T細胞受容体シークエンスデータ解析手法の開発と細胞集団多様性の理解

• 研究課題/領域番号: 15K00399
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 山口 類 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (90380675)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2015年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
• キーワード: 免疫細胞シークエンスデータ解析 / 免疫細胞受容体レパトア解析 / T細胞受容体 / B細胞受容体 / バイオインフォマティクス / 免疫細胞集団シークエンス / 適応免疫 / 免疫細胞集団シークエンスデータ情報処理分野

研究成果の概要

免疫細胞の多様性を特徴づける受容体(T細胞受容体(TCR)およびB細胞受容体 (BCR))配列を、大量の次世代シークエンスデータから精密かつ高効率に解析するための解析基盤の開発を行った。開発した手法を、がん、クローン病、造血幹細胞移植後のGVHD等の種々の疾病の実データに適用し、これまでに得られていなかった、疾病と免疫環境の関係に関わる情報を抽出することに成功し、新規遺伝子候補配列も発見した。また免疫細胞集団から得られた時系列データからの、動的モデルに基づく集団構造の推定法および予測手法についても開発を進めた。

研究成果

• [国際共同研究] シカゴ大学医学部(米国)
• [国際共同研究] シカゴ大学/医学部(米国)
• [国際共同研究] シカゴ大学/医学部(米国)
• [雑誌論文] Characterization of the B-cell receptor repertoires in peanut allergic subjects undergoing oral immunotherapy (2018)
  • 著者名/発表者名: Kiyotani K, Mai TH, Yamaguchi R, Yew PY, Kulis M, Orgel K, Imoto S, Miyano S, Burks AW, Nakamura Y
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 63(2) 号: 2 ページ: 239-248
  • DOI: 10.1038/s10038-017-0364-0
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Clinical significance of T cell clonality and expression levels of immune-related genes in endometrial cancer (2017)
  • 著者名/発表者名: Ikeda Y, Kiyotani K, Yew PY, Sato S, Imai Y, Yamaguchi R, Miyano S, Fujiwara K, Hasegawa K, Nakamura Y
  • 雑誌名: Oncol Rep 巻: 37(5) 号: 5 ページ: 2603-2610
  • DOI: 10.3892/or.2017.5536
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Characterization of T cell repertoire in tumor tissues and blood in advanced colorectal cancers through deep T cell receptor sequencing (2016)
  • 著者名/発表者名: Tamura K, Hazama S, Yamaguchi R, Imoto S, Takenouchi H, Inoue Y, Kanekiyo S, Shindo Y, Satoru Miyano S, Nakamura Y, Kiyotani K
  • 雑誌名: Oncology Letters 巻: 印刷中 号: 6 ページ: 3643-3649
  • DOI: 10.3892/ol.2016.4465
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Characterization of T Cell Receptor Repertoire in Inflamed Tissues of Crohn’s Disease through Deep Sequencing (2016)
  • 著者名/発表者名: Chapman CG, Yamaguchi R, Tamura K, Weidner J, Imoto S, Kwon J, Marino SR, Miyano S, Nakamura Y, Kiyotani K
  • 雑誌名: Inflammatory Bowel Diseases 巻: 印刷中
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Quantitative characterization of T-cell repertoire in allogeneic hematopoietic stem cell transplant recipients (2015)
  • 著者名/発表者名: Yew PY, Alachkar H, Yamaguchi R, Kiyotani K, Fang H, Yap KL, Liu HT, Wickrema A, Artz A, van Besien K, Imoto S, Miyano S, Bishop MR, Stock W, Nakamura Y
  • 雑誌名: Bone Marrow Transplantation 巻: 50 号: 9 ページ: 1227-1234
  • DOI: 10.1038/bmt.2015.133
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] 大腸癌患者におけるペプチドワクチン特異的T細胞のTCRシークエンス解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 清谷 一馬、田村 賢司、山口 類、井元 清哉、竹之内 寛子、宮野悟、硲 彰一、中村 祐輔
  • 学会等名: 日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市
• [図書] 遺伝統計学と疾患ゲノムデータ解析（第2章-6: T細胞受容体レパトア解析） (2018)
  • 著者名/発表者名: 井元清哉、長谷川嵩矩、山口類
  • 総ページ数: 272
  • 出版者: メディカルドゥ
  • ISBN: 9784944157631
• [図書] Chapter2: A TCR sequence data analysis pipeline: Tcrip. In Immunopharmacogenomics. Nakamura, Y. (Ed.) (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S
  • 総ページ数: 17
  • 出版者: Springer Japan