になる。また、混合整数二次最適化問題は種別構成問題以外にも多くの応用を持っていることが知られており、本研究で開発した高速な計算解法は、それらの応用にも適用可能な範囲があると考えられる。

報告書

(5件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2019 2018 2017 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 9件、 招待講演 4件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] The Swedish Forestry Research Institute(スウェーデン)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Forestry Research Institute of Sweden(Sweden)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Ewha Womans University(韓国)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Forestry Research Institute of Sweden(Sweden)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Skogforsk(スウェーデン)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [国際共同研究] FICO(英国)

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Conic relaxation approaches for equal deployment problems2019

    • 著者名/発表者名
      Sena Safarina, Satoko Moriguchi, Tim J. Mulllin, and Makoto Yamashita
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics

      巻: 印刷中

    • NAID

      40021198374

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Application of Polyhedral Relaxations to Optimal Contribution Selection of Tree Breeding Problem2018

    • 著者名/発表者名
      Sena Safarina, Makoto Yamashita
    • 雑誌名

      京都大学数理解析研究所講究録

      巻: 2069

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [雑誌論文] An arc-search O(nL) infeasible-interior-point algorithm for linear programming2018

    • 著者名/発表者名
      Yaguang Yang, Makoto Yamashita
    • 雑誌名

      Optimization Letters

      巻: 印刷中 号: 4 ページ: 781-798

    • DOI

      10.1007/s11590-017-1142-9

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] An efficient second-order cone programming approach for optimal selection in tree breeding2018

    • 著者名/発表者名
      Makoto Yamashita, Tim. J. Mullin, Sena Safarina
    • 雑誌名

      Optimization Letters

      巻: 印刷中 号: 7 ページ: 1683-1697

    • DOI

      10.1007/s11590-018-1229-y

    • NAID

      120006582668

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Cone Decomposition Method for Mixed-Integer SOCP arising from tree breeding2018

    • 著者名/発表者名
      Sena Safarina, Makoto Yamashita
    • 学会等名
      International Symposium on Mathematical Programming 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A path-following method for semidefinite programming without Slater condition2018

    • 著者名/発表者名
      Makoto Yamashita, Kei Takemura
    • 学会等名
      International Symposium on Mathematical Programming 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 一般化優対角行列による緩和を用いた Pooling Problem に対する解法の構築2018

    • 著者名/発表者名
      君塚柾貴, Sunyoung Kim, 山下真
    • 学会等名
      日本オペレーションズ・リサーチ学会 2018年春季研究発表会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] A Lifted-Polyhedral-Programming Approach for Optimal Contribution Problems2017

    • 著者名/発表者名
      Sena Safarina, Makoto Yamashita
    • 学会等名
      SIAM Conference on Optimization 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A Steep-Ascent Method for MI-SOCP arising from Tree Breeding2017

    • 著者名/発表者名
      Makoto Yamashita, Tim J Mullin, Sena Safarina
    • 学会等名
      SIAM Conference on Optimization 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 最適構成問題に対するLPP 緩和に基づいた整数計画問題による定式化2017

    • 著者名/発表者名
      Sena Safarina, Makoto Yamashita
    • 学会等名
      京都大学数理解析研究所研究集会 「数理最適化の発展:モデル化とアルゴリズム」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] A Fast SOCP-based Method for Optimal Selection Problem in Tree Breeding2016

    • 著者名/発表者名
      Makoto Yamashita, Tim J Mullin, Sena Safarina
    • 学会等名
      INFORMS Annual Meeting 2016
    • 発表場所
      Music City Center & Omni Nashville Hotel
    • 年月日
      2016-11-16
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Mixed-integer SOCP in optimal contribution selection of tree breeding2016

    • 著者名/発表者名
      Makoto Yamashita, Sena Safarina, Tim J Mullin
    • 学会等名
      Workshop on Advances in Optimization
    • 発表場所
      TKP品川カンファレンスセンター
    • 年月日
      2016-08-12
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] An Efficient Second-Order Cone Programming Approach for Optimal Selection in Tree Breeding2016

    • 著者名/発表者名
      Sena Safarina, Tim J Mullin, Makoto Yamashita
    • 学会等名
      ICCOPT (International Conference on Continuous Optimization) 2016
    • 発表場所
      政策研究大学院大学
    • 年月日
      2016-08-08
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Numerically Stable Primal-Dual Interior-Point Method for SDP2016

    • 著者名/発表者名
      Kei Takemura, Makoto Yamashita
    • 学会等名
      ICCOPT (International Conference on Continuous Optimization) 2016
    • 発表場所
      政策研究大学院大学
    • 年月日
      2016-08-08
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] センサーネットワーク位置推定問題に対する二次錐計画問題を用いた精度の向上2016

    • 著者名/発表者名
      曽根毅, 山下真
    • 学会等名
      日本オペレーションズ・リサーチ学会 2016年春季研究発表会
    • 発表場所
      慶應義塾大学
    • 年月日
      2016-03-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] 直交射影作用素を用いた無線センサーネットワーク位置推定アルゴリズムの解析2016

    • 著者名/発表者名
      城戸武尊, 山下真
    • 学会等名
      日本オペレーションズ・リサーチ学会 2016年春季研究発表会
    • 発表場所
      慶應義塾大学
    • 年月日
      2016-03-17
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
  • [学会発表] Optimising selection in tree breeding with constraints on relatedness and operational flexibility2016

    • 著者名/発表者名
      Tim. J. Mullin, Makoto Yamashita, Pietro Belotti
    • 学会等名
      Forest Genetics for Productivity Conference
    • 発表場所
      Rotorua Energy Events Centre, (Rotorua, New Zealand)
    • 年月日
      2016-03-16
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] SDPA family: High-performance solvers for semidefinite programming2015

    • 著者名/発表者名
      Makoto Yamashita
    • 学会等名
      Workshop on Systems Management and Control
    • 発表場所
      University of Tsukuba, Tokyo Campus (Tokyo, JAPAN)
    • 年月日
      2015-12-11
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] Data and source code for OCP

    • URL

      http://www.opt.c.titech.ac.jp/yamashita/software/OCP/OCP01.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] OPSEL のページ

    • URL

      http://www.skogforsk.se/opsel

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書 2016 実施状況報告書
  • [備考] Software to speed tree breeding

    • URL

      http://www.gentree-h2020.eu/news/article/software-to-speed-tree-breeding/

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2015-04-16   更新日: 2022-02-22  

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