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リガンドデータベースからの機械学習によるハイブリッドスクリーニング法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 15K00408
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関東京理科大学

研究代表者

大和田 勇人  東京理科大学, 理工学部経営工学科, 教授 (30203954)

研究分担者 青木 伸  東京理科大学, 薬学部生命創薬科学科, 教授 (00222472)
西山 裕之  東京理科大学, 理工学部経営工学科, 教授 (80328567)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2016年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2015年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード機械学習 / 化合物スクリーニング / リガンドデータベース / バイオインフォマティクス / スクリーニング
研究成果の概要

リガンドデータベースを活用した機械学習によるたんぱく質と化合物の結合予測を行った。インシリコ創薬は薬として有望な化合物(リガンド)をコンピュータで選別する手法であるが、ここでは化合物の化学的性質をからSupport Vector Machine(SVM)による機械学習に加えて、化合物の構造を学習するInductive Logic Programming(ILP)を組み合わせ、予測精度の向上を図った。次に、がん放射線治療の副作用低減のためにp53標的放射線防護剤を候補化合物を予測することをターゲットにした。その成果はジャーナルや国際会議で発表した。

報告書

(4件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 2015 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2018 2017 2016 2015

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 5件)

  • [雑誌論文] Enzyme Classification on DUD-E Database Using Logistic Regression Ensemble (Lorens)2018

    • 著者名/発表者名
      Kuswanto H., Melasasi J.N., Ohwada H
    • 雑誌名

      Innovative Computing, Optimization and Its Applications. Studies in Computational Intelligence

      巻: 741 ページ: 93-109

    • DOI

      10.1007/978-3-319-66984-7_6

    • ISBN
      9783319669830, 9783319669847
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predicting radiation protection and toxicity of p53 targeting radioprotectors using machine learning2017

    • 著者名/発表者名
      Masataka Kimura, Shin Aoki, Hayato Ohwada
    • 雑誌名

      2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology

      巻: - ページ: 1-6

    • DOI

      10.1109/cibcb.2017.8058540

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Docking Score Calculation Using Machine Learning with an Enhanced Inhibitor Database2015

    • 著者名/発表者名
      Masato Okada, Tadasuke Ito, Hayato Ohwada and Shin Aoki
    • 雑誌名

      Journal of Medical Imaging and Health Informatics

      巻: 5 号: 5 ページ: 1104-1107

    • DOI

      10.1166/jmihi.2015.1503

    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Comparison of Random Forest and SVM for the Raw Data in Drug Discovery: Prediction of Radiation Protection and Toxicity Case Study2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Matsumoto, Shin Aoki, and Hayato Ohwada
    • 学会等名
      8th International Conference on Machine Learning and Computing
    • 発表場所
      REGAL ORIENTAL HOTEL,Kowloon City, Hong Kong
    • 年月日
      2016-02-22
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] In silico Screening of Zinc(II) Enzyme Inhibitors by SVM2015

    • 著者名/発表者名
      Tadasuke Ito, Masato Okada, Shotaro Togami, Shin Aoki and Hayato Ohwada
    • 学会等名
      6th international conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics
    • 発表場所
      Chatrium Hotel Riverside Bangkok,Bangkok,Thailand
    • 年月日
      2015-11-22
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Prediction of Radioprotectiors Targeting p53 for Suppression of Acute Effect of Cancer Radiotherapy using Machine Learning2015

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Matsumoto,Tadasuke Ito,Yurie Nishi,Shinya Ariyasu,Shin Aoki and Hayato Ohwada
    • 学会等名
      The IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine 2015
    • 発表場所
      Hyatt Regency Bethesda, Bethesda, Maryland 20814, USA
    • 年月日
      2015-11-09
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ILP based screening applied to predicting carbonic anhydrase II ligands2015

    • 著者名/発表者名
      Tadasuke Ito, Masato Okada, Shotaro Togami, Shinya Ariyasu, Shin Aoki, and Hayato Ohwada
    • 学会等名
      The IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine 2015
    • 発表場所
      Hyatt Regency Bethesda, Bethesda, Maryland 20814, USA
    • 年月日
      2015-11-09
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] In Silico Screening of Zinc(II) Enzyme Inhibitors by ILP2015

    • 著者名/発表者名
      Tadasuke Ito, Shotaro Togami, Shin Aoki and Hayato Ohwada
    • 学会等名
      25th International Conference on Inductive Logic Programming
    • 発表場所
      Kyoto University Raku-Yu. Kaikan, University of Kyoto,Japan
    • 年月日
      2015-08-20
    • 関連する報告書
      2015 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2015-04-16   更新日: 2019-03-29  

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